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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】sybyl对接中水分子处理
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我芹菜

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】sybyl对接中水分子处理 已有3人参与

本人是菜鸟一只，刚刚接触分子模拟，使用的是sybyl软件，现在想验证一下，所看文献中的对接结果，即：某蛋白质分子和它的激动剂的作用，但是文献对接的结果中，水分子也和蛋白质或是激动剂形成了氢键作用。本人对于有水分子参与的对接过程不了解，想请问各位进行指导。谢谢。
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我在过马路，你人在哪里。。。
1楼 2010-09-25 17:18:21
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qustwq

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-09-26 10:05:14
sybyl对接前处理受体与配体的时候都是把水删除的。如果非要考察水分子与蛋白的作用我认为可以在对接完成以后加上水分子做一个动力学。一家之言！请熟悉则方面的专家多多指教！
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2楼2010-09-26 09:36:12
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mike0601

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-09-26 15:45:50
在去掉小分子那一步时可以不去掉水分子，估计这样可以吧（个人想法，还待检验）
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3楼2010-09-26 10:38:23
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我芹菜

铜虫 (小有名气)
二楼说的考虑过，但是还没有实施。三楼说的实施过，失败告终。。。
谢谢二位热心
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我在过马路，你人在哪里。。。
4楼2010-09-26 15:01:16
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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故地如重游月圆更寂寞
5楼2011-09-05 20:12:52
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