24小时热门版块排行榜    

查看: 1123  |  回复: 5

rock0927

铁虫 (正式写手)

[求助] 过渡态计算

要做一个A+B→C过渡态计算,但不知道反应物和产物坐标怎么输,哪位虫友做过相关的计算,能不能发个例子给我看看,想了解下相关的格式。
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

rock0927(金币+2): 多谢 2011-06-02 22:29:45
以DA反应为例
直接求过渡态TS

%chk=c2h4_c4h6_ts
%nproc=1
%mem=6mw
# opt=(ts,calcfc) freq=noraman b3lyp/6-31g*

Title Card Required

0 1
C                 -0.37960200    1.41026100    0.50972400
H                 -0.06409400    1.04025400    1.48028400
H                 -0.26589500    2.48067200    0.40089100
C                 -1.26020300    0.70558300   -0.28508700
H                 -1.84635800    1.22289600   -1.04415700
C                 -1.26023800   -0.70552500   -0.28508700
H                 -1.84641800   -1.22280900   -1.04415900
C                 -0.37967300   -1.41024700    0.50972300
H                 -0.06414500   -1.04025600    1.48028200
H                 -0.26601500   -2.48066300    0.40088700
C                  1.45648200    0.69084700   -0.25401700
H                  1.98402400    1.24692000    0.51079100
H                  1.29283800    1.24312300   -1.17152100
C                  1.45645300   -0.69091000   -0.25401800
H                  1.29278400   -1.24317800   -1.17152200
H                  1.98396500   -1.24700700    0.51079200

qst2

%chk=c2h4_c4h6_qst2
%nproc=1
%mem=6mw
# opt=(calcfc,qst2) freq=noraman b3lyp/6-31g*

Title Card Required

0 1
C                 -3.17791906    1.13289796   -1.01187682
H                 -2.64475531    0.20519304   -1.01187682
H                 -4.24791906    1.13289796   -1.01187682
C                 -2.50264475    2.30787525   -1.01187682
H                 -3.03580850    3.23558018   -1.01187682
C                 -0.96264475    2.30787525   -1.01187682
H                 -0.42948100    3.23558018   -1.01187682
C                 -0.28040135    1.13693077   -1.01187682
H                 -0.80804382    0.20607449   -1.01187682
H                  0.78957977    1.14328807   -1.01187682
C                 -2.59776413    0.98894279    1.10133233
H                 -3.14031063    0.06692559    1.12200992
H                 -3.12699887    1.91846375    1.07302387
C                 -1.24260873    0.98347968    1.11087410
H                 -0.70006223    1.90549689    1.09019651
H                 -0.71337398    0.05395873    1.13918256

Title Card Required

0 1
C                  1.41432400    0.09460100    0.31826800
H                  1.42370000    0.10775400    1.42899000
H                  2.47445600    0.12780100    0.00402400
C                  0.66866000    1.30146700   -0.16992700
H                  1.26438900    2.14276400   -0.50621500
C                 -0.66890700    1.30134300   -0.16992700
H                 -1.26479300    2.14252900   -0.50621700
C                 -1.41434600    0.09433800    0.31826600
H                 -1.42372700    0.10749400    1.42898900
H                 -2.47448400    0.12734000    0.00402000
C                  0.77040400   -1.21422100   -0.17552700
H                  1.14229400   -2.05288100    0.44176200
H                  1.12544800   -1.41421500   -1.20543600
C                 -0.77017000   -1.21437000   -0.17552800
H                 -1.12517200   -1.41443600   -1.20543700
H                 -1.14189800   -2.05310200    0.44176200

qst3

%chk=c2h4_c4h6_qst3
%nproc=1
%mem=6mw
# opt=(calcall,qst3,noeigentest) freq=noraman pm6

