24小时热门版块排行榜    

查看: 720  |  回复: 3

xiaomu3811

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】做touch down的专家能不能给小弟点建议

各位虫友,最近我做touch down PCR,想要将牛肝菌的磷酸盐转运蛋白基因克隆出来,可试了好多次,均没有明显成功迹象。现在我心里有点着急,所以想咨询下各位虫友,大家给点建议....谢谢....
    下面是我的pcr 反应体系:taq酶             0.5 uL
                                             10*pcr buffer           5 uL
                                              dNTP                       4 u L
                                          简并引物1(100p)   1 uL
                                          简并引物2(100p)   1 uL
                                            模板(50ng/uL)    1 uL                                         
                                                补水            37.5 uL   

touch  down 程序是: 94度         预变性  3分钟
                      94度         变性    30秒
                      60度到57度   退火    1分钟,并每降1度循环一次
                      72度         延伸    1分钟

                 接着 94度         变性    30秒
                  56度到54度       退火    1分钟,并每降1度循环四次
                      72度         延伸    1分钟
                     
                再接着 94度         变性    30秒
                   50度       退火    1分钟,并在此温度循环20次
                      72度         延伸    1分钟
                 
                最后在72度       运行    10分钟,结束后4度保存

总共程序运行两个小时左右,我设计的是简并引物(2个正向+1个反向),想要克隆的片段是300bp和600bp,

但是电泳检测有引物二聚体,并且还有个150左右bp大小的片段,就是没有我所需要的片段。请问各位大侠,我该怎么办呀....?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

renzhesichen

铁虫 (小有名气)


xiaomu3811(金币+1):谢谢参与
xiaomu3811(金币+1): 2010-08-16 09:02:12
老长时间不做实验了,纯属热心掺和,仅供参考:
touch  down 程序是: 94度         预变性  4分钟
                      94度         变性    30秒
                      60度到50度   退火    30秒,并每降0.5度循环一次
                      72度         延伸   1分钟              
                     
                再接着 94度         变性    30秒
                   48度       退火    30秒,并在此温度循环40次
                      72度         延伸    1分钟
                 
                最后在72度       运行    5分钟,结束后4度保存
2楼2010-08-15 21:01:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yujiaping1

木虫 (著名写手)


xiaomu3811(金币+1):谢谢参与
我认为楼主的touch down程序应该问题不大,但是54度和50度间隔四度,给我的感觉就是退火温度跨度有些大,这样会不会对初始扩增的特异性要求过于严格,我建议你整个程序前面两个大部分整体降低两度。

不过我觉得你扩增不成功,程序影响因素其实是很小的,关键还是引物,再设计几条,组合一下
3楼2010-08-15 22:12:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

silicare

荣誉版主 (文坛精英)

合伙创业版兼职版主

优秀版主


xiaomu3811(金币+1):谢谢参与
先别急着touchdown,先做个梯度,看看退火温度才行
4楼2010-08-16 08:42:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xiaomu3811 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 296求调剂 +3 www_q 2026-03-18 6/300 2026-03-19 22:28 by zhq0425
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 6/300 2026-03-19 17:18 by fei626-918
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +8 zlingli 2026-03-13 8/400 2026-03-19 16:32 by 轻松不少随
[考研] 材料考研调剂 +3 xwt。 2026-03-19 3/150 2026-03-19 11:22 by w沐阳w
[考研] 346求调剂[0856] +3 WayneLim327 2026-03-16 6/300 2026-03-19 11:21 by WayneLim327
[考研] 311求调剂 +6 26研0 2026-03-15 6/300 2026-03-18 14:43 by haxia
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考研] 材料,纺织,生物(0856、0710),化学招生啦 +3 Eember. 2026-03-17 9/450 2026-03-18 10:28 by Eember.
[考研] 268求调剂 +6 简单点0 2026-03-17 6/300 2026-03-18 09:04 by 无际的草原
[考研] 278求调剂 +5 烟火先于春 2026-03-17 5/250 2026-03-18 08:43 by 星空星月
[考博] 26博士申请 +3 1042136743 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:30 by 轻松不少随
[考研] 332求调剂 +6 Zz版 2026-03-13 6/300 2026-03-17 17:03 by ruiyingmiao
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林,给自己招师弟中~ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考研] 333求调剂 +3 文思客 2026-03-16 7/350 2026-03-16 18:21 by 文思客
[考研] 304求调剂 +4 ahbd 2026-03-14 4/200 2026-03-16 16:48 by 我的船我的海
[考研] 一志愿211 0703方向310分求调剂 +3 努力奋斗112 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:44 by houyaoxu
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油!? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 080500,材料学硕302分求调剂学校 +4 初识可乐 2026-03-14 5/250 2026-03-14 21:08 by peike
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见