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xh512

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子动力学计算文章大修,关于审稿意见的回复已有2人参与

对第一性原理分子动力学的基础知识有点缺乏。请各位大大帮忙解答下我的疑问。
我采用VASP进行了水分子在物质表面的第一性原理分子动力学计算,具体做法如下:

平衡计算: 水分子放在表面上,采用 SMASS=-1 ,初始离子的速度设置为0,步长1fs, 平衡计算了2ps

production run: 把平衡计算得到的最终构型的CONTCAR 改为POSCAR, 采用SMASS=0, 计算了3ps。

有几个不自信的地方,请问:
1.  我做平衡计算时,把初始速度设置为0可不肯以呢,平衡后的构型以及速度与初始构型以及离子速度应该没有联系吧?那我这么做应该是可行的吗?
2. 我用平衡后的构型 开始后面的NVT计算,可行吗?

另外,审稿人提出以下几个质疑,然后被拒,需要大修,请各位帮忙看下。

1:  Are 2 ps  long enough to get the surface in equilibrium?
我看到不少文献上采用2 ps来进行平衡,请问各位,我怎么验证我的计算到达了平衡?
2: time step of 1 fs is too large for the motion of H2O molecular.
有不少采用 1 fs 和 0.5 fs步长计算水分子的, 我怎样说服审稿人,1 fs是合理的呢? 引用文献,还是计算0.5 fs的然后,然后比较两者的什么差别呢?

由于体系比较多,重新采用更小的步长,更长的平衡时间计算,需要很多时间。请大家帮帮忙,我该怎么做。选出一个体系,进行小步长,延长平衡时间来进行对比说明就可以了吗?主要对比哪些方面呢?
非常感谢大家。
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goldenfisher

金虫 (著名写手)

★ ★
xh512(金币+8):谢谢您 2010-08-14 21:28:04
zzy870720z(金币+2):谢谢指导 2010-08-14 21:42:00
回答你的问题就可以写一篇文章了。
SMASS=-1是指速度标定吗?
做平衡计算用什么温度控制方法其实并不重要,关键是电子结构要算的对。如果你的温度不高,平衡后的构型和初始构型有很大的关系。初始速度最好还是按Boltzmann分布来给定的好,毕竟你是做的NVT计算。
ps是分子动力学模拟的最小时长,一般而言,ps可以让体系达到平衡。而我想审稿人对H2O的疑问主要是在H键上,H键的震动周期是很短的。你可以从这方面加以考虑。
2楼2010-08-14 20:29:20
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condensed

木虫 (著名写手)

★ ★
xh512(金币+8):谢谢您 2010-08-14 21:28:19
zzy870720z(金币+2):谢谢指导 2010-08-14 21:42:22
SMASS不是速度标定,这个是选择系宗和热浴方式的.

1.到没到平衡其实很简单.不管是NVE还是NVT,你可以看P,E,T随着时间的变化,如果震荡幅度很小了基本上就能说达到平衡状态了.

2.这个没经验...应该是对于较轻的元素来说,步长应该短一些,特别是H.

3.拿平衡后的位型来重新跑NVT是可以的.但我不确定是否需要保留原来的速度.
3楼2010-08-14 20:55:31
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xh512

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by goldenfisher at 2010-08-14 20:29:20:
回答你的问题就可以写一篇文章了。
SMASS=-1是指速度标定吗?
做平衡计算用什么温度控制方法其实并不重要,关键是电子结构要算的对。如果你的温度不高,平衡后的构型和初始构型有很大的关系。初始速度最好还是按 ...

谢谢goldenfisher专家, 看了下动力学相关的理论,决定还是严谨点,调小步长为0.5 fs, 平衡时间延长至5 ps ,虽然时间要花费很多。

还一个比较担心的问题: 我做平衡和NVT计算的时候,都是把物质表面和水分子放一起,一起计算的。   我现在在想,是先单独把表面平衡到所需温度,然后再在平衡后的表面上加入水分子进行NVT模拟好, 还是像我之前那样,水分子和表面一起模拟好呢。 现在有点觉得,先单独平衡表面,再引入水分子可能比较符合实际情况,您觉得怎么做好一点呢?  非常期盼您的回复。谢谢了。
4楼2010-08-14 21:35:40
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xh512

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by condensed at 2010-08-14 20:55:31:
SMASS不是速度标定,这个是选择系宗和热浴方式的.

1.到没到平衡其实很简单.不管是NVE还是NVT,你可以看P,E,T随着时间的变化,如果震荡幅度很小了基本上就能说达到平衡状态了.

2.这个没经验...应该是对于较轻的 ...

谢谢condensed 的建议。 明白检验平衡状态的了。 依您的经验, 像我的这种体系( 水分子 在表面的 吸附行为模拟) , 是1 还是2方案好一点呢? 谢谢您了。
1。 水分子和表面放一起,先平衡, 再拿平衡后的构型一起NVT。
2。 表面先平衡。 再在平衡后的表面上,引入水分子,然后再以任意速度,进行NVT计算。但是水分子何时引入,以什么样的速度引入,好像也是好麻烦。
5楼2010-08-14 21:42:11
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condensed

木虫 (著名写手)

xh512(金币+2):谢谢您 2010-08-14 21:52:29
介个我没做过...抱歉不能告诉你那个方法更好一些.
6楼2010-08-14 21:44:23
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wei.ji

木虫 (正式写手)

★ ★
xh512(金币+1):谢谢参与
xh512(金币+6):谢谢了,意识到这个问题的严重性了,已经在重算了。 2010-08-15 18:22:24
zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-08-15 20:39:19
怎么说呢。。。
1fs对于H来说的确太大了,2ps对于表面来说的确有点短,审稿人说的很靠谱呀。
引用回帖:
Originally posted by xh512 at 2010-08-14 19:41:10:
对第一性原理分子动力学的基础知识有点缺乏。请各位大大帮忙解答下我的疑问。
我采用VASP进行了水分子在物质表面的第一性原理分子动力学计算,具体做法如下:

平衡计算: 水分子放在表面上,采用 SMASS=-1 , ...

http://sim.phys.ruc.edu.cn
7楼2010-08-15 18:14:08
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goldenfisher

金虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
xh512(金币+6):谢谢您了,我知道怎么做了。 2010-08-15 21:21:44
zxzj05(金币+2):奖励一下 2010-08-16 13:13:50
引用回帖:
Originally posted by xh512 at 2010-08-14 21:35:40:


谢谢goldenfisher专家, 看了下动力学相关的理论,决定还是严谨点,调小步长为0.5 fs, 平衡时间延长至5 ps ,虽然时间要花费很多。

还一个比较担心的问题: 我做平衡和NVT计算的时候,都是把物质表面和水 ...

你说的两种方式都是可行的,平衡后无论你用哪种方式,得到的结果都应该类似。我觉得这要根据你研究的对象来定,如果你的对象是想加温再考虑吸附,就先分别做MD。如果是先吸附再加温,就应该一起做MD.
8楼2010-08-15 21:04:47
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dq20081935

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
问一下,速标是什么?MS软件中的discover模块中有要求设置速标的吗?
9楼2012-04-30 11:05:04
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