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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】关于分子对接时的力场选择
汕头大学海洋科学接受调剂
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yrtsimehc

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】关于分子对接时的力场选择 已有6人参与

各位高手，本人刚刚开始辅助药物设计。
    在最近的分子对接过程中，发现要对受体蛋白加一个立场。对于此方面不太了解。想请教各位力场选择有什么原则么？
    此外，也想请大家讨论一下，蛋白质加入不同的力场对于计算结果会有什么影响。
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1楼 2010-08-07 10:07:30
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-07 10:59:29
在月球表面、在水里和在地面空气中，分别打你一拳，打拳的用同样的力量，被打的感觉一样吗？
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2楼2010-08-07 10:14:09
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yrtsimehc

木虫 (正式写手)
太形象了！
   但是，高手能再具体说说在什么情况下用什么样的力场么？这个有没有什么经验？
  还有在作分子对接之前是不是必须“除水，加氢以及加力场”？
   多谢啦啊！
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3楼2010-08-07 11:29:16
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2010-08-07 10:14:09:
在月球表面、在水里和在地面空气中，分别打你一拳，打拳的用同样的力量，被打的感觉一样吗？

同样是打在身上，痛在心里。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2010-08-08 08:25:30
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yrtsimehc

木虫 (正式写手)
楼上回答不要过于隐晦，能具体点解决一下我的问题么？
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5楼2010-08-08 08:47:57
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CADD

银虫 (正式写手)
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-22 21:10:31
主要看你用的是什么软件，比如sybyl,DS都需要加不同的立场，而MVD则不需加立场。还是先选择好对接软件再说吧。楼主可以找几篇关于对接的文献看一下，就有所了解了。
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6楼2010-08-22 17:57:46
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tingjun

木虫 (小有名气)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-24 13:05:56
不同的对接软件用的立场是不一样的，蛋白一般用Charmm力场吧
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7楼2010-08-24 09:39:22
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chongchong11

至尊木虫 (著名写手)

Senior Engineer
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-24 21:14:19
大分子和小分子对接的话一般用的是Charmm力场，而且这个好像所得结果相对非常的准确！你也可以查看相关的文献。
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Nature+Science=Wisdom
8楼2010-08-24 17:56:30
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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故地如重游月圆更寂寞
9楼2011-09-05 20:16:25
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