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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】什么碱基修饰不影响配对但不能够扩增
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seahow

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】什么碱基修饰不影响配对但不能够扩增 已有5人参与

如题，即这个碱基在模板上，比如PCR的引物。
他不影响互补配对，即可以有碱基配对，但是taq酶不能通过。

谢谢
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1楼 2010-08-11 17:21:14
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
问一下楼主，为什么要让引物结合，还不让taq酶通过。能说说实验目的吗？谢谢
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3楼2010-08-11 22:57:58
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★ ★
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amisking(金币+1): 2010-08-11 20:24:08
引物3端修饰生物素之类的大基团？因为Taq酶合成新链的方向是5'→3'，一旦3有较大基团出现，就会卡住~~
猜测……你可以试试，不贵，合一点做预实验看看
至于能不能影响结合，你做下band shift实验也可以验证
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2楼2010-08-11 18:32:20
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ben1147

木虫 (正式写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by seahow at 2010-08-11 17:21:14:
如题，即这个碱基在模板上，比如PCR的引物。
他不影响互补配对，即可以有碱基配对，但是taq酶不能通过。

谢谢

到底要在模板上还是要在引物上啊。。。。。。。。

在引物上的话Taq酶就碰不到这个碱基么，何来通过通不过一说
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4楼2010-08-11 23:07:52
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cpu2004

金虫 (小有名气)
★
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关键是3‘端OH-是不是有，没有就扩增不了，测序就是按一定比例加入这种带荧光的碱基，然后根据荧光和不同长度的DNA片段读出碱基序列
至于引物上加有标记的碱基一般是为了标记扩增的序列，但是以终止为目的的好像没有听说过
另外Taqman探针法realtime PCR中探针是的工作形式最接近楼主的要求（只是为了结合，然后把淬灭基团和荧光基团分离，但是不涉及扩增）
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5楼2010-08-12 09:49:57
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