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xiaomu3811

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】做touch down的专家能不能给小弟点建议

各位虫友,最近我做touch down PCR,想要将牛肝菌的磷酸盐转运蛋白基因克隆出来,可试了好多次,均没有明显成功迹象。现在我心里有点着急,所以想咨询下各位虫友,大家给点建议....谢谢....
    下面是我的pcr 反应体系:taq酶             0.5 uL
                                             10*pcr buffer           5 uL
                                              dNTP                       4 u L
                                          简并引物1(100p)   1 uL
                                          简并引物2(100p)   1 uL
                                            模板(50ng/uL)    1 uL                                         
                                                补水            37.5 uL   

touch  down 程序是: 94度         预变性  3分钟
                      94度         变性    30秒
                      60度到57度   退火    1分钟,并每降1度循环一次
                      72度         延伸    1分钟

                 接着 94度         变性    30秒
                  56度到54度       退火    1分钟,并每降1度循环四次
                      72度         延伸    1分钟
                     
                再接着 94度         变性    30秒
                   50度       退火    1分钟,并在此温度循环20次
                      72度         延伸    1分钟
                 
                最后在72度       运行    10分钟,结束后4度保存

总共程序运行两个小时左右,我设计的是简并引物(2个正向+1个反向),想要克隆的片段是300bp和600bp,

但是电泳检测有引物二聚体,并且还有个150左右bp大小的片段,就是没有我所需要的片段。请问各位大侠,我该怎么办呀....?
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renzhesichen

铁虫 (小有名气)


xiaomu3811(金币+1):谢谢参与
xiaomu3811(金币+1): 2010-08-16 09:02:12
老长时间不做实验了,纯属热心掺和,仅供参考:
touch  down 程序是: 94度         预变性  4分钟
                      94度         变性    30秒
                      60度到50度   退火    30秒,并每降0.5度循环一次
                      72度         延伸   1分钟              
                     
                再接着 94度         变性    30秒
                   48度       退火    30秒,并在此温度循环40次
                      72度         延伸    1分钟
                 
                最后在72度       运行    5分钟,结束后4度保存
2楼2010-08-15 21:01:31
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yujiaping1

木虫 (著名写手)


xiaomu3811(金币+1):谢谢参与
我认为楼主的touch down程序应该问题不大,但是54度和50度间隔四度,给我的感觉就是退火温度跨度有些大,这样会不会对初始扩增的特异性要求过于严格,我建议你整个程序前面两个大部分整体降低两度。

不过我觉得你扩增不成功,程序影响因素其实是很小的,关键还是引物,再设计几条,组合一下
3楼2010-08-15 22:12:52
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silicare

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xiaomu3811(金币+1):谢谢参与
先别急着touchdown,先做个梯度,看看退火温度才行
4楼2010-08-16 08:42:33
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