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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】pdb文件转换成gjf文件问题
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sunzhiguo

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】pdb文件转换成gjf文件问题 已有3人参与

请教大家：1、从MS中截取分子筛模型，export存为pdb文件，然后用gview打 开  键很乱，还有虚键，请问做高斯计算前需不需要将其处理成单键？
     2、用氢原子饱和悬断键，固定Si-H键长，请问除逐个修改，有没有其他办法？
多谢回答。好人一生平安。
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1楼 2010-10-09 10:14:13
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sunzhiguo

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by quantumor at 2010-10-10 14:48:28:
MS本身就有Dmol，可以做很多事情的，干嘛要拐个弯再做Gaussian呢？

因为要做ONIOM,而且只有高斯的版权。多谢参与。
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5楼2010-10-10 14:55:05
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
zhou2009(金币+2): 2010-10-10 16:42:43
1。不需要
2。自动加氢
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-10-09 16:49:03
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sunzhiguo

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by erylingjet at 2010-10-09 16:49:03:
1。不需要
2。自动加氢

多谢。是在MS中自动加氢吗？自动加氢后怎么确定Si-H键的键长为0.146nm?
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3楼2010-10-10 11:14:20
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
MS本身就有Dmol，可以做很多事情的，干嘛要拐个弯再做Gaussian呢？
赞一下(1人) 回复此楼
愿好运与快乐伴随你！
4楼2010-10-10 14:48:28
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