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zyj8119

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-11-26 09:30:43:


您好, 是说我们那篇文章中的情形么
水分子在跨膜PNT中并不都是垂直的, 因为其受到两个方面的作用
其一是热运动, 偏一点的熵要比完全垂直的熵小得多
其二是管口附近的强定向力,使得该两个位置水链的偶极方向 ...

bay_gulf,NAMD也可以做材料吗?比如说表面活性剂什么的,我知道gromacs是可以做的,但是NAMD我不太了解,如果可以做,应该怎么建模?
好好学习,天天向上。
21楼2010-12-14 13:33:57
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-14 17:13:55
ghcacj(金币+50):既然bay兄不去领奖帖领奖, 那就在这把奖给你 2010-12-14 17:14:15
ghcacj(金币+50):既然bay兄不去领奖帖领奖, 那就在这把奖给你 2010-12-14 17:14:22
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-12-14 13:33:57:

bay_gulf,NAMD也可以做材料吗?比如说表面活性剂什么的,我知道gromacs是可以做的,但是NAMD我不太了解,如果可以做,应该怎么建模?

可以,针对不同体系的MD方法是一样的,严格说,所有体系的经典MD都能用任一款MD软件来算.只是不同软件的针对点不同,对某类体系算起来简单些而已.
NAMD完全可以算表面活性剂,只要准备好这个分子的(符合charmm力场的)pdb 文件即可.
22楼2010-12-14 17:10:48
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zyj8119

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-12-14 17:10:48:

可以,针对不同体系的MD方法是一样的,严格说,所有体系的经典MD都能用任一款MD软件来算.只是不同软件的针对点不同,对某类体系算起来简单些而已.
NAMD完全可以算表面活性剂,只要准备好这个分子的(符合charmm力场的 ...

明白了,貌似我还见到过有人用NAMD做离子液体的,做MD最难办的就是力场问题。
好好学习,天天向上。
23楼2010-12-14 17:20:09
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ruthxu

金虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):鼓励 2010-12-18 20:37:36
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-11-10 21:24:00:
谢谢,是力的那一列,但是用原函数的导数计算会出问题,用这样得到的力计算会报一个the forces deviate on average XXX% from minus the numerical derivative of the potential的warning,而用f‘(x)=f(x+1)-f(x ...

您好,我现在也遇到同样的问题,如果直接原函数求导会出现您上述的问题,可是如果将这一列全部改为0,就没有错了,可这显然是不对的吧?我还想问一下,在gromacs这一列的作用是什么?
Betterlatethannever!
24楼2010-12-18 12:52:49
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ruthxu

金虫 (正式写手)

有关FENE bond potential 的使用

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 欢迎参与 2011-02-05 21:00:10
在使用FENE bond potential 计算成键作用时,出现如下错误:

Fatal error:
r^2 (9.685505) >= bm^2 (9.000000) in FENE bond between atoms 1111 and 1112

可能是什么原因呢?谢谢
Betterlatethannever!
25楼2010-12-21 19:51:57
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ruthxu

金虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 欢迎参与 2011-02-05 21:00:21
问题解决了,是由于命令都是通过脚本实现的。mdrun所需要的tpr没有生成,所以会报错
Betterlatethannever!
26楼2010-12-21 20:25:54
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aquariusy

木虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
请问一下,怎么查看蛋白质的静电荷是否为0?NAMD模拟时怎么在体系中加入离子以使整个体系保持中性?离子放入的位置怎么确定?
27楼2011-01-30 10:06:14
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+10): 谢谢,这是诊费。 2011-02-05 20:59:53
to 27# aquariusy
引用回帖:
请问一下,怎么查看蛋白质的静电荷是否为0?

$sel  get  totalcharge
可以获得所选sel 的总电荷.
引用回帖:
NAMD模拟时怎么在体系中加入离子以使整个体系保持中性?

一般说来, 至少charmmFF中, 每个完整体系的电荷量是整数.
选择合适数目的countions 加入即可.
引用回帖:
离子放入的位置怎么确定?

精确位置由泊松-波尔兹曼方程算出, 需要较为复杂的数值算法.
vmd 自带的那个autoionize 没有这个功能, 可以使用这个meadionize
http://www.chem.duke.edu/~ilya/S ... ocs/meadionize.html
28楼2011-01-30 16:29:47
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lan626

银虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流

你好,想做Alq3(八羟基喹啉铝)的无定形堆积,但现在没有金属Al的力场参数,想请问那个力场里有关于Al的力场参数,谢谢
选择了后悔就不要后悔选择......
29楼2011-02-19 09:44:58
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

引用回帖:
Originally posted by lan626 at 2011-02-19 01:44:58:
你好,想做Alq3(八羟基喹啉铝)的无定形堆积,但现在没有金属Al的力场参数,想请问那个力场里有关于Al的力场参数,谢谢

碱(土)之外的金属离子的力场形式同有机小分子有些差别,
至少据我所知,已发行的charmm和amber力场没有Al3+的参数.
没有关注过这个金属,你可以找一下文献,看看他们用什么参数或力场来做的.
30楼2011-02-19 11:19:39
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