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吕倩茹

银虫 (初入文坛)


[交流] 【求助】怎么实现单轴拉伸模拟?

本人新手,想做拉伸,请教如何在gromacs中实现单轴拉伸模拟?应该设定哪些参数?希望大家不吝赐教啊
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liqingwen

木虫 (正式写手)



吕倩茹(金币+1):谢谢参与
吕倩茹(金币+2): 谢谢 2011-03-15 19:36:56
GROMACS倒是不太清楚怎么做,但是我是做NAMD的,SMD可以做的,也比较简单。如果有需要,可以继续交流...
2楼2011-03-15 18:51:03
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吕倩茹

银虫 (初入文坛)


引用回帖:
Originally posted by liqingwen at 2011-03-15 18:51:03:
GROMACS倒是不太清楚怎么做,但是我是做NAMD的,SMD可以做的,也比较简单。如果有需要,可以继续交流...

我主要就是想做一个体系,然后多其进行拉伸,老板说在XY方向加压,Z方向保持大气压不变,然后进行模拟。不知道在NAMD中是怎么实现的呢?
4楼2011-03-15 19:36:24
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吕倩茹

银虫 (初入文坛)


引用回帖:
Originally posted by 20002504 at 2011-03-15 19:02:03:

请别这么无聊,我是来交流学习的,
5楼2011-03-15 19:38:00
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liqingwen

木虫 (正式写手)


吕倩茹(金币+2): 谢谢交流 2011-03-16 15:16:49
引用回帖:
Originally posted by 吕倩茹 at 2011-03-15 19:36:24:
我主要就是想做一个体系,然后多其进行拉伸,老板说在XY方向加压,Z方向保持大气压不变,然后进行模拟。不知道在NAMD中是怎么实现的呢?

加压我没做过,加力倒是会一点儿。SMD里面可以自定义力的方向和大小。你的这个问题可能要询问gromacs的高手了,如果你确定gromacs可以做的话,可以仔细看看toturial一类的东西。不过,我确定gramacs也是可以做SMD的,看到有人做过,只是不知道能不能做到你的要求....
菜鸟一个,算是帮你顶贴了,呵呵
7楼2011-03-16 12:19:25
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wally8962

木虫 (著名写手)



吕倩茹(金币+1):谢谢参与
吕倩茹(金币+1): 谢谢你的建议 2011-03-16 15:16:11
gromacs里面有个pulling的模块
8楼2011-03-16 14:42:49
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吕倩茹

银虫 (初入文坛)


引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2011-03-16 14:42:49:
gromacs里面有个pulling的模块

这个我看到了,但是和我做的不太一样,我做的类似于交联体系的单轴拉伸,改变周期边界的那种,pulling 那块好像是相对质心的位移,测量平均力势,也不知道我看得对不对
9楼2011-03-16 15:08:38
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吕倩茹

银虫 (初入文坛)


引用回帖:
Originally posted by liqingwen at 2011-03-16 12:19:25:
加压我没做过,加力倒是会一点儿。SMD里面可以自定义力的方向和大小。你的这个问题可能要询问gromacs的高手了,如果你确定gromacs可以做的话,可以仔细看看toturial一类的东西。不过,我确定gramacs也是可以做S ...

谢谢了,至少也是一个方向,我再看看吧
10楼2011-03-16 15:14:41
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wally8962

木虫 (著名写手)


吕倩茹(金币+1): 谢谢 2011-03-16 19:17:51
namd可以施加某个方向的应力,不知道gromacs行不行
11楼2011-03-16 17:12:45
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吕倩茹

银虫 (初入文坛)


引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2011-03-16 17:12:45:
namd可以施加某个方向的应力,不知道gromacs行不行

不太清楚该怎么做,菜鸟呢还是
12楼2011-03-16 19:17:39
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简单回复
200025043楼
2011-03-15 19:02  
吕倩茹(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by 吕倩茹 at 2011-03-14 16:25:42: 本人新手,想做拉伸,请教如何在gromacs中实现单轴拉伸模拟?应该设定哪些参数?希望大家不吝赐教啊

2011-03-15 19:46  
吕倩茹(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by 吕倩茹 at 2011-03-14 16:25:42: 本人新手,想做拉伸,请教如何在gromacs中实现单轴拉伸模拟?应该设定哪些参数?希望大家不吝赐教啊

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