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吕倩茹

银虫 (初入文坛)

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[交流] 【求助】怎么实现单轴拉伸模拟？

本人新手，想做拉伸，请教如何在gromacs中实现单轴拉伸模拟？应该设定哪些参数？希望大家不吝赐教啊

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1楼 2011-03-14 16:25:42

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

liqingwen

木虫 (正式写手)

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吕倩茹(金币+2): 谢谢交流 2011-03-16 15:16:49

引用回帖:

Originally posted by 吕倩茹 at 2011-03-15 19:36:24:
我主要就是想做一个体系，然后多其进行拉伸，老板说在XY方向加压，Z方向保持大气压不变，然后进行模拟。不知道在NAMD中是怎么实现的呢？

加压我没做过，加力倒是会一点儿。SMD里面可以自定义力的方向和大小。你的这个问题可能要询问gromacs的高手了，如果你确定gromacs可以做的话，可以仔细看看toturial一类的东西。不过，我确定gramacs也是可以做SMD的，看到有人做过，只是不知道能不能做到你的要求....
菜鸟一个，算是帮你顶贴了，呵呵