24小时热门版块排行榜    

查看: 2051  |  回复: 4

我芹菜

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】sybyl对接中水分子处理 已有3人参与

本人是菜鸟一只,刚刚接触分子模拟,使用的是sybyl软件,现在想验证一下,所看文献中的对接结果,即:某蛋白质分子和它的激动剂的作用,但是文献对接的结果中,水分子也和蛋白质或是激动剂形成了氢键作用。本人对于有水分子参与的对接过程不了解,想请问各位进行指导。谢谢。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集 药物化学

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

我在过马路,你人在哪里。。。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qustwq

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-09-26 10:05:14
sybyl对接前处理受体与配体的时候都是把水删除的。如果非要考察水分子与蛋白的作用我认为可以在对接完成以后加上水分子做一个动力学。一家之言!请熟悉则方面的专家多多指教!
2楼2010-09-26 09:36:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mike0601

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-09-26 15:45:50
在去掉小分子那一步时可以不去掉水分子,估计这样可以吧(个人想法,还待检验)
3楼2010-09-26 10:38:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我芹菜

铜虫 (小有名气)

二楼说的考虑过,但是还没有实施。三楼说的实施过,失败告终。。。
谢谢二位热心
我在过马路,你人在哪里。。。
4楼2010-09-26 15:01:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)

帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集
故地如重游月圆更寂寞
5楼2011-09-05 20:12:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 我芹菜 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 澳大利亚 Murdoch University 全奖博士招生(3个名额)地质化工冶金领域 +44 AI8RaGaPaSCR 2026-08-07 46/2300 2026-08-14 01:15 by oXaCpVTh6uOA
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +11 医学老男孩 2026-08-13 29/1450 2026-08-14 00:04 by 大快人心啦
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +3 启萌科技 2026-08-12 11/550 2026-08-13 22:57 by 启萌科技
[文学芳草园] 阿姨 +4 汪汪锅 2026-08-09 4/200 2026-08-13 19:43 by arzu_hma
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] filecode +14 documentary 2026-08-10 16/800 2026-08-13 16:39 by 润生71
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +9 家与远方 2026-08-10 14/700 2026-08-13 09:41 by 臭臭不臭01
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
信息提示
请填处理意见