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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 2010-09-08 19:39:50
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-09-08 19:21:20:

像生成一个离子液体的盒子，先要确定所有的原子坐标，先确定一个原子坐标，然后通过加加减减键长的方式，得到一个分子中所有原子的坐标。然后根据周期性边界条件，对所有的原子坐标同时减去一个特定的盒子长度， ...

盒子的边长 Lx, Ly 和 Lz，那么所有粒子的坐标都在 [0, Lx), [0, Ly), [0, Lz)范围内。我们可以根据平衡结构(如果已知的话)或者势能建立第一个分子，以 水为例， 键长和键角已知， 那么随机选取一点作为 O， 然后根据O-H键长，在O的周围以此键长的球面上随机取一点为 H，再根据键角，就可以确定另一个H。剩下的我们只需要复制已经建立好的分子，平移也好，平移再旋转也好，建立剩余所有的分子。这就是一个初始构象了。下面再能量最小化或其他方法进行结构松弛。
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11楼2010-09-08 19:38:36
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-09-08 19:38:36:


盒子的边长 Lx, Ly 和 Lz，那么所有粒子的坐标都在 [0, Lx), [0, Ly), [0, Lz)范围内。我们可以根据平衡结构(如果已知的话)或者势能建立第一个分子，以 水为例， 键长和键角已知， 那么随机选取一点作为 O，  ...

是不是能量最小化用软件也行，自己编程能量最小化应该怎么编？
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好好学习，天天向上。
12楼2010-09-08 19:43:01
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-09-08 20:09:19
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-09-08 19:43:01:

是不是能量最小化用软件也行，自己编程能量最小化应该怎么编？

再问怎么做之前是不是可以先理解能量最小化的原理呢？

然后就是具体怎么写程序的问题了。
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13楼2010-09-08 19:44:07
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-09-08 19:44:07:



再问怎么做之前是不是可以先理解能量最小化的原理呢？

然后就是具体怎么写程序的问题了。

恩，我一般用MS的话，都用的是smart方法进行能量最小化的，还要优化盒子（无定形结构）
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好好学习，天天向上。
14楼2010-09-08 19:45:49
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-09-08 19:45:49:

恩，我一般用MS的话，都用的是smart方法进行能量最小化的，还要优化盒子（无定形结构）

早就不用MS了
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15楼2010-09-08 19:48:17
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-09-08 20:09:37
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-09-08 19:48:17:


早就不用MS了

用MS混混文章还行，做深入的不行。
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好好学习，天天向上。
16楼2010-09-08 19:49:59
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