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luokei

铜虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】namd文献中提到做体系模拟前，先要relax the system，这里的relax指的是min还

文献中提到做体系模拟前，先要relax the system，这里的relax指的是min还是run啊
我觉得好像是run，以前没做过，也没给指点的，不敢确定

为什么，min和run，一个是能量最小化，一个是模拟，分别和relax有什么关系

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逆水行舟，不进则退

1楼 2010-09-04 16:38:56

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铁杆木虫 (著名写手)

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luokei(金币+3): 2010-09-05 08:35:24
lei0736(金币+3):谢谢关注 2010-09-05 09:35:44

引用回帖:

Originally posted by luokei at 2010-09-04 16:38:56:
文献中提到做体系模拟前，先要relax the system，这里的relax指的是min还是run啊
我觉得好像是run，以前没做过，也没给指点的，不敢确定

为什么，min和run，一个是能量最小化，一个是模拟，分别和relax有什么 ...

relaxation的目的是利用某种算法将初始构象松弛到一个能量较低的状态，比如消除初始构象中粒子之间的重叠。你可以用能量最小化算法，也可以是monte carlo 或 md。等初始构象松弛到平衡态再进行production run，抽样统计

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2楼2010-09-04 18:04:57

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