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luokei

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】namd文献中提到做体系模拟前,先要relax the system,这里的relax指的是min还

文献中提到做体系模拟前,先要relax the system,这里的relax指的是min还是run啊
我觉得好像是run,以前没做过,也没给指点的,不敢确定

为什么,min和run,一个是能量最小化,一个是模拟,分别和relax有什么关系
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逆水行舟,不进则退
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
luokei(金币+3): 2010-09-05 08:35:24
lei0736(金币+3):谢谢关注 2010-09-05 09:35:44
引用回帖:
Originally posted by luokei at 2010-09-04 16:38:56:
文献中提到做体系模拟前,先要relax the system,这里的relax指的是min还是run啊
我觉得好像是run,以前没做过,也没给指点的,不敢确定

为什么,min和run,一个是能量最小化,一个是模拟,分别和relax有什么 ...

relaxation的目的是利用某种算法将初始构象松弛到一个能量较低的状态,比如消除初始构象中粒子之间的重叠。你可以用能量最小化算法,也可以是monte carlo 或 md。等初始构象松弛到平衡态再进行production run, 抽样统计
2楼2010-09-04 18:04:57
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