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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5, 模拟EPI+1):谢谢，这是诊费。 2010-11-10 12:00:44
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-11-09 20:59:33:
请教一个gmx的问题
不知道bay兄用过gmx的势表没？关于成键势势表的第三列，是使用原函数的
导数计算？还是使用数值导数计算？

是问值为1,2 的一列吗, the term func is 1 for harmonic and 2 for GROMOS-96 bond and angle potentials.
程序内部同时定义了计算能量和计算力的表达式, 能量和力是用不同函数分别计算的.
也就是说, 使用原函数(能量函数)的导数计算(力)
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11楼2010-11-10 11:28:30
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):鼓励 2010-11-11 10:00:34
谢谢，是力的那一列，但是用原函数的导数计算会出问题，用这样得到的力计算会报一个the forces deviate on average XXX% from minus the numerical derivative of the potential的warning，而用f‘(x)=f(x+1)-f(x-1)/(x+1)-(x-1)这样的数值求导方法得到力反而不报错，但是这两组力的数值相差很大。很怀疑这种数值求法求出来的力是不对的，bay兄能否指点下这个问题？
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12楼2010-11-10 21:24:00
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):谢谢，这是诊费。 2010-11-11 10:00:44
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-11-10 21:24:00:
谢谢，是力的那一列，但是用原函数的导数计算会出问题，用这样得到的力计算会报一个the forces deviate on average XXX% from minus the numerical derivative of the potential的warning，而用f‘(x)=f(x+1)-f(x ...

f(x+1)-f(x-1)/(x+1)-(x-1) 只是原函数的差分而不是微分, 当"1"->0的时候才是微分.
若不是|x|>>1时候,误差是很大的.
至于那个warning, 可能是体系没有到平衡的缘故吧
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13楼2010-11-10 21:54:47
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xiaowu787

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):鼓励 2010-11-16 15:17:43
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-10-12 09:22:27:
本贴应ghcacj 版主邀请建立
讨论namd/vmd,gmx等软件处理水溶液,蛋白,磷脂等生化体系的模型构建及MD 模拟
讨论水在纳米通道,如AQPs,CNT,PNT,GA等,中结构及传输的理论及模拟研究

本学年面临毕业及升学,可能抽不 ...

VMD计算RDF时set unit cell的设置问题
对于模拟过程中体积发生变化的体系，set unit cell该如何设置呢？是设置初始建模时的a,b,c，还是体积变化后某一时刻的lx,ly,lz？这一点不明白，请指点一下.谢谢！
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14楼2010-11-16 14:39:57
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢，这是诊费。 2010-11-16 16:46:23
引用回帖:
Originally posted by xiaowu787 at 2010-11-16 14:39:57:



VMD计算RDF时set unit cell的设置问题
对于模拟过程中体积发生变化的体系，set unit cell该如何设置呢？是设置初始建模时的a,b,c，还是体积变化后某一时刻的lx,ly,lz？这一点不明白，请指点一下.谢谢！

用每个frame 的体积数据吧
正交盒子可以用molinfo top get {a b c} 获得, 三个角度为alpha,beta和gamma
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15楼2010-11-16 16:45:29
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xiaowu787

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):鼓励 2010-11-17 13:00:27
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-11-16 16:45:29:

用每个frame 的体积数据吧
正交盒子可以用molinfo top get {a b c} 获得, 三个角度为alpha,beta和gamma

二元合金体系。正交盒子，导入xyz文件后，用molinfo top get {a b c} ，结果为0.0000 0.0000 0.0000。哪里有问题？谢谢

[ Last edited by xiaowu787 on 2010-11-16 at 19:06 ]
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16楼2010-11-16 19:00:17
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢，这是诊费。 2010-11-17 13:00:09
引用回帖:
Originally posted by xiaowu787 at 2010-11-16 19:00:17:



二元合金体系。正交盒子，导入xyz文件后，用molinfo top get {a b c} ，结果为0.0000 0.0000 0.0000。哪里有问题？谢谢

[ Last edited by xiaowu787 on 2010-11-16 at 19:06 ]

xyz 文件里面没有盒子信息, 从别的地方读进去吧
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17楼2010-11-16 20:31:10
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xiaowu787

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-11-16 20:31:10:

xyz 文件里面没有盒子信息, 从别的地方读进去吧

是这样呀，谢谢了.
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18楼2010-11-17 08:54:52
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请教bay_gulf，很感兴趣，你们做水分子通过膜通道的模拟中，观察到的水分子的朝向（即其permanent dipole的方向）是不是都大致是垂直的？左右摇摆的幅度大概有多少？在不同的膜通道里都是一样的吗？
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19楼2010-11-26 02:23:58
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+10, 模拟EPI+1):谢谢，这是诊费。 2010-11-26 10:38:07
引用回帖:
Originally posted by gzgzgz at 2010-11-26 02:23:58:
请教bay_gulf，很感兴趣，你们做水分子通过膜通道的模拟中，观察到的水分子的朝向（即其permanent dipole的方向）是不是都大致是垂直的？左右摇摆的幅度大概有多少？在不同的膜通道里都是一样的吗？

您好, 是说我们那篇文章中的情形么
水分子在跨膜PNT中并不都是垂直的, 因为其受到两个方面的作用
其一是热运动, 偏一点的熵要比完全垂直的熵小得多
其二是管口附近的强定向力,使得该两个位置水链的偶极方向相反
加之所有水形成氢键网络, 互相牵制


在CNT 中, 水以氢键链的形式存在, O---H - O---H - O---H
多余的那个H 就指向外面, 具体是什么构型看CNT 的结构(主要是直径)
AQPs 中的结构与其类似

水在环6肽纳米管中, 无法形成氢键网络, 水应该更易垂直,
J. Phys. Chem. B 2010, 114, 12183–12192
这个细节上的讨论还没有做
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20楼2010-11-26 09:30:43
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