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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】如何在MS中优化由CCDC导出的cif文件？
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gtolv8688

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何在MS中优化由CCDC导出的cif文件？ 已有7人参与

我在CCDC中查询了MOF-1的结构并将其导出，导出的文件格式是cif，用MS打开后发现结构非常乱，化学式与文献上的不同，多出了一些C原子，没有成键，没有加氢，请问给为高人你们遇到这种情况是如何处理的？为什么CCDC中给出的结构这么乱而且与文献不一致呢？要怎么处理呢？
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Livewithproblem！
1楼 2010-09-23 22:41:22
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zxzj05

荣誉版主 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
在CCDC里面的cif结构文件是XRD方法确定出来的机构，其对称性、原子占位并非完全准确，
到了MS后，根据对称性就会反演出很多个原本并不存在的原子。
比如原子位置应该在（0.33333，0.666667，0） ，而在在cif结构文件里面可能是（0.332，0.666，0），就这点的误差就足够导致对称性的不一致。
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储氢家族欢迎储氢研究者！
4楼2010-09-24 13:01:44
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普通回帖

qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
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zxzj05(金币+1):谢谢回帖交流 2010-09-24 12:56:29
没有导出过MOF-1结构, 但是大致这样理解, 实验推导出来的结构, 有的时候还有部分杂质, 比如水. 如果将结构dehydrated以后, 那些游离的离子/原子就会除去.

多看看人家MOF-1的结构是怎样, 然后看看人家这样使用是否有道理. 我觉得骨架是主要的, 某些游离在孔中的原子, 大概可以忽略.
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Life, Love, Laugh.
2楼2010-09-24 08:48:43
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gtolv8688

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-09-24 08:48:43:
没有导出过MOF-1结构, 但是大致这样理解, 实验推导出来的结构, 有的时候还有部分杂质, 比如水. 如果将结构dehydrated以后, 那些游离的离子/原子就会除去.

多看看人家MOF-1的结构是怎样, 然后看看人家这样使用 ...

CCDC里给出的结构还包括杂质啊？？这些结构按理说应该是根据实验测量构建的模型，怎么会把杂质包含进去呢？关键是这样直接做吸附的话，不知道会不会对结果有影响。连吸附质量百分比都没法算了，唉
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Livewithproblem！
3楼2010-09-24 10:20:37
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zhaojy008

金虫 (小有名气)

彩色风
★
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物质在形成单晶时，往往与其它成份结合在一起共同形成单晶。因此CCDC许多结构中，并非只有一种化合物，而是由多种化合物构成的单晶结构。并不叫杂质。
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彩色风
5楼2010-09-24 14:35:13
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gtolv8688

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zxzj05 at 2010-09-24 13:01:44:
在CCDC里面的cif结构文件是XRD方法确定出来的机构，其对称性、原子占位并非完全准确，
到了MS后，根据对称性就会反演出很多个原本并不存在的原子。
比如原子位置应该在（0.33333，0.666667，0） ，而在在cif结构 ...

谢谢回复！我基本上理解了你的意思，我还有一个疑问，如何去掉由于反演生成的那些本身并不存在的原子呢？还有优化之后要如何加氢呢？现在加氢结构就变得更乱了 谢谢！~
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Livewithproblem！
6楼2010-09-24 14:44:52
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gtolv8688

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhaojy008 at 2010-09-24 14:35:13:
物质在形成单晶时，往往与其它成份结合在一起共同形成单晶。因此CCDC许多结构中，并非只有一种化合物，而是由多种化合物构成的单晶结构。并不叫杂质。

谢谢回复！按照你所说的如何从中提取需要的结构呢？我下载的原子乱七八糟的，都不知道要删除那些了。。。
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Livewithproblem！
7楼2010-09-24 14:47:16
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zhaojy008

金虫 (小有名气)

彩色风
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
一般CCDC结构中除氢原子外其它原子均很好确定，氢原子是由理论加氢所得，并非实验所得，因此再由CCDC结构数据转换成晶体结构就会存在氢原子位置不正确或杂乱无章的现象，这个问题暂时还无法处理。
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彩色风
8楼2010-09-24 16:09:54
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zhaojy008

金虫 (小有名气)

彩色风
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
不好意思，还没说完。如果把其它所谓的杂质去掉的话，就不是原来的晶体结构了。晶胞参数就不能用原来的。
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彩色风
9楼2010-09-24 16:14:11
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gtolv8688

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhaojy008 at 2010-09-24 16:14:11:
不好意思，还没说完。如果把其它所谓的杂质去掉的话，就不是原来的晶体结构了。晶胞参数就不能用原来的。

那这么说“杂质”是与我想要的结构不能分开，一旦分开我想要的结构也发生变化了？那为什么在文献中没有给出“杂质”的信息呢？CCDC给出的结构单元的化学式与文献上的不一致，那CCDC给出的这个结构还有什么意义呢？比如我要选择某个MOF结构作储氢，可是这个MOF结构总是包含“杂质”，这还怎么做呢？越来越迷惑了
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Livewithproblem！
10楼2010-09-24 16:46:41
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