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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2011-02-19 11:19:39:
碱(土)之外的金属离子的力场形式同有机小分子有些差别,
至少据我所知,已发行的charmm和amber力场没有Al3+的参数.
没有关注过这个金属,你可以找一下文献,看看他们用什么参数或力场来做的.

bay兄有时间可以把自己做模拟写个小心得，是区别于已有的例子的。比如说，拿一篇你自己发表的一篇文章，然后写一下具体的实现过程，从建模，到准备文件，最后到具体实现。
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好好学习，天天向上。
31楼2011-02-25 18:10:49
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lan626

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你好，请问有机小分子配体如何生成.psf文件，如苯乙炔，我是用MS做的pdb文件，然后用paratool做par和top文件，用paratool产生的高斯输入文件，用gaussianview看时发现C和H没成键，可能是因为MS中的键长和gaussian中的键长不一样，是否会有影响？刚接触NAMD,照着tutial做了一遍...谢谢哈
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选择了后悔就不要后悔选择......
32楼2011-02-25 19:06:00
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-02-25 18:10:49:
bay兄有时间可以把自己做模拟写个小心得，是区别于已有的例子的。比如说，拿一篇你自己发表的一篇文章，然后写一下具体的实现过程，从建模，到准备文件，最后到具体实现。

已经总结了不少了呵.
面临毕业, 在准备考学和毕业论文的事. 论文里头有一章打算奉献给网友, 不打算外投了. 到时候大家不要丢鸡蛋就行了
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33楼2011-02-25 20:12:08
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+10, 模拟EPI+1): 谢谢，欢迎分享经验 2011-02-28 13:57:17
引用回帖:
Originally posted by lan626 at 2011-02-25 19:06:00:
你好，请问有机小分子配体如何生成.psf文件，如苯乙炔，我是用MS做的pdb文件，然后用paratool做par和top文件，用paratool产生的高斯输入文件，用gaussianview看时发现C和H没成键，可能是因为MS中的键长和gaussian ...

我整理过这个问题, 可以看一下这个帖子
http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html

制作小分子力场文件时候, top和par是分别制作的.
top文件定义了分子的键连信息, 原子的atomtype和电荷
力场中的Intramolecular Forces 和Intermolecular Forces 是要分开处理的
Intra的那个, 就是键/角/二面角项,top文件只定义了有哪些.具体参数在par文件中.
atomtype 找对了的话, 大部分项都可以直接使用力场中已经有了的
没有的那几项可以用Spartan 或高斯+paratool 算一下, 我在那个帖子中有详细使用方法
Inter 就是LJ 和静电力
atomtype 定了, LJ 也定了
静电力可以根据力场的protocol 确定, 实在没办法可以自己用高斯算一下

如果atomtype选得好, 那么体系中一部分Intra是可以用par中现成的, 不需要自己算.可以先跑一下namd, 看还缺哪些再有针对性地算. 模型不需要你要算的整个分子,设计个有那个项的小分子即可. 用paratool 计算时候和top文件是否定义键连是没有关系的. gview 判断键连是根据真实的三维构象来的, 容许的较大, 没有连上说明分子的初始结构有大的误差. 有时候没有问题, 但为最好做个好点的初始结构, 后面会省很多.

失败是一次学习的机会, 不用害怕.
namd 的tutorial很多, 照着一个个,一步步来吧.
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34楼2011-02-25 20:30:07
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2011-02-25 20:12:08:
已经总结了不少了呵.
面临毕业, 在准备考学和毕业论文的事. 论文里头有一章打算奉献给网友, 不打算外投了. 到时候大家不要丢鸡蛋就行了

一定支持，bay兄的胸怀，大家都知道，呵呵！！！！
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好好学习，天天向上。
35楼2011-02-25 21:03:08
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克罗米虎

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我一直在用amber,是否有必要学习一下NAMD呢？还是都一样？
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专业的计算模拟服务：http://www.wecomput.com
36楼2011-02-27 18:48:54
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-02-28 13:57:02
引用回帖:
Originally posted by 克罗米虎 at 2011-02-27 18:48:54:
我一直在用amber,是否有必要学习一下NAMD呢？还是都一样？

namd 是charmm 的衍生, 说实话同amber 关系不大.
如果非要再学一门, namd没有非学不可的理由.
如果你喜欢当然可以学, 多学一点总是有益无害的
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37楼2011-02-27 20:23:52
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lan626

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2011-02-25 20:30:07:
我整理过这个问题, 可以看一下这个帖子
http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html

制作小分子力场文件时候, top和par是分别制作的.
top文件定义了分子的键连信息, 原子的atomtype和电荷
力 ...

