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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道 已有19人参与
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本贴应ghcacj 版主邀请建立 讨论namd/vmd,gmx等软件处理水溶液,蛋白,磷脂等生化体系的模型构建及MD 模拟 讨论水在纳米通道,如AQPs,CNT,PNT,GA等,中结构及传输的理论及模拟研究 本学年面临毕业及升学,可能抽不出很多时间处理论坛的事务 本贴中不及时的回复请见谅 [ Last edited by ghcacj on 2010-10-12 at 10:10 ] [ Last edited by bay__gulf on 2010-11-25 at 13:01 ] [ Last edited by bay__gulf on 2011-2-6 at 08:45 ] |
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某top大学教授说“能够在市场中兑现的能力才是真能力”无比同意！
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
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Bay神一定要赐教啊 本人simulation初入 组内无人做这个方向 请高人们不吝收徒 感激不尽~ 切入正题： simulation的方向是biophotonics， 想用分子模拟研究超短脉冲光对细胞类磷脂膜的穿孔效应（Photoporation）， 相应在生物上的应用叫光转染（phototransfection），查了一些资料，有关穿孔效应的，一些使用电场的张力效应加以模拟的，不过都是好几年前的老文章了。近期都是用MS的方法直接模拟，不过所有的模拟（simulation）都是在研究电穿孔（electroporation） 关于脉冲光场的一点也没有。。。因为之前没有任何模拟经验 手足无措。。。 脉冲是100飞秒左右 80Mhz的大功率场 目前所有工作都是模拟plasma效应的 中间的电反应肯定也有非线性的效应 不知道现有的MS软件能否胜任？ 查处的MS软件做电穿孔的主要是NAMD NAMD合适我的情况么？ 如果可行这个电场要如何通过力场耦合到膜上~ 新人能力有限只能伸手 有朝一日一定回报社会~~ |
45楼2011-07-08 15:03:59
ghcacj
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阿超
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2楼2010-10-12 10:11:03
jhonsmith001
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3楼2010-10-15 14:18:06
bay__gulf
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刘苏州
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lei0736(金币+6):谢谢 2010-10-15 15:48:24
lei0736(金币+6):谢谢 2010-10-15 15:48:24
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首先保证轨迹中只有1个cluster, 多个cluster 间的平均是没有意义的 该步可使用gmx 的g_cluster 或vmd 的cluster plugin (自己安装,见 http://physiology.med.cornell.ed ... mdplugins/cluster/) 至于如果求平均构象, 这个看所谓"平均构象"的定义吧 一个容易想到的方法是 对各个原子的xyz逐frame 求平均,这个比较简单在vmd 中很容易实现 g_cluster 也可以直接做, 好像也是这个方法 但该方法 is unphysical and difficult to interpret 如果得到一个结构, 它的bonding informations, 主要是二面角是轨迹各个frame 要好些 也就是基于内坐标的平均 算法较复杂, 或许有一些数学上的工具可以直接处理, 这个我就不知道了 |
4楼2010-10-15 15:26:55
