24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 958  |  回复: 9

liujie5631

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】A+B---C求过渡态 已有4人参与

用dmol3求A+B---C过渡态,怎么操作,问题是,A和B是两个不同的结构,在两个3D Atomistic里,搜过渡态的话要将两个反应物放在一个3D Atomistic里先优化么?求操作过程
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lovemydog

银虫 (小有名气)

liujie5631(金币+4): 2010-07-13 13:23:50
求解答。。。。。。。。
2楼2010-07-12 11:48:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

爱惜花草

木虫 (著名写手)


gavinliu7390(金币+1):谢谢交流! 2010-07-12 15:49:12
liujie5631(金币+1):4 2010-07-13 13:23:30
liujie5631(金币+3): 2010-07-13 13:23:40
这种过渡态没做过
难道做一个N大的超胞
把AB都放进去
保持很大的距离优化?
产物C也放这个超胞里优化
一步一步去实现自己的目标,不要让自己成为自己的绊脚石,克制自己!
3楼2010-07-12 15:15:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liujie5631

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 爱惜花草 at 2010-07-12 15:15:41:
这种过渡态没做过
难道做一个N大的超胞
把AB都放进去
保持很大的距离优化?
产物C也放这个超胞里优化

我也是这样想的,但不知道对不对
4楼2010-07-13 13:24:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lovemydog

银虫 (小有名气)

liujie5631(金币+1): 2010-07-16 10:31:28
引用回帖:
Originally posted by liujie5631 at 2010-07-13 13:24:25:



我也是这样想的,但不知道对不对

但是这个距离怎么限制啊?有没有相关的规定还是要找文献?

距离不同优化出来的结果肯定不一样,这样在找过渡态的时候就会有很大的误差甚至就是错的。对吧
5楼2010-07-15 20:57:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

爱惜花草

木虫 (著名写手)


zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-07-16 08:38:32
liujie5631(金币+1): 2010-07-16 10:31:24
引用回帖:
Originally posted by lovemydog at 2010-07-15 20:57:45:

但是这个距离怎么限制啊?有没有相关的规定还是要找文献?

距离不同优化出来的结果肯定不一样,这样在找过渡态的时候就会有很大的误差甚至就是错的。对吧

我觉得A B 之间在5~10 埃以上就没有什么相互作用了
取一个保证没有相互作用的距离
越大越好吧
一步一步去实现自己的目标,不要让自己成为自己的绊脚石,克制自己!
6楼2010-07-16 08:26:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liujie5631

木虫 (小有名气)

★ ★
lvjian8596(金币+2):感谢交流! 2010-07-16 10:38:49
引用回帖:
Originally posted by lovemydog at 2010-07-15 20:57:45:

但是这个距离怎么限制啊?有没有相关的规定还是要找文献?

距离不同优化出来的结果肯定不一样,这样在找过渡态的时候就会有很大的误差甚至就是错的。对吧

我是这样想的,放在远点的位置,比如7埃附近,然后优化,求出最后的吸附能,通过吸附能来看有没有吸附,如果没有吸附的话,而这个吸附能又很小,证明我这个距离是恰当的,不知道这样合不合理
还请高手指点
7楼2010-07-16 10:34:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

condensed

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
这样算出的过渡态有人信么?自己信么?
8楼2010-07-16 11:00:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liujie5631

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by condensed at 2010-07-16 11:00:05:
这样算出的过渡态有人信么?自己信么?

呵呵,还请高手指点啦
9楼2010-07-16 16:24:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lovemydog

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by condensed at 2010-07-16 11:00:05:
这样算出的过渡态有人信么?自己信么?

这方面那位有经验的前辈出来讲一下,都感觉云里雾里了现在?到底怎么处理啊,大家有没有相关的文献共享下也好啊
10楼2010-07-16 18:59:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liujie5631 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 本科新能源科学与工程,一志愿华理能动285求调剂 +3 AZMK 2026-03-27 5/250 2026-03-28 16:19 by xxxsssccc
[考研] 347求调剂 +3 山顶见α 2026-03-25 3/150 2026-03-28 14:13 by 唐沐儿
[考研] 299求调剂 +7 嗯嗯嗯嗯2 2026-03-27 7/350 2026-03-28 13:09 by 唐沐儿
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +8 邱gl 2026-03-27 8/400 2026-03-28 12:42 by 唐沐儿
[考研] 材料277求调剂 +7 min3 2026-03-24 7/350 2026-03-28 11:39 by xuxiang
[考研] 0703化学/290求调剂/本科经历丰富/工科也可 +9 丹青奶盖 2026-03-26 10/500 2026-03-28 07:45 by barnett0632
[考研] 330一志愿中国海洋大学 化学工程 085602 有读博意愿 求调剂 +3 wywy.. 2026-03-27 4/200 2026-03-28 03:32 by fmesaito
[考研] 266求调剂 +11 阳阳哇塞 2026-03-27 12/600 2026-03-27 17:56 by yu221
[考研] 化学调剂 +4 爱吃番茄的旭 2026-03-24 5/250 2026-03-27 17:50 by kiokin
[考研] 求调剂323材料与化工 +7 1124361 2026-03-24 7/350 2026-03-27 10:22 by wangjy2002
[硕博家园] 北京林业大学硕导招生广告 +6 kongweilin 2026-03-26 8/400 2026-03-27 10:18 by FF_16
[考研] 材料调剂 +8 匹克i 2026-03-23 8/400 2026-03-27 08:11 by hypershenger
[考研] 一志愿北化求调剂 +3 Jsman 2026-03-22 3/150 2026-03-26 21:06 by ajpv风雷
[考研] 材料调剂 5+4 想要一壶桃花水 2026-03-25 10/500 2026-03-26 19:56 by 不吃魚的貓
[考研] 生物学 296 求调剂 +4 朵朵- 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:01 by 不吃魚的貓
[考研] 289求调剂 +17 硕星赴 2026-03-23 17/850 2026-03-26 16:18 by 不吃魚的貓
[考研] 材料调剂 +3 iwinso 2026-03-23 3/150 2026-03-25 11:29 by greychen00
[考研] 300分,材料,求调剂,英一数二 +5 超赞的 2026-03-24 5/250 2026-03-24 21:07 by 星空星月
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境,总分308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-23 8/400 2026-03-23 20:36 by Creta
[考研] 336化工调剂 +4 王大坦1 2026-03-23 5/250 2026-03-23 18:32 by allen-yin
信息提示
请填处理意见