谢谢，http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html你整理的链接我看了一部分，刚开始接触，想做个简单的分子，如苯乙炔的psf，top，par文件，用paratool 导入pdb文件，（base molecular）pdb文件为
REMARK   Materials Studio PDB file
REMARK   Created:  Fri Feb 25 09:22:16 中国标准时间 2011
AUTHOR    GENERATED BY OPEN BABEL 2.2.3
ATOM      1  C   MOL     1      -3.440   1.041  -0.145  1.00  0.00           C  
ATOM      2  C   MOL     1      -2.840  -0.376  -0.115  1.00  0.00           C  
ATOM      3  C   MOL     1      -1.319  -0.566   0.029  1.00  0.00           C  
ATOM      4  C   MOL     1      -0.398   0.662   0.145  1.00  0.00           C  
ATOM      5  C   MOL     1      -0.997   2.080   0.116  1.00  0.00           C  
ATOM      6  C   MOL     1      -2.519   2.270  -0.028  1.00  0.00           C  
ATOM      7  C   MOL     1       1.124   0.472   0.289  1.00  0.00           C  
ATOM      8  C   MOL     1       2.645   0.283   0.431  1.00  0.00           C  
ATOM      9  H   MOL     1      -4.566   1.182  -0.253  1.00  0.00           H  
ATOM     10  H   MOL     1      -3.523  -1.285  -0.201  1.00  0.00           H  
ATOM     11  H   MOL     1      -0.875  -1.616   0.050  1.00  0.00           H  
ATOM     12  H   MOL     1      -0.315   2.989   0.203  1.00  0.00           H  
ATOM     13  H   MOL     1      -2.963   3.319  -0.050  1.00  0.00           H  
ATOM     14  H   MOL     1       3.772   0.144   0.536  1.00  0.00           H  
CONECT    1    9    2    2    6                                                
CONECT    2   10    1    1    3                                                
CONECT    3    2   11    4    4                                                
CONECT    4    3    3    5    7                                                
CONECT    5    6    6    4   12                                                
CONECT    6    1   13    5    5                                                
CONECT    7    4    8    8    8                                                
CONECT    8    7    7    7   14                                                
CONECT    9    1                                                               
CONECT   10    2                                                               
CONECT   11    3                                                               
CONECT   12    5                                                               
CONECT   13    6                                                               
CONECT   14    8                                                               
MASTER        0    0    0    0    0    0    0    0   14    0   14    0
END
现在分配原子原子类型和vdw参数时用edit>atom  properties 总会提示Error：expected boolean value but got:：不知是什么原因？谢谢
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38楼2011-02-28 16:07:52
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lan626

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你好，想问一下，电荷是自己算出来（如用高斯pop=nbo）手动加上去的吗还是？用paratool算出来的参数可靠吗，谢谢哈
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选择了后悔就不要后悔选择......
39楼2011-03-12 09:47:52
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lsmmaomao

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
高手你好！！我有一个问题急需向您请教！
我最近在用gromacs做钙离子通道部分片段的模拟，首先请问这个软件是不适合这种体系？
在我开始建立top文件的时候，我input从网上下载的PDB文件，用pdb2gmx命令生成top 和gro文件的时候，出现了这样的报错：
Fatal error:
Chain identifier 'A' was used in two non-sequential blocks (residue 484, atom 3852)
我的PDB号码是：2BE6.PDB（钙离子通道IQ域）
另外，这个区域还有一个较低分辨率的pdb文件2VAY.pdb。运行的时候同样会出现这个报错！！
这样是不是说明是这个蛋白质域本身的结构问题？（注：我这个结构有三条链，其中一条是通道阿尔法链的一小段，另外两条是与这条链结合的一个钙调蛋白的两条链）
我在网上查到这个错误的说明：Chain identifier 'X' was used in two non-sequential blocks
This means that within the coordinate file fed to pdb2gmx, the X chain has been split, possibly by the incorrect insertion of one molecule within another. The solution is simple: move the inserted molecule to a location within the file so that it is not splitting another molecule.
This message may also mean that the same chain identifier has been used for two separate chains. In that case, rename the second chain to a unique identifier.
但是我发现它报错的原子编号前后并未出现他所描述的问题呀！！
从PDB的文本文档中看出，好像是有几处链有交叉的情况，我试着调了一下：
我把2VAY.pdb中hetatmA B链交叉的部分顺序调整后，把编号按递增顺序编好，又运行了一下，还是出现上文中同样的问题！！
我现在不知道该怎么办！！急求大侠帮助！！！
这个问题就结了很久了！！！很急！！！

[ Last edited by lsmmaomao on 2011-3-14 at 11:50 ]
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40楼2011-03-14 11:41:57
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