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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道已有19人参与
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本贴应ghcacj 版主邀请建立 讨论namd/vmd,gmx等软件处理水溶液,蛋白,磷脂等生化体系的模型构建及MD 模拟 讨论水在纳米通道,如AQPs,CNT,PNT,GA等,中结构及传输的理论及模拟研究 本学年面临毕业及升学,可能抽不出很多时间处理论坛的事务 本贴中不及时的回复请见谅 [ Last edited by ghcacj on 2010-10-12 at 10:10 ] [ Last edited by bay__gulf on 2010-11-25 at 13:01 ] [ Last edited by bay__gulf on 2011-2-6 at 08:45 ] |
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bay__gulf
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ghcacj(金币+10, 模拟EPI+1): 谢谢，欢迎分享经验 2011-02-28 13:57:17
ghcacj(金币+10, 模拟EPI+1): 谢谢，欢迎分享经验 2011-02-28 13:57:17
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我整理过这个问题, 可以看一下这个帖子 http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html 制作小分子力场文件时候, top和par是分别制作的. top文件定义了分子的键连信息, 原子的atomtype和电荷 力场中的Intramolecular Forces 和Intermolecular Forces 是要分开处理的 Intra的那个, 就是键/角/二面角项,top文件只定义了有哪些.具体参数在par文件中. atomtype 找对了的话, 大部分项都可以直接使用力场中已经有了的 没有的那几项可以用Spartan 或高斯+paratool 算一下, 我在那个帖子中有详细使用方法 Inter 就是LJ 和静电力 atomtype 定了, LJ 也定了 静电力可以根据力场的protocol 确定, 实在没办法可以自己用高斯算一下 如果atomtype选得好, 那么体系中一部分Intra是可以用par中现成的, 不需要自己算.可以先跑一下namd, 看还缺哪些再有针对性地算. 模型不需要你要算的整个分子,设计个有那个项的小分子即可. 用paratool 计算时候和top文件是否定义键连是没有关系的. gview 判断键连是根据真实的三维构象来的, 容许的较大, 没有连上说明分子的初始结构有大的误差. 有时候没有问题, 但为最好做个好点的初始结构, 后面会省很多. 失败是一次学习的机会, 不用害怕. namd 的tutorial很多, 照着一个个,一步步来吧. |
34楼2011-02-25 20:30:07
ghcacj
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2楼2010-10-12 10:11:03
jhonsmith001
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3楼2010-10-15 14:18:06
bay__gulf
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lei0736(金币+6):谢谢 2010-10-15 15:48:24
lei0736(金币+6):谢谢 2010-10-15 15:48:24
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首先保证轨迹中只有1个cluster, 多个cluster 间的平均是没有意义的 该步可使用gmx 的g_cluster 或vmd 的cluster plugin (自己安装,见 http://physiology.med.cornell.ed ... mdplugins/cluster/) 至于如果求平均构象, 这个看所谓"平均构象"的定义吧 一个容易想到的方法是 对各个原子的xyz逐frame 求平均,这个比较简单在vmd 中很容易实现 g_cluster 也可以直接做, 好像也是这个方法 但该方法 is unphysical and difficult to interpret 如果得到一个结构, 它的bonding informations, 主要是二面角是轨迹各个frame 要好些 也就是基于内坐标的平均 算法较复杂, 或许有一些数学上的工具可以直接处理, 这个我就不知道了 |
4楼2010-10-15 15:26:55