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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】从RNA中扩出含内含子的全基因片段
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phoenix211

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】从RNA中扩出含内含子的全基因片段 已有9人参与

最近LZ从长枝木霉中扩增一个基因，按CDS设计了引物，提RNA作逆转录，然后再扩增，TA克隆后测序。结果比对后发现扩增出来的片段含有内含子。
非常地不解，这是第二次从RNA中扩增出内含子（以前扩增另外一个基因时也曾从RNA中扩出内含子），希望能有朋友给解答下。
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1楼 2010-09-02 00:39:46
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caozi

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
wanhscn(金币+5): 新虫友参与应助，高额奖励@ 2011-12-27 17:32:35
西瓜(金币+3): Good! 2011-12-27 17:39:21
同意楼上的，是基因组DNA污染，在内含子前后各设计引物，做PCR扩增，鉴定一下你提得RNA里面有没有基因组污染，如果有基因组的话，会扩出两条带，基因组模板扩出来的带比cDNA模板扩出来的带要长你的内含子的长度，
确定污染了，就重新用DNase消化，除去基因组DNA
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11楼2011-12-27 14:16:30
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wefghgjg

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ding
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孤独
2楼2010-09-02 01:22:24
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)
★ ★
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scelab(金币+1):欢迎多来交流！:tiger06: 2010-09-02 22:56:08
你确定是内含子？在产生RNA时可能有差异剪接，你测的RNA可能多了一个外显子。
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3楼2010-09-02 08:47:41
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克隆大虾

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
有可能存在基因组DNA污染.
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4楼2010-09-02 10:13:43
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