24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3101  |  回复: 2

bs340248

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教temp/berendsen命令中弛豫时间的问题

fix temp/berendsen command
1, Reset the temperature of a group of atoms by using a Berendsen thermostat (Berendsen), which rescales their velocities every timestep.
2, The Tdamp parameter is specified in time units and determines how rapidly the temperature is relaxed.

这个命令的解释里面,控制温度是通过每步改变速度来实现的对吧,但是这个Tdamp所说的弛豫时间到底指的是什么啊?以前我一直以为是过一段弛豫时间后调整温度,现在想想弛豫时间好像不是指这个。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
bs340248(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-09-29 10:28:14
bs340248(金币+3): 2010-10-04 21:43:29
你由小到大选几个不同的Tdamp数值,然后一一计算,再把这中间的温度情况记录下来做个图一对比,你就清楚是怎么回事了。这个是控制温度波动的一个量。这个值的大小决定了温度驰豫的快慢,其实也就是对温度控制强弱的问题,控制太强了,则通常会有较大的起伏。总之你要试一试就清楚了。
2楼2010-09-28 18:29:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
bs340248(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+4):thank you 2010-12-03 15:26:51
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-09-28 18:29:44:
你由小到大选几个不同的Tdamp数值,然后一一计算,再把这中间的温度情况记录下来做个图一对比,你就清楚是怎么回事了。这个是控制温度波动的一个量。这个值的大小决定了温度驰豫的快慢,其实也就是对温度控制强弱 ...

嗯, 这个解释很清楚.

注意的是, 这个Tdamp的单位也是时间, 但是, 不要将它的数值以及单位和run的步数已经timestep混淆起来, 两者没啥关系.

如果Tdamp太小, 会导致这个错误:

Dump dcd of non-matching # of atoms

太大的话, 温度的控制效果不好, 会有比较大的波动.

总之, 这个参数要自己找一下最优值.
Life, Love, Laugh.
3楼2010-12-03 11:11:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 bs340248 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +9 大火山小火山 2026-04-05 9/450 2026-04-05 18:49 by liuying2007
[考研] 086000生物与医药298调剂求助 +8 元元青青 2026-03-31 10/500 2026-04-05 17:44 by Ecowxq666!
[考研] 材料调剂 +4 一样YWY 2026-04-05 4/200 2026-04-05 17:41 by wxiongid
[考研] 一志愿 江南大学 085602 化工专硕 338分求调剂 +8 路痴小琪 2026-04-05 8/400 2026-04-05 16:25 by imissbao
[考研] 求调剂 +3 小沢 2026-04-03 3/150 2026-04-05 09:10 by sihailian3
[考研] 288环境专硕,求调材料方向 +13 lllllos 2026-04-04 14/700 2026-04-04 23:34 by lqwchd
[考研] 求调剂 +4 晟功? 2026-04-03 4/200 2026-04-04 21:58 by hemengdong
[考研] 材料与化工306分找调剂 +23 沧海轻舟e 2026-04-02 27/1350 2026-04-04 21:52 by laoshidan
[考研] 求生物学调剂 +14 15172915737 2026-04-01 14/700 2026-04-04 20:13 by babysonlkd
[考研] 求调剂 +6 朔朔话 2026-04-02 7/350 2026-04-04 19:16 by 蓝云思雨
[考研] 0856调剂 +8 曲听筠 2026-03-30 8/400 2026-04-04 08:46 by tianyyysss
[考研] 总分328生物与医药考数学求调剂 +7 aaadim 2026-04-02 9/450 2026-04-03 22:53 by syh9288
[考研] 数一英一285求调剂 +7 AZMK 2026-04-03 9/450 2026-04-03 13:03 by ms629
[考研] 312 化工或制药调剂 +8 小小墨123 2026-04-02 9/450 2026-04-03 09:12 by zhouxiaoyu
[考研] 求调剂!生物与医药专硕 +4 逆转陆先生 2026-04-01 5/250 2026-04-03 08:33 by Jaylen.
[考研] 一志愿山东大学,085600,344 +7 魏子per 2026-04-02 8/400 2026-04-02 21:12 by 百灵童888
[考研] 260求调剂 +6 朱芷琳 2026-04-02 6/300 2026-04-02 20:27 by 6781022
[考研] 304求调剂 +12 素年祭语 2026-03-31 15/750 2026-04-01 22:41 by peike
[考研] 285求调剂 +7 AZMK 2026-03-30 13/650 2026-04-01 17:00 by 七度不信任
[考研] 【调剂】一志愿厦大生物与医药调剂 +3 Echo虾米 2026-03-31 3/150 2026-04-01 08:40 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见