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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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yrtsimehc

实习版主

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[交流] 【讨论】关于分子对接时的力场选择 已有6人参与

各位高手,本人刚刚开始辅助药物设计。
    在最近的分子对接过程中,发现要对受体蛋白加一个立场。对于此方面不太了解。想请教各位力场选择有什么原则么?
    此外,也想请大家讨论一下,蛋白质加入不同的力场对于计算结果会有什么影响。
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yalefield

管理员

老汉一枚

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-07 10:59:29
在月球表面、在水里和在地面空气中,分别打你一拳,打拳的用同样的力量,被打的感觉一样吗?
2楼2010-08-07 10:14:09
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yrtsimehc

实习版主

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太形象了!
   但是,高手能再具体说说在什么情况下用什么样的力场么?这个有没有什么经验?
  还有在作分子对接之前是不是必须“除水,加氢以及加力场”?
   多谢啦啊!
3楼2010-08-07 11:29:16
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tjegg

实习版主

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2010-08-07 10:14:09:
在月球表面、在水里和在地面空气中,分别打你一拳,打拳的用同样的力量,被打的感觉一样吗?

同样是打在身上,痛在心里。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
4楼2010-08-08 08:25:30
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yrtsimehc

超级版主

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楼上回答不要过于隐晦,能具体点解决一下我的问题么?
5楼2010-08-08 08:47:57
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CADD

版主

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-22 21:10:31
主要看你用的是什么软件,比如sybyl,DS都需要加不同的立场,而MVD则不需加立场。还是先选择好对接软件再说吧。楼主可以找几篇关于对接的文献看一下,就有所了解了。
6楼2010-08-22 17:57:46
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tingjun

版主

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★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-24 13:05:56
不同的对接软件用的立场是不一样的,蛋白一般用Charmm力场吧
7楼2010-08-24 09:39:22
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chongchong11

主管区长

Senior Engineer

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★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-24 21:14:19
大分子和小分子对接的话一般用的是Charmm力场,而且这个好像所得结果相对非常的准确!你也可以查看相关的文献。
Nature+Science=Wisdom
8楼2010-08-24 17:56:30
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chemozhang

兑换贵宾

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帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集
故地如重游月圆更寂寞
9楼2011-09-05 20:16:25
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