应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】heme中三价铁的力场参数
52/1返回列表
查看: 2878  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

futing1229

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】heme中三价铁的力场参数 已有4人参与

最近遇到一个问题，在处理heme时 ，其中的铁为正三价时，力场参数怎么确定？
amber 里的铁是二价。不知道其他哪些软件里包含三价铁？
谢谢！

[ Last edited by futing1229 on 2010-10-8 at 16:35 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-10-08 15:30:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

futing1229

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhj10.26 at 2011-03-29 17:00:28:
请问楼主找到HEME中FE3+的力场参数了吗?

最近在赶另外一个课题，这个暂时放下了！
赞一下 回复此楼
11楼2011-03-29 18:51:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

z5476t4508

新虫 (正式写手)

明天家
★ ★ ★ ★
futing1229(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-10-21 17:04:39
可不可以这样呢？

然后把heme中的铁拿掉，然后加个背景电荷（3+）在gaussian中优化，单点并用 resp 得到参数，把Fe和拿掉Fe的heme看成两个残基load到leap里面，生成prmtop文件

如果跑动力学有问题的话可以先把整个分子（含FE3+）放到gaussian里优化、单点，然后用resp拟合出电荷
然后把prmtop文件中的电荷换掉...
赞一下(2人) 回复此楼
Itrustyouarekeepingwell?
2楼2010-10-21 16:34:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nkyx

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
futing1229(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-23 08:47:10
华东理工大学药学院有个老师，做heme蛋白，发了很多分子模拟的文章，可以参考一下。
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-10-22 21:47:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★ ★
futing1229(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-31 08:27:53
铁的极化很强，看成背景电荷好像。。。
引用回帖:
Originally posted by z5476t4508 at 2010-10-21 16:34:32:
可不可以这样呢？

然后把heme中的铁拿掉，然后加个背景电荷（3+）在gaussian中优化，单点并用 resp 得到参数，把Fe和拿掉Fe的heme看成两个残基load到leap里面，生成prmtop文件

如果跑动力学有问题的话可以先 ...

赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-10-30 10:41:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