Title Card Required

0 1
C                 -3.17791906    1.13289796   -1.01187682
H                 -2.64475531    0.20519304   -1.01187682
H                 -4.24791906    1.13289796   -1.01187682
C                 -2.50264475    2.30787525   -1.01187682
H                 -3.03580850    3.23558018   -1.01187682
C                 -0.96264475    2.30787525   -1.01187682
H                 -0.42948100    3.23558018   -1.01187682
C                 -0.28040135    1.13693077   -1.01187682
H                 -0.80804382    0.20607449   -1.01187682
H                  0.78957977    1.14328807   -1.01187682
C                 -2.59776413    0.98894279    1.10133233
H                 -3.14031063    0.06692559    1.12200992
H                 -3.12699887    1.91846375    1.07302387
C                 -1.24260873    0.98347968    1.11087410
H                 -0.70006223    1.90549689    1.09019651
H                 -0.71337398    0.05395873    1.13918256

Title Card Required

0 1
C                  1.41432400    0.09460100    0.31826800
H                  1.42370000    0.10775400    1.42899000
H                  2.47445600    0.12780100    0.00402400
C                  0.66866000    1.30146700   -0.16992700
H                  1.26438900    2.14276400   -0.50621500
C                 -0.66890700    1.30134300   -0.16992700
H                 -1.26479300    2.14252900   -0.50621700
C                 -1.41434600    0.09433800    0.31826600
H                 -1.42372700    0.10749400    1.42898900
H                 -2.47448400    0.12734000    0.00402000
C                  0.77040400   -1.21422100   -0.17552700
H                  1.14229400   -2.05288100    0.44176200
H                  1.12544800   -1.41421500   -1.20543600
C                 -0.77017000   -1.21437000   -0.17552800
H                 -1.12517200   -1.41443600   -1.20543700
H                 -1.14189800   -2.05310200    0.44176200

Title Card Required

0 1
C                  0.39335100   -1.40752200    0.50945100
H                  0.07415700   -1.04074500    1.48001500
H                  0.28923500   -2.47884000    0.39989000
C                  1.26702700   -0.69422900   -0.28512700
H                  1.85846600   -1.20567200   -1.04409200
C                  1.25346800    0.71680900   -0.28478600
H                  1.83499300    1.23987800   -1.04346600
C                  0.36574900    1.41309100    0.50971100
H                  0.05414500    1.04053600    1.48056200
H                  0.24248700    2.48246500    0.40066900
C                 -1.45041500   -0.70335800   -0.25427100
H                 -1.97290400   -1.26432600    0.51044000
H                 -1.28115600   -1.25385900   -1.17177300
C                 -1.46240700    0.67835900   -0.25370700
H                 -1.30467900    1.23254800   -1.17112400
H                 -1.99537500    1.22910700    0.51125200
轮回的过往,注定的未来;独孤的行者,孤独的路途……
2楼2011-06-02 20:10:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rock0927

铁虫 (正式写手)

谢谢,这个反应有点小复杂的
3楼2011-06-02 22:30:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rock0927

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 独孤狼 at 2011-06-02 20:10:00:
以DA反应为例
直接求过渡态TS

%chk=c2h4_c4h6_ts
%nproc=1
%mem=6mw
# opt=(ts,calcfc) freq=noraman b3lyp/6-31g*

Title Card Required

0 1
C                 -0.37960200    1.41026100    0. ...

谢谢,了解了
4楼2011-06-02 22:41:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rock0927

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 独孤狼 at 2011-06-02 20:10:00:
以DA反应为例
直接求过渡态TS

%chk=c2h4_c4h6_ts
%nproc=1
%mem=6mw
# opt=(ts,calcfc) freq=noraman b3lyp/6-31g*

Title Card Required

0 1
C                 -0.37960200    1.41026100    0. ...

您好,还有个问题想请教您一下,怎么把反应物和产物的原子序号设成一致,谢谢!
5楼2011-06-03 00:03:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

gv edit-->connection
轮回的过往,注定的未来;独孤的行者,孤独的路途……
6楼2011-06-03 08:35:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 rock0927 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +8 苏东坡二世 2026-08-23 8/400 2026-08-28 14:41 by lkforward
[基金申请] 基金不中,共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +4 gdd2018 2026-08-28 9/450 2026-08-28 14:22 by jklily
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +3 bud_bud 2026-08-27 6/300 2026-08-28 11:53 by bud_bud
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+5) +12 晴天加油 2026-08-26 13/650 2026-08-28 11:32 by skyjudy
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 国合现在查不到了吗? +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
信息提示
请填处理意见