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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】分子模拟，这个想法要是能实现就好了
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romance

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子模拟，这个想法要是能实现就好了

如题，我是化学方向的，不懂分子模拟，可是有个想法：要是有什么软件可以实现1.单个化合物的3D直观结构（键角，键长都可反映出来）；2.提供几个反应物，软件能给出反应的难易（时间长短，），反应的进攻方向（最容易反应的部位），以及产物的3D结构 3.提供配体和金属，软件给出配位情况和可能的晶体结构？
    呵呵，要求是不是太理想了？不知道这个想法能不能实现？如果可以的话需要学习哪些方面的知识？先谢谢大家了！
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Nothing doesn't matter!
1楼 2010-10-09 10:14:02
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
romance(金币+1):谢谢参与，chem3D好像不太可靠啊！ 2010-10-09 11:07:09
zh1987hs(金币+2):谢谢老汉 2010-10-09 11:11:31
romance(金币+2):非常感谢您的回复，再给2个金币表示感谢！ 2010-11-01 10:13:47
1、Chem3D
2、Chem3D+MOPAC
3、Chem3D
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2楼2010-10-09 10:55:30
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romance

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2010-10-09 10:55:30:
1、Chem3D
2、Chem3D+MOPAC
3、Chem3D

呵呵，个人觉得chemoffice 的3D功能不敢恭维，距离真实构型还是有相当差距的！
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Nothing doesn't matter!
3楼2010-10-09 11:05:29
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-10-09 12:18:06
romance(金币+3):非常感谢！我也听说量化计算比较难，呵呵！ 2010-10-10 10:44:29
romance(金币+3):多谢您的帮助，借助3个金币再次表达我的谢意！！ 2010-11-01 10:14:45
估计老汉是考虑到易上手的原因，因为除了最后一个不知道可不可以外，其他的都可以，化合物的3D结构你可以先上CCDC和ZINC数据库找找看有没有已经解析的，反应的难易程度，易进攻的位置可以通过量化软件进行计算，比如Gaussian,Gamess等等。但是你要学习，可能需要花不少时间，请斟酌
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4楼2010-10-09 11:14:30
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢老汉 2010-10-09 14:45:50
romance(金币+3):牛人啊！谢了！ 2010-10-10 10:46:52
引用回帖:
Originally posted by romance at 2010-10-09 11:05:29:
呵呵，个人觉得chemoffice 的3D功能不敢恭维，距离真实构型还是有相当差距的！

嘻嘻，老汉知道，Chem3D其实就是个架子而已。

真要算什么，还要调用GAMESS, MOPAC, Gaussian和Jaguar。
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5楼2010-10-09 14:25:19
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
romance(金币+1):呵呵，后果这么严重？软件是免费的还是买的啊？电脑要什么配置才能跑的动呢？ 2010-10-10 10:50:48
lei0736(金币+1):谢谢 2010-10-10 16:07:36
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2010-10-09 14:25:19:


嘻嘻，老汉知道，Chem3D其实就是个架子而已。

真要算什么，还要调用GAMESS, MOPAC, Gaussian和Jaguar。


老汉比较强大~呵呵~不过我只用前面两个，后面的要是偷偷用就要被通缉了~
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6楼2010-10-09 14:45:26
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-10-10 16:07:42
romance(金币+1):哦，好的，我试试看能不能下载到，再次表示感谢啊！ 2010-10-10 16:49:26
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-10-09 14:45:26:

老汉比较强大~呵呵~不过我只用前面两个，后面的要是偷偷用就要被通缉了~

你可以把chemoffice看成一个架子，MOPAC是免费的，可以在GOOGLE上搜索一下~最新版是2009，GAMESS也是免费的~都是可以注册下载的
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7楼2010-10-10 15:05:38
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-10-10 16:07:50
romance(金币+1):小分子有多小呢？分子量几百？几千？ 2010-10-10 16:51:18
引用回帖:
Originally posted by romance at 2010-10-09 10:14:02:
如题，我是化学方向的，不懂分子模拟，可是有个想法：要是有什么软件可以实现1.单个化合物的3D直观结构（键角，键长都可反映出来）；2.提供几个反应物，软件能给出反应的难易（时间长短，），反应的进攻方向（最容 ...

高斯只对于计算小分子比较好，如果分子质量大了就跑不动了，还可能中途停了
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科研就是讨论出来的
8楼2010-10-10 15:23:03
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