应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】我觉得本版不要光只讨论MC的方法，有些MC的中间过程也要讨论下。
161/2返回列表12下一页
查看: 1157  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】我觉得本版不要光只讨论MC的方法，有些MC的中间过程也要讨论下。 已有3人参与

比如说，怎么使用编程建立MC的初始结果，怎么在结构中插入某种分子等等。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
好好学习，天天向上。
1楼 2010-09-08 18:07:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
一般的建立无定形分子筛，离子液体盒子等等，都是用MS,但是使用循环，也可以使用编程建立，就是不知道怎么去建的。
赞一下 回复此楼
好好学习，天天向上。
2楼2010-09-08 18:11:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+2):谢谢参与 2010-09-08 19:11:40
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-09-08 18:07:19:
比如说，怎么使用编程建立MC的初始结果，怎么在结构中插入某种分子等等。。

何为初始结果？
回复此楼
3楼2010-09-08 18:45:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+2):谢谢 应该说初始结构 可能笔误 2010-09-08 19:12:05
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-09-08 18:45:40:

何为初始结果？

就是一个结构的初始构型，intial configuration
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-09-08 18:46:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
lei0736:编辑内容 2010-09-08 19:14
lei0736:编辑内容 2010-09-08 19:15
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-09-08 18:46:46:

就是一个结构的初始构型，intial configuration

我就遇到过美国的一个组，硬件条件都齐全，但是没有买MS,只能自己写程序生成离子液体盒子。

[ Last edited by lei0736 on 2010-9-8 at 19:15 ]
赞一下 回复此楼
好好学习，天天向上。
5楼2010-09-08 18:51:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-08 19:17:31
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-09-08 18:51:39:

我就遇到过美国的一个组，硬件条件都齐全，但是没有买MS,只能自己写程序生成离子液体盒子。

这并不意味着MS产生的初始构象有多好。问题在于 你如何 根据研究需要 来建立 合理的 初始构象。再者，很多情况下，我们还可以对初始构象进行优化，得到合理的构象。
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2010-09-08 19:12:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-09-08 19:12:16:


这并不意味着MS产生的初始构象有多好。问题在于 你如何 根据研究需要 来建立 合理的 初始构象。再者，很多情况下，我们还可以对初始构象进行优化，得到合理的构象。

是的，不过对于新手，用MS产生构象是最快捷的方式。
赞一下 回复此楼
好好学习，天天向上。
7楼2010-09-08 19:17:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):我很同意你的说法，软件有时比较僵化 2010-09-08 19:19:14
如果是经验势的程序 不会太麻烦 初始结构的话只要知道他的输入格式 应该也不难写
MS里的各个模块基本都是这个组买一点那个组买一点再整合的 所以有些组不买MS也是正常的 而且固化了的模块并不能满足更高级的需要
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2010-09-08 19:17:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):呵呵 有心无力 隔行如隔山 2010-09-08 19:27:57
引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2010-09-08 19:17:40:
如果是经验势的程序 不会太麻烦 初始结构的话只要知道他的输入格式 应该也不难写
MS里的各个模块基本都是这个组买一点那个组买一点再整合的 所以有些组不买MS也是正常的 而且固化了的模块并不能满足更高级的需要

希望斑竹能给我们总结总结，呵呵。
赞一下(1人) 回复此楼
好好学习，天天向上。
9楼2010-09-08 19:19:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2010-09-08 19:17:40:
如果是经验势的程序 不会太麻烦 初始结构的话只要知道他的输入格式 应该也不难写
MS里的各个模块基本都是这个组买一点那个组买一点再整合的 所以有些组不买MS也是正常的 而且固化了的模块并不能满足更高级的需要

像生成一个离子液体的盒子，先要确定所有的原子坐标，先确定一个原子坐标，然后通过加加减减键长的方式，得到一个分子中所有原子的坐标。然后根据周期性边界条件，对所有的原子坐标同时减去一个特定的盒子长度，就得到一个盒子？？？
赞一下 回复此楼
好好学习，天天向上。
10楼2010-09-08 19:21:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zyj8119 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿东华大学控制学硕320求调剂 +3 Grand777 2026-03-21 3/150 2026-03-21 19:23 by 简之-
[考研] 0805 316求调剂 +3 大雪深藏 2026-03-18 3/150 2026-03-21 18:55 by 学员8dgXkO
[考研] 296求调剂 +4 www_q 2026-03-20 4/200 2026-03-21 17:26 by 学员8dgXkO
[考研] 求调剂 +3 白QF 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:12 by zhukairuo
[考研] 070300化学319求调剂 +7 锦鲤0909 2026-03-17 7/350 2026-03-21 03:46 by JourneyLucky
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +6 梨花珞晚风 2026-03-17 6/300 2026-03-21 03:40 by JourneyLucky
[考研] 材料专业求调剂 +6 hanamiko 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:24 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +5 冬十三 2026-03-18 5/250 2026-03-21 00:16 by JourneyLucky
[考研] 321求调剂 +9 何润采123 2026-03-18 11/550 2026-03-20 23:19 by JourneyLucky
[考研] 一志愿南京理工大学085701资源与环境302分求调剂 +4 葵梓卫队 2026-03-18 6/300 2026-03-20 23:02 by JourneyLucky
[考研] 一志愿 西北大学 ，070300化学学硕，总分287，双非一本，求调剂。 +4 晨昏线与星海 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:15 by JourneyLucky
[考研] 药学383 求调剂 +3 药学chy 2026-03-15 5/250 2026-03-20 22:11 by 云游重阳
[考研] 一志愿苏州大学材料求调剂，总分315（英一） +5 sbdksD 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:10 by luoyongfeng
[考研] 求调剂一志愿南京航空航天大学289分 +3 @taotao 2026-03-19 3/150 2026-03-20 21:34 by JourneyLucky
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:35 by 学员8dgXkO
[考研] 材料学硕318求调剂 +5 February_Feb 2026-03-19 5/250 2026-03-19 23:51 by 23Postgrad
[考研] 材料与化工求调剂 +7 为学666 2026-03-16 7/350 2026-03-19 14:48 by 尽舜尧1
[考博] 26申博 +4 八6八68 2026-03-16 4/200 2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
[考研] 一志愿南京大学，080500材料科学与工程，调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