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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » 【求助】分子动力学计算文章大修，关于审稿意见的回复
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xh512

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子动力学计算文章大修，关于审稿意见的回复已有2人参与

对第一性原理分子动力学的基础知识有点缺乏。请各位大大帮忙解答下我的疑问。
我采用VASP进行了水分子在物质表面的第一性原理分子动力学计算，具体做法如下：

平衡计算： 水分子放在表面上，采用 SMASS=-1 ，初始离子的速度设置为0，步长1fs， 平衡计算了2ps

production run： 把平衡计算得到的最终构型的CONTCAR 改为POSCAR， 采用SMASS=0, 计算了3ps。

有几个不自信的地方，请问：
1.  我做平衡计算时，把初始速度设置为0可不肯以呢，平衡后的构型以及速度与初始构型以及离子速度应该没有联系吧？那我这么做应该是可行的吗？
2. 我用平衡后的构型 开始后面的NVT计算，可行吗？

另外，审稿人提出以下几个质疑，然后被拒，需要大修，请各位帮忙看下。

1:  Are 2 ps  long enough to get the surface in equilibrium?
我看到不少文献上采用2 ps来进行平衡，请问各位，我怎么验证我的计算到达了平衡？
2: time step of 1 fs is too large for the motion of H2O molecular.
有不少采用 1 fs 和 0.5 fs步长计算水分子的， 我怎样说服审稿人，1 fs是合理的呢？ 引用文献，还是计算0.5 fs的然后，然后比较两者的什么差别呢？

由于体系比较多，重新采用更小的步长，更长的平衡时间计算，需要很多时间。请大家帮帮忙，我该怎么做。选出一个体系，进行小步长，延长平衡时间来进行对比说明就可以了吗？主要对比哪些方面呢？
非常感谢大家。
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1楼2010-08-14 19:41:10
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
★ ★
xh512(金币+8):谢谢您 2010-08-14 21:28:04
zzy870720z(金币+2):谢谢指导 2010-08-14 21:42:00
回答你的问题就可以写一篇文章了。
SMASS=-1是指速度标定吗？
做平衡计算用什么温度控制方法其实并不重要，关键是电子结构要算的对。如果你的温度不高，平衡后的构型和初始构型有很大的关系。初始速度最好还是按Boltzmann分布来给定的好，毕竟你是做的NVT计算。
ps是分子动力学模拟的最小时长，一般而言，ps可以让体系达到平衡。而我想审稿人对H2O的疑问主要是在H键上，H键的震动周期是很短的。你可以从这方面加以考虑。
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2楼2010-08-14 20:29:20
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condensed

木虫 (著名写手)
★ ★
xh512(金币+8):谢谢您 2010-08-14 21:28:19
zzy870720z(金币+2):谢谢指导 2010-08-14 21:42:22
SMASS不是速度标定,这个是选择系宗和热浴方式的.

1.到没到平衡其实很简单.不管是NVE还是NVT,你可以看P,E,T随着时间的变化,如果震荡幅度很小了基本上就能说达到平衡状态了.

2.这个没经验...应该是对于较轻的元素来说,步长应该短一些,特别是H.

3.拿平衡后的位型来重新跑NVT是可以的.但我不确定是否需要保留原来的速度.
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3楼2010-08-14 20:55:31
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xh512

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by goldenfisher at 2010-08-14 20:29:20:
回答你的问题就可以写一篇文章了。
SMASS=-1是指速度标定吗？
做平衡计算用什么温度控制方法其实并不重要，关键是电子结构要算的对。如果你的温度不高，平衡后的构型和初始构型有很大的关系。初始速度最好还是按 ...

谢谢goldenfisher专家， 看了下动力学相关的理论，决定还是严谨点，调小步长为0.5 fs， 平衡时间延长至5 ps ，虽然时间要花费很多。

还一个比较担心的问题： 我做平衡和NVT计算的时候，都是把物质表面和水分子放一起，一起计算的。   我现在在想，是先单独把表面平衡到所需温度，然后再在平衡后的表面上加入水分子进行NVT模拟好， 还是像我之前那样，水分子和表面一起模拟好呢。 现在有点觉得，先单独平衡表面，再引入水分子可能比较符合实际情况，您觉得怎么做好一点呢？  非常期盼您的回复。谢谢了。
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4楼2010-08-14 21:35:40
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xh512

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by condensed at 2010-08-14 20:55:31:
SMASS不是速度标定,这个是选择系宗和热浴方式的.

1.到没到平衡其实很简单.不管是NVE还是NVT,你可以看P,E,T随着时间的变化,如果震荡幅度很小了基本上就能说达到平衡状态了.

2.这个没经验...应该是对于较轻的 ...

谢谢condensed 的建议。 明白检验平衡状态的了。 依您的经验， 像我的这种体系（ 水分子 在表面的 吸附行为模拟） ， 是1 还是2方案好一点呢？ 谢谢您了。
1。 水分子和表面放一起，先平衡， 再拿平衡后的构型一起NVT。
2。 表面先平衡。 再在平衡后的表面上，引入水分子，然后再以任意速度，进行NVT计算。但是水分子何时引入，以什么样的速度引入，好像也是好麻烦。
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5楼2010-08-14 21:42:11
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condensed

木虫 (著名写手)
xh512(金币+2):谢谢您 2010-08-14 21:52:29
介个我没做过...抱歉不能告诉你那个方法更好一些.
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6楼2010-08-14 21:44:23
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wei.ji

木虫 (正式写手)
★ ★
xh512(金币+1):谢谢参与
xh512(金币+6):谢谢了，意识到这个问题的严重性了，已经在重算了。 2010-08-15 18:22:24
zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-08-15 20:39:19
怎么说呢。。。
1fs对于H来说的确太大了，2ps对于表面来说的确有点短，审稿人说的很靠谱呀。
引用回帖:
Originally posted by xh512 at 2010-08-14 19:41:10:
对第一性原理分子动力学的基础知识有点缺乏。请各位大大帮忙解答下我的疑问。
我采用VASP进行了水分子在物质表面的第一性原理分子动力学计算，具体做法如下：

平衡计算： 水分子放在表面上，采用 SMASS=-1 ， ...

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http://sim.phys.ruc.edu.cn
7楼2010-08-15 18:14:08
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
xh512(金币+6):谢谢您了，我知道怎么做了。 2010-08-15 21:21:44
zxzj05(金币+2):奖励一下 2010-08-16 13:13:50
引用回帖:
Originally posted by xh512 at 2010-08-14 21:35:40:


谢谢goldenfisher专家， 看了下动力学相关的理论，决定还是严谨点，调小步长为0.5 fs， 平衡时间延长至5 ps ，虽然时间要花费很多。

还一个比较担心的问题： 我做平衡和NVT计算的时候，都是把物质表面和水 ...

你说的两种方式都是可行的，平衡后无论你用哪种方式，得到的结果都应该类似。我觉得这要根据你研究的对象来定，如果你的对象是想加温再考虑吸附，就先分别做MD。如果是先吸附再加温，就应该一起做MD.
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8楼2010-08-15 21:04:47
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dq20081935

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
问一下，速标是什么？MS软件中的discover模块中有要求设置速标的吗？
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9楼2012-04-30 11:05:04
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