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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道已有19人参与
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本贴应ghcacj 版主邀请建立 讨论namd/vmd,gmx等软件处理水溶液,蛋白,磷脂等生化体系的模型构建及MD 模拟 讨论水在纳米通道,如AQPs,CNT,PNT,GA等,中结构及传输的理论及模拟研究 本学年面临毕业及升学,可能抽不出很多时间处理论坛的事务 本贴中不及时的回复请见谅 [ Last edited by ghcacj on 2010-10-12 at 10:10 ] [ Last edited by bay__gulf on 2010-11-25 at 13:01 ] [ Last edited by bay__gulf on 2011-2-6 at 08:45 ] |
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bay__gulf
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ghcacj(金币+10): 谢谢，这是诊费。 2011-02-05 20:59:53
ghcacj(金币+10): 谢谢，这是诊费。 2011-02-05 20:59:53
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to 27# aquariusy $sel get totalcharge 可以获得所选sel 的总电荷. 一般说来, 至少charmmFF中, 每个完整体系的电荷量是整数. 选择合适数目的countions 加入即可. 精确位置由泊松-波尔兹曼方程算出, 需要较为复杂的数值算法. vmd 自带的那个autoionize 没有这个功能, 可以使用这个meadionize http://www.chem.duke.edu/~ilya/S ... ocs/meadionize.html |
28楼2011-01-30 16:29:47
ghcacj
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3楼2010-10-15 14:18:06
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lei0736(金币+6):谢谢 2010-10-15 15:48:24
lei0736(金币+6):谢谢 2010-10-15 15:48:24
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首先保证轨迹中只有1个cluster, 多个cluster 间的平均是没有意义的 该步可使用gmx 的g_cluster 或vmd 的cluster plugin (自己安装,见 http://physiology.med.cornell.ed ... mdplugins/cluster/) 至于如果求平均构象, 这个看所谓"平均构象"的定义吧 一个容易想到的方法是 对各个原子的xyz逐frame 求平均,这个比较简单在vmd 中很容易实现 g_cluster 也可以直接做, 好像也是这个方法 但该方法 is unphysical and difficult to interpret 如果得到一个结构, 它的bonding informations, 主要是二面角是轨迹各个frame 要好些 也就是基于内坐标的平均 算法较复杂, 或许有一些数学上的工具可以直接处理, 这个我就不知道了 |
4楼2010-10-15 15:26:55