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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道 已有19人参与
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本贴应ghcacj 版主邀请建立 讨论namd/vmd,gmx等软件处理水溶液,蛋白,磷脂等生化体系的模型构建及MD 模拟 讨论水在纳米通道,如AQPs,CNT,PNT,GA等,中结构及传输的理论及模拟研究 本学年面临毕业及升学,可能抽不出很多时间处理论坛的事务 本贴中不及时的回复请见谅 [ Last edited by ghcacj on 2010-10-12 at 10:10 ] [ Last edited by bay__gulf on 2010-11-25 at 13:01 ] [ Last edited by bay__gulf on 2011-2-6 at 08:45 ] |
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lan626
银虫 (正式写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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谢谢，http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html你整理的链接我看了一部分，刚开始接触，想做个简单的分子，如苯乙炔的psf，top，par文件，用paratool 导入pdb文件，（base molecular）pdb文件为 REMARK Materials Studio PDB file REMARK Created: Fri Feb 25 09:22:16 中国标准时间 2011 AUTHOR GENERATED BY OPEN BABEL 2.2.3 ATOM 1 C MOL 1 -3.440 1.041 -0.145 1.00 0.00 C ATOM 2 C MOL 1 -2.840 -0.376 -0.115 1.00 0.00 C ATOM 3 C MOL 1 -1.319 -0.566 0.029 1.00 0.00 C ATOM 4 C MOL 1 -0.398 0.662 0.145 1.00 0.00 C ATOM 5 C MOL 1 -0.997 2.080 0.116 1.00 0.00 C ATOM 6 C MOL 1 -2.519 2.270 -0.028 1.00 0.00 C ATOM 7 C MOL 1 1.124 0.472 0.289 1.00 0.00 C ATOM 8 C MOL 1 2.645 0.283 0.431 1.00 0.00 C ATOM 9 H MOL 1 -4.566 1.182 -0.253 1.00 0.00 H ATOM 10 H MOL 1 -3.523 -1.285 -0.201 1.00 0.00 H ATOM 11 H MOL 1 -0.875 -1.616 0.050 1.00 0.00 H ATOM 12 H MOL 1 -0.315 2.989 0.203 1.00 0.00 H ATOM 13 H MOL 1 -2.963 3.319 -0.050 1.00 0.00 H ATOM 14 H MOL 1 3.772 0.144 0.536 1.00 0.00 H CONECT 1 9 2 2 6 CONECT 2 10 1 1 3 CONECT 3 2 11 4 4 CONECT 4 3 3 5 7 CONECT 5 6 6 4 12 CONECT 6 1 13 5 5 CONECT 7 4 8 8 8 CONECT 8 7 7 7 14 CONECT 9 1 CONECT 10 2 CONECT 11 3 CONECT 12 5 CONECT 13 6 CONECT 14 8 MASTER 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 14 0 END 现在分配原子原子类型和vdw参数时用edit>atom properties 总会提示Error：expected boolean value but got:：不知是什么原因？谢谢 |
38楼2011-02-28 16:07:52
ghcacj
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阿超
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2楼2010-10-12 10:11:03
jhonsmith001
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3楼2010-10-15 14:18:06
bay__gulf
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lei0736(金币+6):谢谢 2010-10-15 15:48:24
lei0736(金币+6):谢谢 2010-10-15 15:48:24
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首先保证轨迹中只有1个cluster, 多个cluster 间的平均是没有意义的 该步可使用gmx 的g_cluster 或vmd 的cluster plugin (自己安装,见 http://physiology.med.cornell.ed ... mdplugins/cluster/) 至于如果求平均构象, 这个看所谓"平均构象"的定义吧 一个容易想到的方法是 对各个原子的xyz逐frame 求平均,这个比较简单在vmd 中很容易实现 g_cluster 也可以直接做, 好像也是这个方法 但该方法 is unphysical and difficult to interpret 如果得到一个结构, 它的bonding informations, 主要是二面角是轨迹各个frame 要好些 也就是基于内坐标的平均 算法较复杂, 或许有一些数学上的工具可以直接处理, 这个我就不知道了 |
4楼2010-10-15 15:26:55
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