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【求助】NVT弛豫问题 已有2人参与
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现在在NVT弛豫这块遇到了问题： 1、NVT弛豫之前需不需要minimize 2、用NVT弛豫是不是就是fix NVT然后run一段时间，直到势能和总能在某一个值上下波动，即平衡？ 3、给定初始速度应该在哪里给定，minimize之前，还是minimize与fix NVT之间，还是别的?还有关于velocity命令的迷惑，velocity create XX seed（自己随便写还是用别的方法产生）temp temp_compute（这个计算的温度和前面的XX问题有什么区别，它对于velocity这个命令到底有什么作用） 4、为什么我fix NVT之后，跑了很长时间还是无法达到我指定的温度，比如 fix NVT 293.0 293.0 5 drag 0.2 run 120000之后，得到的图像是这样的，  好像没达到平衡，不知道是哪出错了，温度也不能达到293K 请大家帮忙解决下，谢谢！ |
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qphll
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+10):thank you 2010-12-03 15:27:11
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1、NVT弛豫之前需不需要minimize 当然需要!! minimization的主要作用是消除原子间的 overlap, 不做其他的事情. 2、用NVT弛豫是不是就是fix NVT然后run一段时间，直到势能和总能在某一个值上下波动，即平衡？ 对的. 只需要看总能量就可以了, 因为N和T是定值, 那么kinetic energy是定值, 所以势能和总能是一个概念了. 3、给定初始速度应该在哪里给定，minimize之前，还是minimize与fix NVT之间，还是别的?还有关于velocity命令的迷惑，velocity create XX seed（自己随便写还是用别的方法产生）temp temp_compute（这个计算的温度和前面的XX问题有什么区别，它对于velocity这个命令到底有什么作用） 参见 1. 回答. minimization 不需要你初速度的信息, 所以放哪里都无所谓, 你可以尝试的. 便于理解的话, 你就这样放在minize后面好了. velocity的问题, 手册讲得很清楚了, 再去读一下吧. 4、为什么我fix NVT之后，跑了很长时间还是无法达到我指定的温度，比如 fix NVT 293.0 293.0 5 drag 0.2 显然你需要找到一个优化值, 而不是就用0.2, 参见这个帖子: http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2435901&fpage=1 虽然fix NVT 用的是Nose-Hoover 和 berendsen thermostat 实现方法上有些不同, 但是基本的道理还是一样的. 好了, 注意了这些以后, 等你的T稳定了, 给大家上新图. |
4楼2010-12-03 11:26:48
