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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】关于相对定量的重复板数据处理
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zephyr0911

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】关于相对定量的重复板数据处理 已有3人参与

各位好！

最近我在做的实验是这样的，一共做10个基因。每个板上做3个（包括一个参照，实际是两个）。我发现同样的基因在不同板上跑出来的结果很不一样，包括有两个连趋势都不一样，有些是表达量差异很大，几十倍的差异。请问我最后想要把这些所有基因整合到一张图上去，这些不同板上重复的数据我怎么处理呢？还有这种板之间的差异正常吗？

PS 我用的SYBR染料，ROCHE LIGHT机子。

谢谢大家了！
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1楼 2010-07-20 09:43:02
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zephyr0911

新虫 (小有名气)
谢谢您的回答！溶解曲线很好，您所说的PCR条件优化具体指的是什么？望赐教！

还有像板之间的差异最后整合成一个图的时候数据具体怎么处理，是选择自己觉得好的？还是取个平均值啥的？
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3楼2010-07-20 10:37:57
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lwiaanngg

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
如果同一基因在不同板上差距在几十倍是不正常的，按理来说板之间不应该有这么大的差距。3~5倍都是有可能的，但几十倍过大了
建议重新做实验来确认数据。毕竟连你自己都觉得有问题的数据，还是谨慎处理为好。
你的PCR条件是否是优化过的，而且用sybr时，你的melting curve质量如何？
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2楼2010-07-20 10:31:22
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
板之间要加入一个标准来扣除每次的误差哦
我是把cDNA分装成一次用量的小份放在-80保存，每次拿一管出来扩3孔内参，当标准品来使

另外做实时定量一定要用进口的枪头，用同一套枪，最好同一个人混样，每次点样的位置都一样，这样误差就能减小不少

还有就是复孔之间的标准差有多大呢？如果是因为标准差大导致均数差异大那么其实还是个均一性的问题
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4楼2010-07-20 10:44:19
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zephyr0911

新虫 (小有名气)
谢谢您的回答。还有个问题，就是如果我们要将相对表达量差异很多的基因做到一个图上。如GeneA 表达范围是0.1-1.0，而GeneB表达范围是100-500，那通过什么软件做比较好？做到既美观又直观呢？

谢谢！
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5楼2010-07-20 13:27:28
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