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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】我觉得本版不要光只讨论MC的方法，有些MC的中间过程也要讨论下。
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zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】我觉得本版不要光只讨论MC的方法，有些MC的中间过程也要讨论下。 已有3人参与

比如说，怎么使用编程建立MC的初始结果，怎么在结构中插入某种分子等等。。
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好好学习，天天向上。
1楼 2010-09-08 18:07:19
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zyj8119

木虫 (著名写手)
一般的建立无定形分子筛，离子液体盒子等等，都是用MS,但是使用循环，也可以使用编程建立，就是不知道怎么去建的。
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好好学习，天天向上。
2楼2010-09-08 18:11:24
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+2):谢谢参与 2010-09-08 19:11:40
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-09-08 18:07:19:
比如说，怎么使用编程建立MC的初始结果，怎么在结构中插入某种分子等等。。

何为初始结果？
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3楼2010-09-08 18:45:40
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+2):谢谢 应该说初始结构 可能笔误 2010-09-08 19:12:05
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-09-08 18:45:40:

何为初始结果？

就是一个结构的初始构型，intial configuration
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4楼2010-09-08 18:46:46
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zyj8119

木虫 (著名写手)
lei0736:编辑内容 2010-09-08 19:14
lei0736:编辑内容 2010-09-08 19:15
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-09-08 18:46:46:

就是一个结构的初始构型，intial configuration

我就遇到过美国的一个组，硬件条件都齐全，但是没有买MS,只能自己写程序生成离子液体盒子。

[ Last edited by lei0736 on 2010-9-8 at 19:15 ]
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5楼2010-09-08 18:51:39
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-08 19:17:31
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-09-08 18:51:39:

我就遇到过美国的一个组，硬件条件都齐全，但是没有买MS,只能自己写程序生成离子液体盒子。

这并不意味着MS产生的初始构象有多好。问题在于 你如何 根据研究需要 来建立 合理的 初始构象。再者，很多情况下，我们还可以对初始构象进行优化，得到合理的构象。
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6楼2010-09-08 19:12:16
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-09-08 19:12:16:


这并不意味着MS产生的初始构象有多好。问题在于 你如何 根据研究需要 来建立 合理的 初始构象。再者，很多情况下，我们还可以对初始构象进行优化，得到合理的构象。

是的，不过对于新手，用MS产生构象是最快捷的方式。
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7楼2010-09-08 19:17:05
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):我很同意你的说法，软件有时比较僵化 2010-09-08 19:19:14
如果是经验势的程序 不会太麻烦 初始结构的话只要知道他的输入格式 应该也不难写
MS里的各个模块基本都是这个组买一点那个组买一点再整合的 所以有些组不买MS也是正常的 而且固化了的模块并不能满足更高级的需要
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8楼2010-09-08 19:17:40
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):呵呵 有心无力 隔行如隔山 2010-09-08 19:27:57
引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2010-09-08 19:17:40:
如果是经验势的程序 不会太麻烦 初始结构的话只要知道他的输入格式 应该也不难写
MS里的各个模块基本都是这个组买一点那个组买一点再整合的 所以有些组不买MS也是正常的 而且固化了的模块并不能满足更高级的需要

希望斑竹能给我们总结总结，呵呵。
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9楼2010-09-08 19:19:25
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2010-09-08 19:17:40:
如果是经验势的程序 不会太麻烦 初始结构的话只要知道他的输入格式 应该也不难写
MS里的各个模块基本都是这个组买一点那个组买一点再整合的 所以有些组不买MS也是正常的 而且固化了的模块并不能满足更高级的需要

像生成一个离子液体的盒子，先要确定所有的原子坐标，先确定一个原子坐标，然后通过加加减减键长的方式，得到一个分子中所有原子的坐标。然后根据周期性边界条件，对所有的原子坐标同时减去一个特定的盒子长度，就得到一个盒子？？？
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10楼2010-09-08 19:21:20
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