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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-11-26 09:30:43:


您好, 是说我们那篇文章中的情形么
水分子在跨膜PNT中并不都是垂直的, 因为其受到两个方面的作用
其一是热运动, 偏一点的熵要比完全垂直的熵小得多
其二是管口附近的强定向力,使得该两个位置水链的偶极方向 ...

bay_gulf,NAMD也可以做材料吗？比如说表面活性剂什么的，我知道gromacs是可以做的，但是NAMD我不太了解，如果可以做，应该怎么建模？
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好好学习，天天向上。
21楼2010-12-14 13:33:57
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-14 17:13:55
ghcacj(金币+50):既然bay兄不去领奖帖领奖， 那就在这把奖给你 2010-12-14 17:14:15
ghcacj(金币+50):既然bay兄不去领奖帖领奖， 那就在这把奖给你 2010-12-14 17:14:22
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-12-14 13:33:57:

bay_gulf,NAMD也可以做材料吗？比如说表面活性剂什么的，我知道gromacs是可以做的，但是NAMD我不太了解，如果可以做，应该怎么建模？

可以,针对不同体系的MD方法是一样的,严格说,所有体系的经典MD都能用任一款MD软件来算.只是不同软件的针对点不同,对某类体系算起来简单些而已.
NAMD完全可以算表面活性剂,只要准备好这个分子的(符合charmm力场的)pdb 文件即可.
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22楼2010-12-14 17:10:48
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-12-14 17:10:48:

可以,针对不同体系的MD方法是一样的,严格说,所有体系的经典MD都能用任一款MD软件来算.只是不同软件的针对点不同,对某类体系算起来简单些而已.
NAMD完全可以算表面活性剂,只要准备好这个分子的(符合charmm力场的 ...

明白了，貌似我还见到过有人用NAMD做离子液体的，做MD最难办的就是力场问题。
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好好学习，天天向上。
23楼2010-12-14 17:20:09
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ruthxu

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):鼓励 2010-12-18 20:37:36
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-11-10 21:24:00:
谢谢，是力的那一列，但是用原函数的导数计算会出问题，用这样得到的力计算会报一个the forces deviate on average XXX% from minus the numerical derivative of the potential的warning，而用f‘(x)=f(x+1)-f(x ...

您好，我现在也遇到同样的问题，如果直接原函数求导会出现您上述的问题，可是如果将这一列全部改为0，就没有错了，可这显然是不对的吧？我还想问一下，在gromacs这一列的作用是什么？
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Betterlatethannever!
24楼2010-12-18 12:52:49
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ruthxu

金虫 (正式写手)

有关FENE bond potential 的使用

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 欢迎参与 2011-02-05 21:00:10
在使用FENE bond potential 计算成键作用时，出现如下错误：

Fatal error:
r^2 (9.685505) >= bm^2 (9.000000) in FENE bond between atoms 1111 and 1112

可能是什么原因呢？谢谢
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Betterlatethannever!
25楼2010-12-21 19:51:57
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ruthxu

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 欢迎参与 2011-02-05 21:00:21
问题解决了，是由于命令都是通过脚本实现的。mdrun所需要的tpr没有生成，所以会报错
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Betterlatethannever!
26楼2010-12-21 20:25:54
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aquariusy

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问一下，怎么查看蛋白质的静电荷是否为0？NAMD模拟时怎么在体系中加入离子以使整个体系保持中性？离子放入的位置怎么确定？
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27楼2011-01-30 10:06:14
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+10): 谢谢，这是诊费。 2011-02-05 20:59:53
to 27# aquariusy
引用回帖:
请问一下，怎么查看蛋白质的静电荷是否为0？

$sel  get  totalcharge
可以获得所选sel 的总电荷.
引用回帖:
NAMD模拟时怎么在体系中加入离子以使整个体系保持中性？

一般说来, 至少charmmFF中, 每个完整体系的电荷量是整数.
选择合适数目的countions 加入即可.
引用回帖:
离子放入的位置怎么确定？

精确位置由泊松-波尔兹曼方程算出, 需要较为复杂的数值算法.
vmd 自带的那个autoionize 没有这个功能, 可以使用这个meadionize
http://www.chem.duke.edu/~ilya/S ... ocs/meadionize.html
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28楼2011-01-30 16:29:47
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lan626

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

你好，想做Alq3（八羟基喹啉铝）的无定形堆积，但现在没有金属Al的力场参数，想请问那个力场里有关于Al的力场参数，谢谢
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选择了后悔就不要后悔选择......
29楼2011-02-19 09:44:58
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
引用回帖:
Originally posted by lan626 at 2011-02-19 01:44:58:
你好，想做Alq3（八羟基喹啉铝）的无定形堆积，但现在没有金属Al的力场参数，想请问那个力场里有关于Al的力场参数，谢谢

碱(土)之外的金属离子的力场形式同有机小分子有些差别,
至少据我所知,已发行的charmm和amber力场没有Al3+的参数.
没有关注过这个金属,你可以找一下文献,看看他们用什么参数或力场来做的.
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30楼2011-02-19 11:19:39
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