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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】怎么实现单轴拉伸模拟？
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吕倩茹

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】怎么实现单轴拉伸模拟？

本人新手，想做拉伸，请教如何在gromacs中实现单轴拉伸模拟？应该设定哪些参数？希望大家不吝赐教啊
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1楼 2011-03-14 16:25:42
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liqingwen

木虫 (正式写手)
★
吕倩茹(金币+1):谢谢参与
吕倩茹(金币+2): 谢谢 2011-03-15 19:36:56
GROMACS倒是不太清楚怎么做，但是我是做NAMD的，SMD可以做的，也比较简单。如果有需要，可以继续交流...
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2楼2011-03-15 18:51:03
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吕倩茹

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by liqingwen at 2011-03-15 18:51:03:
GROMACS倒是不太清楚怎么做，但是我是做NAMD的，SMD可以做的，也比较简单。如果有需要，可以继续交流...

我主要就是想做一个体系，然后多其进行拉伸，老板说在XY方向加压，Z方向保持大气压不变，然后进行模拟。不知道在NAMD中是怎么实现的呢？
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4楼2011-03-15 19:36:24
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吕倩茹

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 20002504 at 2011-03-15 19:02:03:

请别这么无聊，我是来交流学习的，
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5楼2011-03-15 19:38:00
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liqingwen

木虫 (正式写手)
吕倩茹(金币+2): 谢谢交流 2011-03-16 15:16:49
引用回帖:
Originally posted by 吕倩茹 at 2011-03-15 19:36:24:
我主要就是想做一个体系，然后多其进行拉伸，老板说在XY方向加压，Z方向保持大气压不变，然后进行模拟。不知道在NAMD中是怎么实现的呢？

加压我没做过，加力倒是会一点儿。SMD里面可以自定义力的方向和大小。你的这个问题可能要询问gromacs的高手了，如果你确定gromacs可以做的话，可以仔细看看toturial一类的东西。不过，我确定gramacs也是可以做SMD的，看到有人做过，只是不知道能不能做到你的要求....
菜鸟一个，算是帮你顶贴了，呵呵
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7楼2011-03-16 12:19:25
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wally8962

木虫 (著名写手)
★
吕倩茹(金币+1):谢谢参与
吕倩茹(金币+1): 谢谢你的建议 2011-03-16 15:16:11
gromacs里面有个pulling的模块
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8楼2011-03-16 14:42:49
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吕倩茹

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2011-03-16 14:42:49:
gromacs里面有个pulling的模块

这个我看到了，但是和我做的不太一样，我做的类似于交联体系的单轴拉伸，改变周期边界的那种，pulling 那块好像是相对质心的位移，测量平均力势，也不知道我看得对不对
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9楼2011-03-16 15:08:38
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吕倩茹

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by liqingwen at 2011-03-16 12:19:25:
加压我没做过，加力倒是会一点儿。SMD里面可以自定义力的方向和大小。你的这个问题可能要询问gromacs的高手了，如果你确定gromacs可以做的话，可以仔细看看toturial一类的东西。不过，我确定gramacs也是可以做S ...

谢谢了，至少也是一个方向，我再看看吧
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10楼2011-03-16 15:14:41
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wally8962

木虫 (著名写手)
吕倩茹(金币+1): 谢谢 2011-03-16 19:17:51
namd可以施加某个方向的应力，不知道gromacs行不行
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11楼2011-03-16 17:12:45
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吕倩茹

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2011-03-16 17:12:45:
namd可以施加某个方向的应力，不知道gromacs行不行

不太清楚该怎么做，菜鸟呢还是
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12楼2011-03-16 19:17:39
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200025043楼
2011-03-15 19:02  
吕倩茹(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by 吕倩茹 at 2011-03-14 16:25:42: 本人新手，想做拉伸，请教如何在gromacs中实现单轴拉伸模拟？应该设定哪些参数？希望大家不吝赐教啊

shangfeng86楼
2011-03-15 19:46  
吕倩茹(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by 吕倩茹 at 2011-03-14 16:25:42: 本人新手，想做拉伸，请教如何在gromacs中实现单轴拉伸模拟？应该设定哪些参数？希望大家不吝赐教啊

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