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【求助】我觉得本版不要光只讨论MC的方法，有些MC的中间过程也要讨论下。 已有3人参与
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| 比如说，怎么使用编程建立MC的初始结果，怎么在结构中插入某种分子等等。。 |
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 2010-09-08 19:39:50
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 2010-09-08 19:39:50
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盒子的边长 Lx, Ly 和 Lz，那么所有粒子的坐标都在 [0, Lx), [0, Ly), [0, Lz)范围内。我们可以根据平衡结构(如果已知的话)或者势能建立第一个分子，以 水为例， 键长和键角已知， 那么随机选取一点作为 O， 然后根据O-H键长，在O的周围以此键长的球面上随机取一点为 H，再根据键角，就可以确定另一个H。剩下的我们只需要复制已经建立好的分子，平移也好，平移再旋转也好，建立剩余所有的分子。这就是一个初始构象了。下面再能量最小化或其他方法进行结构松弛。 |
11楼2010-09-08 19:38:36
2楼2010-09-08 18:11:24
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