24小时热门版块排行榜    

查看: 832  |  回复: 3
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

xiaomu3811

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】做touch down的专家能不能给小弟点建议

各位虫友,最近我做touch down PCR,想要将牛肝菌的磷酸盐转运蛋白基因克隆出来,可试了好多次,均没有明显成功迹象。现在我心里有点着急,所以想咨询下各位虫友,大家给点建议....谢谢....
    下面是我的pcr 反应体系:taq酶             0.5 uL
                                             10*pcr buffer           5 uL
                                              dNTP                       4 u L
                                          简并引物1(100p)   1 uL
                                          简并引物2(100p)   1 uL
                                            模板(50ng/uL)    1 uL                                         
                                                补水            37.5 uL   

touch  down 程序是: 94度         预变性  3分钟
                      94度         变性    30秒
                      60度到57度   退火    1分钟,并每降1度循环一次
                      72度         延伸    1分钟

                 接着 94度         变性    30秒
                  56度到54度       退火    1分钟,并每降1度循环四次
                      72度         延伸    1分钟
                     
                再接着 94度         变性    30秒
                   50度       退火    1分钟,并在此温度循环20次
                      72度         延伸    1分钟
                 
                最后在72度       运行    10分钟,结束后4度保存

总共程序运行两个小时左右,我设计的是简并引物(2个正向+1个反向),想要克隆的片段是300bp和600bp,

但是电泳检测有引物二聚体,并且还有个150左右bp大小的片段,就是没有我所需要的片段。请问各位大侠,我该怎么办呀....?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yujiaping1

木虫 (著名写手)


xiaomu3811(金币+1):谢谢参与
我认为楼主的touch down程序应该问题不大,但是54度和50度间隔四度,给我的感觉就是退火温度跨度有些大,这样会不会对初始扩增的特异性要求过于严格,我建议你整个程序前面两个大部分整体降低两度。

不过我觉得你扩增不成功,程序影响因素其实是很小的,关键还是引物,再设计几条,组合一下
3楼2010-08-15 22:12:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

renzhesichen

铁虫 (小有名气)


xiaomu3811(金币+1):谢谢参与
xiaomu3811(金币+1): 2010-08-16 09:02:12
老长时间不做实验了,纯属热心掺和,仅供参考:
touch  down 程序是: 94度         预变性  4分钟
                      94度         变性    30秒
                      60度到50度   退火    30秒,并每降0.5度循环一次
                      72度         延伸   1分钟              
                     
                再接着 94度         变性    30秒
                   48度       退火    30秒,并在此温度循环40次
                      72度         延伸    1分钟
                 
                最后在72度       运行    5分钟,结束后4度保存
2楼2010-08-15 21:01:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

silicare

荣誉版主 (文坛精英)

合伙创业版兼职版主

优秀版主


xiaomu3811(金币+1):谢谢参与
先别急着touchdown,先做个梯度,看看退火温度才行
4楼2010-08-16 08:42:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 3/150 2026-08-30 02:29 by ZPa0EcMwuECS
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 01:58 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 01:49 by ZPa0EcMwuECS
[博后之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 01:47 by ZPa0EcMwuECS
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 01:34 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 01:12 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-30 00:52 by ZPa0EcMwuECS
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 00:52 by ZPa0EcMwuECS
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 10/500 2026-08-30 00:41 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 国社科申报系统有变化 +3 kynobel 2026-08-23 3/150 2026-08-29 21:57 by 余韵清
[基金申请] 面上意见出来了 +8 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 16/800 2026-08-29 20:45 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +4 tannykie 2026-08-29 4/200 2026-08-29 17:14 by lmz0216
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
信息提示
请填处理意见