应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
513/6返回列表上一页123456下一页
查看: 4708  |  回复: 50
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 4 个 模拟EPI ，点击这里进行查看

zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-11-26 09:30:43:


您好, 是说我们那篇文章中的情形么
水分子在跨膜PNT中并不都是垂直的, 因为其受到两个方面的作用
其一是热运动, 偏一点的熵要比完全垂直的熵小得多
其二是管口附近的强定向力,使得该两个位置水链的偶极方向 ...

bay_gulf,NAMD也可以做材料吗？比如说表面活性剂什么的，我知道gromacs是可以做的，但是NAMD我不太了解，如果可以做，应该怎么建模？
赞一下(1人) 回复此楼
好好学习，天天向上。
21楼2010-12-14 13:33:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-14 17:13:55
ghcacj(金币+50):既然bay兄不去领奖帖领奖， 那就在这把奖给你 2010-12-14 17:14:15
ghcacj(金币+50):既然bay兄不去领奖帖领奖， 那就在这把奖给你 2010-12-14 17:14:22
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-12-14 13:33:57:

bay_gulf,NAMD也可以做材料吗？比如说表面活性剂什么的，我知道gromacs是可以做的，但是NAMD我不太了解，如果可以做，应该怎么建模？

可以,针对不同体系的MD方法是一样的,严格说,所有体系的经典MD都能用任一款MD软件来算.只是不同软件的针对点不同,对某类体系算起来简单些而已.
NAMD完全可以算表面活性剂,只要准备好这个分子的(符合charmm力场的)pdb 文件即可.
赞一下(3人) 回复此楼
22楼2010-12-14 17:10:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-12-14 17:10:48:

可以,针对不同体系的MD方法是一样的,严格说,所有体系的经典MD都能用任一款MD软件来算.只是不同软件的针对点不同,对某类体系算起来简单些而已.
NAMD完全可以算表面活性剂,只要准备好这个分子的(符合charmm力场的 ...

明白了，貌似我还见到过有人用NAMD做离子液体的，做MD最难办的就是力场问题。
赞一下(1人) 回复此楼
好好学习，天天向上。
23楼2010-12-14 17:20:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):鼓励 2010-12-18 20:37:36
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-11-10 21:24:00:
谢谢，是力的那一列，但是用原函数的导数计算会出问题，用这样得到的力计算会报一个the forces deviate on average XXX% from minus the numerical derivative of the potential的warning，而用f‘(x)=f(x+1)-f(x ...

您好，我现在也遇到同样的问题，如果直接原函数求导会出现您上述的问题，可是如果将这一列全部改为0，就没有错了，可这显然是不对的吧？我还想问一下，在gromacs这一列的作用是什么？
赞一下(2人) 回复此楼
Betterlatethannever!
24楼2010-12-18 12:52:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)

有关FENE bond potential 的使用

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 欢迎参与 2011-02-05 21:00:10
在使用FENE bond potential 计算成键作用时，出现如下错误：

Fatal error:
r^2 (9.685505) >= bm^2 (9.000000) in FENE bond between atoms 1111 and 1112

可能是什么原因呢？谢谢
赞一下(2人) 回复此楼
Betterlatethannever!
25楼2010-12-21 19:51:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 欢迎参与 2011-02-05 21:00:21
问题解决了，是由于命令都是通过脚本实现的。mdrun所需要的tpr没有生成，所以会报错
赞一下(2人) 回复此楼
Betterlatethannever!
26楼2010-12-21 20:25:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aquariusy

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问一下，怎么查看蛋白质的静电荷是否为0？NAMD模拟时怎么在体系中加入离子以使整个体系保持中性？离子放入的位置怎么确定？
赞一下(1人) 回复此楼
27楼2011-01-30 10:06:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+10): 谢谢，这是诊费。 2011-02-05 20:59:53
to 27# aquariusy
引用回帖:
请问一下，怎么查看蛋白质的静电荷是否为0？

