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seahow

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】什么碱基修饰不影响配对但不能够扩增 已有5人参与

如题,即这个碱基在模板上,比如PCR的引物。
他不影响互补配对,即可以有碱基配对,但是taq酶不能通过。

谢谢
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ben1147

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by seahow at 2010-08-11 17:21:14:
如题,即这个碱基在模板上,比如PCR的引物。
他不影响互补配对,即可以有碱基配对,但是taq酶不能通过。

谢谢

到底要在模板上还是要在引物上啊。。。。。。。。

在引物上的话Taq酶就碰不到这个碱基么,何来通过通不过一说
4楼2010-08-11 23:07:52
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+1): 2010-08-11 20:24:08
引物3端修饰生物素之类的大基团?因为Taq酶合成新链的方向是5'→3',一旦3有较大基团出现,就会卡住~~
猜测……你可以试试,不贵,合一点做预实验看看
至于能不能影响结合,你做下band shift实验也可以验证
2楼2010-08-11 18:32:20
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

问一下楼主,为什么要让引物结合,还不让taq酶通过。能说说实验目的吗?谢谢
3楼2010-08-11 22:57:58
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cpu2004

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
关键是3‘端OH-是不是有,没有就扩增不了,测序就是按一定比例加入这种带荧光的碱基,然后根据荧光和不同长度的DNA片段读出碱基序列
至于引物上加有标记的碱基一般是为了标记扩增的序列,但是以终止为目的的好像没有听说过
另外Taqman探针法realtime PCR中探针是的工作形式最接近楼主的要求(只是为了结合,然后把淬灭基团和荧光基团分离,但是不涉及扩增)
5楼2010-08-12 09:49:57
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