Originally posted by zyj8119 at 2010-09-08 19:21:20:

像生成一个离子液体的盒子，先要确定所有的原子坐标，先确定一个原子坐标，然后通过加加减减键长的方式，得到一个分子中所有原子的坐标。然后根据周期性边界条件，对所有的原子坐标同时减去一个特定的盒子长度， ...

Originally posted by yahoohoo at 2010-09-08 19:38:36:


盒子的边长 Lx, Ly 和 Lz，那么所有粒子的坐标都在 [0, Lx), [0, Ly), [0, Lz)范围内。我们可以根据平衡结构(如果已知的话)或者势能建立第一个分子，以 水为例， 键长和键角已知， 那么随机选取一点作为 O，  ...

Originally posted by zyj8119 at 2010-09-08 19:43:01:

是不是能量最小化用软件也行，自己编程能量最小化应该怎么编？

Originally posted by yahoohoo at 2010-09-08 19:44:07:



再问怎么做之前是不是可以先理解能量最小化的原理呢？

然后就是具体怎么写程序的问题了。

Originally posted by zyj8119 at 2010-09-08 19:45:49:

恩，我一般用MS的话，都用的是smart方法进行能量最小化的，还要优化盒子（无定形结构）

Originally posted by yahoohoo at 2010-09-08 19:48:17:


早就不用MS了