$sel  get  totalcharge
可以获得所选sel 的总电荷.
引用回帖:
NAMD模拟时怎么在体系中加入离子以使整个体系保持中性？

一般说来, 至少charmmFF中, 每个完整体系的电荷量是整数.
选择合适数目的countions 加入即可.
引用回帖:
离子放入的位置怎么确定？

精确位置由泊松-波尔兹曼方程算出, 需要较为复杂的数值算法.
vmd 自带的那个autoionize 没有这个功能, 可以使用这个meadionize
http://www.chem.duke.edu/~ilya/S ... ocs/meadionize.html
赞一下(1人) 回复此楼
28楼2011-01-30 16:29:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lan626

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

你好，想做Alq3（八羟基喹啉铝）的无定形堆积，但现在没有金属Al的力场参数，想请问那个力场里有关于Al的力场参数，谢谢
赞一下(1人) 回复此楼
选择了后悔就不要后悔选择......
29楼2011-02-19 09:44:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
引用回帖:
Originally posted by lan626 at 2011-02-19 01:44:58:
你好，想做Alq3（八羟基喹啉铝）的无定形堆积，但现在没有金属Al的力场参数，想请问那个力场里有关于Al的力场参数，谢谢

碱(土)之外的金属离子的力场形式同有机小分子有些差别,
至少据我所知,已发行的charmm和amber力场没有Al3+的参数.
没有关注过这个金属,你可以找一下文献,看看他们用什么参数或力场来做的.
赞一下 回复此楼
30楼2011-02-19 11:19:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 bay__gulf 的主题更新
513/6返回列表上一页123456下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学 +20 妮妮ninicgb 2026-04-04 23/1150 2026-04-06 23:06 by chenzhimin
[考研] 求助 +3 卡卡东88 2026-04-06 4/200 2026-04-06 15:28 by going home
[考研] 求调剂 +8 张zic 2026-04-05 9/450 2026-04-06 13:03 by 猪会飞
[考研] 求调剂求调剂 +8 121. 2026-04-02 8/400 2026-04-05 20:15 by lys0704
[考研] 计算机11408，286分求调剂 +7 木子念晞 2026-04-05 7/350 2026-04-05 19:02 by chy09050039
[考研] 296求调剂 +3 汪！？！ 2026-04-05 5/250 2026-04-05 17:38 by 蓝云思雨
[考研] 282求调剂 +7 aaa车辆 2026-04-02 11/550 2026-04-05 17:24 by yulian1987
[考研] 323分（计算机视觉和大模型项目）能直接上手 +3 chaoxiicy 2026-04-01 3/150 2026-04-05 00:50 by chongya
[考博] 申博 +7 IQwQl 2026-04-04 7/350 2026-04-04 23:32 by mumin1990
[考研] 301求调剂 +18 骆驼男人 2026-04-02 18/900 2026-04-04 20:33 by 蓝云思雨
[考研] 调剂 +9 19945159693 2026-04-03 10/500 2026-04-04 20:16 by dongzh2009
[考研] 0835学硕299求调剂 08大类可接受 +5 useryy 2026-04-03 5/250 2026-04-04 20:07 by 蓝云思雨
[考研] 319求调剂 +4 星星不眨眼喽 2026-04-03 4/200 2026-04-04 16:25 by 中飞院空管学院�
[考研] 312求调剂 +6 小小墨123 2026-04-02 7/350 2026-04-03 07:32 by jsw79
[考研] 一志愿陕西师范大学生物学317分 +5 1563日。 2026-04-02 5/250 2026-04-03 06:58 by ilovexiaobin
[考研] 一志愿北京科技大学材料学硕328分求调剂 +6 1段时间 2026-03-31 7/350 2026-04-02 13:57 by 3041
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +9 双马尾痞老板2 2026-04-01 9/450 2026-04-02 12:14 by oooqiao
[考研] 324求调剂 +5 想上学求调 2026-04-01 6/300 2026-04-02 10:16 by sanrepian
[考研] 08工科，295，接受跨专业调剂 +6 lmnlzy 2026-03-31 6/300 2026-04-01 11:02 by 逆水乘风
[考研] 080500-315分复试调剂 +9 上岸3821 2026-03-31 9/450 2026-03-31 17:29 by 唐沐儿
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