24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 950  |  回复: 9

liujie5631

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】A+B---C求过渡态 已有4人参与

用dmol3求A+B---C过渡态,怎么操作,问题是,A和B是两个不同的结构,在两个3D Atomistic里,搜过渡态的话要将两个反应物放在一个3D Atomistic里先优化么?求操作过程
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lovemydog

银虫 (小有名气)

liujie5631(金币+4): 2010-07-13 13:23:50
求解答。。。。。。。。
2楼2010-07-12 11:48:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

爱惜花草

木虫 (著名写手)


gavinliu7390(金币+1):谢谢交流! 2010-07-12 15:49:12
liujie5631(金币+1):4 2010-07-13 13:23:30
liujie5631(金币+3): 2010-07-13 13:23:40
这种过渡态没做过
难道做一个N大的超胞
把AB都放进去
保持很大的距离优化?
产物C也放这个超胞里优化
一步一步去实现自己的目标,不要让自己成为自己的绊脚石,克制自己!
3楼2010-07-12 15:15:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liujie5631

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 爱惜花草 at 2010-07-12 15:15:41:
这种过渡态没做过
难道做一个N大的超胞
把AB都放进去
保持很大的距离优化?
产物C也放这个超胞里优化

我也是这样想的,但不知道对不对
4楼2010-07-13 13:24:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lovemydog

银虫 (小有名气)

liujie5631(金币+1): 2010-07-16 10:31:28
引用回帖:
Originally posted by liujie5631 at 2010-07-13 13:24:25:



我也是这样想的,但不知道对不对

但是这个距离怎么限制啊?有没有相关的规定还是要找文献?

距离不同优化出来的结果肯定不一样,这样在找过渡态的时候就会有很大的误差甚至就是错的。对吧
5楼2010-07-15 20:57:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

爱惜花草

木虫 (著名写手)


zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-07-16 08:38:32
liujie5631(金币+1): 2010-07-16 10:31:24
引用回帖:
Originally posted by lovemydog at 2010-07-15 20:57:45:

但是这个距离怎么限制啊?有没有相关的规定还是要找文献?

距离不同优化出来的结果肯定不一样,这样在找过渡态的时候就会有很大的误差甚至就是错的。对吧

我觉得A B 之间在5~10 埃以上就没有什么相互作用了
取一个保证没有相互作用的距离
越大越好吧
一步一步去实现自己的目标,不要让自己成为自己的绊脚石,克制自己!
6楼2010-07-16 08:26:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liujie5631

木虫 (小有名气)

★ ★
lvjian8596(金币+2):感谢交流! 2010-07-16 10:38:49
引用回帖:
Originally posted by lovemydog at 2010-07-15 20:57:45:

但是这个距离怎么限制啊?有没有相关的规定还是要找文献?

距离不同优化出来的结果肯定不一样,这样在找过渡态的时候就会有很大的误差甚至就是错的。对吧

我是这样想的,放在远点的位置,比如7埃附近,然后优化,求出最后的吸附能,通过吸附能来看有没有吸附,如果没有吸附的话,而这个吸附能又很小,证明我这个距离是恰当的,不知道这样合不合理
还请高手指点
7楼2010-07-16 10:34:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

condensed

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
这样算出的过渡态有人信么?自己信么?
8楼2010-07-16 11:00:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liujie5631

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by condensed at 2010-07-16 11:00:05:
这样算出的过渡态有人信么?自己信么?

呵呵,还请高手指点啦
9楼2010-07-16 16:24:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lovemydog

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by condensed at 2010-07-16 11:00:05:
这样算出的过渡态有人信么?自己信么?

这方面那位有经验的前辈出来讲一下,都感觉云里雾里了现在?到底怎么处理啊,大家有没有相关的文献共享下也好啊
10楼2010-07-16 18:59:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liujie5631 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 312,生物学求调剂 +3 小译同学abc 2026-03-28 3/150 2026-03-28 15:32 by 落睿可思
[考研] 一志愿北京工业大学,324分求调剂 +4 零八# 2026-03-28 4/200 2026-03-28 15:01 by 17865157980
[考研] 一志愿太原理工安全工程300分,求调剂 +4 0857求调剂. 2026-03-24 5/250 2026-03-28 13:45 by 求知若渴lz
[考研] 一志愿华理,数一英一285求A区调剂 +8 AZMK 2026-03-25 11/550 2026-03-28 13:16 by AZMK
[考研] 299求调剂 +7 嗯嗯嗯嗯2 2026-03-27 7/350 2026-03-28 13:09 by 唐沐儿
[考研] 266分求材料化工冶金矿业等专业的调剂 +4 哇呼哼呼哼 2026-03-26 4/200 2026-03-27 17:02 by zhyzzh
[考研] 08开头275求调剂 +4 拉谁不重要 2026-03-26 4/200 2026-03-27 14:12 by Delta2012
[考研] 305求调剂 +5 哇卢卡库 2026-03-26 5/250 2026-03-27 14:01 by laoshidan
[硕博家园] 招收生物学/细胞生物学调剂 +3 IceGuo 2026-03-26 4/200 2026-03-27 05:35 by user003
[考研] 304材料求调剂 +4 钟llll 2026-03-26 4/200 2026-03-27 03:42 by wxiongid
[考研] 317求调剂 +7 蛋黄咸肉粽 2026-03-26 7/350 2026-03-27 02:29 by fmesaito
[考研] 294分080500材料科学与工程求调剂 +4 柳溪边 2026-03-26 4/200 2026-03-26 21:14 by XPU李庆
[考研] 调剂 +4 柚柚yoyo 2026-03-26 4/200 2026-03-26 20:43 by fmesaito
[考研] 材料调剂 5+4 想要一壶桃花水 2026-03-25 10/500 2026-03-26 19:56 by 不吃魚的貓
[考研] 化学工程085602 305分求调剂 +17 RichLi_ 2026-03-25 17/850 2026-03-26 19:44 by plmuchong
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-26 6/300 2026-03-26 18:03 by 邱gl
[考研] 一志愿 南京邮电大学 288分 材料考研 求调剂 +3 jl0720 2026-03-26 3/150 2026-03-26 13:39 by zzll406
[考研] 生物技术与工程 +3 1294608413 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:02 by 1294608413
[考研] 0854AI CV方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-23 4/200 2026-03-25 17:04 by CoderLoser
[考研] 086003食品工程求调剂 +6 淼淼111 2026-03-24 6/300 2026-03-25 10:29 by 3Strings
信息提示
请填处理意见