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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】如何在MS中优化由CCDC导出的cif文件？
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gtolv8688

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何在MS中优化由CCDC导出的cif文件？ 已有7人参与

我在CCDC中查询了MOF-1的结构并将其导出，导出的文件格式是cif，用MS打开后发现结构非常乱，化学式与文献上的不同，多出了一些C原子，没有成键，没有加氢，请问给为高人你们遇到这种情况是如何处理的？为什么CCDC中给出的结构这么乱而且与文献不一致呢？要怎么处理呢？
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Livewithproblem！
1楼 2010-09-23 22:41:22
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gtolv8688

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zxzj05 at 2010-09-24 13:01:44:
在CCDC里面的cif结构文件是XRD方法确定出来的机构，其对称性、原子占位并非完全准确，
到了MS后，根据对称性就会反演出很多个原本并不存在的原子。
比如原子位置应该在（0.33333，0.666667，0） ，而在在cif结构 ...

谢谢回复！我基本上理解了你的意思，我还有一个疑问，如何去掉由于反演生成的那些本身并不存在的原子呢？还有优化之后要如何加氢呢？现在加氢结构就变得更乱了 谢谢！~
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Livewithproblem！
6楼2010-09-24 14:44:52
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zxzj05(金币+1):谢谢回帖交流 2010-09-24 12:56:29
没有导出过MOF-1结构, 但是大致这样理解, 实验推导出来的结构, 有的时候还有部分杂质, 比如水. 如果将结构dehydrated以后, 那些游离的离子/原子就会除去.

多看看人家MOF-1的结构是怎样, 然后看看人家这样使用是否有道理. 我觉得骨架是主要的, 某些游离在孔中的原子, 大概可以忽略.
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Life, Love, Laugh.
2楼2010-09-24 08:48:43
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gtolv8688

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-09-24 08:48:43:
没有导出过MOF-1结构, 但是大致这样理解, 实验推导出来的结构, 有的时候还有部分杂质, 比如水. 如果将结构dehydrated以后, 那些游离的离子/原子就会除去.

多看看人家MOF-1的结构是怎样, 然后看看人家这样使用 ...

CCDC里给出的结构还包括杂质啊？？这些结构按理说应该是根据实验测量构建的模型，怎么会把杂质包含进去呢？关键是这样直接做吸附的话，不知道会不会对结果有影响。连吸附质量百分比都没法算了，唉
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Livewithproblem！
3楼2010-09-24 10:20:37
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zxzj05

荣誉版主 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
在CCDC里面的cif结构文件是XRD方法确定出来的机构，其对称性、原子占位并非完全准确，
到了MS后，根据对称性就会反演出很多个原本并不存在的原子。
比如原子位置应该在（0.33333，0.666667，0） ，而在在cif结构文件里面可能是（0.332，0.666，0），就这点的误差就足够导致对称性的不一致。
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储氢家族欢迎储氢研究者！
4楼2010-09-24 13:01:44
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