24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 904  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

rock0927

铁虫 (正式写手)

[求助] 过渡态计算

要做一个A+B→C过渡态计算,但不知道反应物和产物坐标怎么输,哪位虫友做过相关的计算,能不能发个例子给我看看,想了解下相关的格式。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rock0927

铁虫 (正式写手)

谢谢,这个反应有点小复杂的
3楼2011-06-02 22:30:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

rock0927(金币+2): 多谢 2011-06-02 22:29:45
以DA反应为例
直接求过渡态TS

%chk=c2h4_c4h6_ts
%nproc=1
%mem=6mw
# opt=(ts,calcfc) freq=noraman b3lyp/6-31g*

Title Card Required

0 1
C                 -0.37960200    1.41026100    0.50972400
H                 -0.06409400    1.04025400    1.48028400
H                 -0.26589500    2.48067200    0.40089100
C                 -1.26020300    0.70558300   -0.28508700
H                 -1.84635800    1.22289600   -1.04415700
C                 -1.26023800   -0.70552500   -0.28508700
H                 -1.84641800   -1.22280900   -1.04415900
C                 -0.37967300   -1.41024700    0.50972300
H                 -0.06414500   -1.04025600    1.48028200
H                 -0.26601500   -2.48066300    0.40088700
C                  1.45648200    0.69084700   -0.25401700
H                  1.98402400    1.24692000    0.51079100
H                  1.29283800    1.24312300   -1.17152100
C                  1.45645300   -0.69091000   -0.25401800
H                  1.29278400   -1.24317800   -1.17152200
H                  1.98396500   -1.24700700    0.51079200

qst2

%chk=c2h4_c4h6_qst2
%nproc=1
%mem=6mw
# opt=(calcfc,qst2) freq=noraman b3lyp/6-31g*

Title Card Required

0 1
C                 -3.17791906    1.13289796   -1.01187682
H                 -2.64475531    0.20519304   -1.01187682
H                 -4.24791906    1.13289796   -1.01187682
C                 -2.50264475    2.30787525   -1.01187682
H                 -3.03580850    3.23558018   -1.01187682
C                 -0.96264475    2.30787525   -1.01187682
H                 -0.42948100    3.23558018   -1.01187682
C                 -0.28040135    1.13693077   -1.01187682
H                 -0.80804382    0.20607449   -1.01187682
H                  0.78957977    1.14328807   -1.01187682
C                 -2.59776413    0.98894279    1.10133233
H                 -3.14031063    0.06692559    1.12200992
H                 -3.12699887    1.91846375    1.07302387
C                 -1.24260873    0.98347968    1.11087410
H                 -0.70006223    1.90549689    1.09019651
H                 -0.71337398    0.05395873    1.13918256

Title Card Required

0 1
C                  1.41432400    0.09460100    0.31826800
H                  1.42370000    0.10775400    1.42899000
H                  2.47445600    0.12780100    0.00402400
C                  0.66866000    1.30146700   -0.16992700
H                  1.26438900    2.14276400   -0.50621500
C                 -0.66890700    1.30134300   -0.16992700
H                 -1.26479300    2.14252900   -0.50621700
C                 -1.41434600    0.09433800    0.31826600
H                 -1.42372700    0.10749400    1.42898900
H                 -2.47448400    0.12734000    0.00402000
C                  0.77040400   -1.21422100   -0.17552700
H                  1.14229400   -2.05288100    0.44176200
H                  1.12544800   -1.41421500   -1.20543600
C                 -0.77017000   -1.21437000   -0.17552800
H                 -1.12517200   -1.41443600   -1.20543700
H                 -1.14189800   -2.05310200    0.44176200

qst3

%chk=c2h4_c4h6_qst3
%nproc=1
%mem=6mw
# opt=(calcall,qst3,noeigentest) freq=noraman pm6

Title Card Required

0 1
C                 -3.17791906    1.13289796   -1.01187682
H                 -2.64475531    0.20519304   -1.01187682
H                 -4.24791906    1.13289796   -1.01187682
C                 -2.50264475    2.30787525   -1.01187682
H                 -3.03580850    3.23558018   -1.01187682
C                 -0.96264475    2.30787525   -1.01187682
H                 -0.42948100    3.23558018   -1.01187682
C                 -0.28040135    1.13693077   -1.01187682
H                 -0.80804382    0.20607449   -1.01187682
H                  0.78957977    1.14328807   -1.01187682
C                 -2.59776413    0.98894279    1.10133233
H                 -3.14031063    0.06692559    1.12200992
H                 -3.12699887    1.91846375    1.07302387
C                 -1.24260873    0.98347968    1.11087410
H                 -0.70006223    1.90549689    1.09019651
H                 -0.71337398    0.05395873    1.13918256

Title Card Required

0 1
C                  1.41432400    0.09460100    0.31826800
H                  1.42370000    0.10775400    1.42899000
H                  2.47445600    0.12780100    0.00402400
C                  0.66866000    1.30146700   -0.16992700
H                  1.26438900    2.14276400   -0.50621500
C                 -0.66890700    1.30134300   -0.16992700
H                 -1.26479300    2.14252900   -0.50621700
C                 -1.41434600    0.09433800    0.31826600
H                 -1.42372700    0.10749400    1.42898900
H                 -2.47448400    0.12734000    0.00402000
C                  0.77040400   -1.21422100   -0.17552700
H                  1.14229400   -2.05288100    0.44176200
H                  1.12544800   -1.41421500   -1.20543600
C                 -0.77017000   -1.21437000   -0.17552800
H                 -1.12517200   -1.41443600   -1.20543700
H                 -1.14189800   -2.05310200    0.44176200

Title Card Required

0 1
C                  0.39335100   -1.40752200    0.50945100
H                  0.07415700   -1.04074500    1.48001500
H                  0.28923500   -2.47884000    0.39989000
C                  1.26702700   -0.69422900   -0.28512700
H                  1.85846600   -1.20567200   -1.04409200
C                  1.25346800    0.71680900   -0.28478600
H                  1.83499300    1.23987800   -1.04346600
C                  0.36574900    1.41309100    0.50971100
H                  0.05414500    1.04053600    1.48056200
H                  0.24248700    2.48246500    0.40066900
C                 -1.45041500   -0.70335800   -0.25427100
H                 -1.97290400   -1.26432600    0.51044000
H                 -1.28115600   -1.25385900   -1.17177300
C                 -1.46240700    0.67835900   -0.25370700
H                 -1.30467900    1.23254800   -1.17112400
H                 -1.99537500    1.22910700    0.51125200
轮回的过往,注定的未来;独孤的行者,孤独的路途……
2楼2011-06-02 20:10:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rock0927

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 独孤狼 at 2011-06-02 20:10:00:
以DA反应为例
直接求过渡态TS

%chk=c2h4_c4h6_ts
%nproc=1
%mem=6mw
# opt=(ts,calcfc) freq=noraman b3lyp/6-31g*

Title Card Required

0 1
C                 -0.37960200    1.41026100    0. ...

谢谢,了解了
4楼2011-06-02 22:41:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rock0927

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 独孤狼 at 2011-06-02 20:10:00:
以DA反应为例
直接求过渡态TS

%chk=c2h4_c4h6_ts
%nproc=1
%mem=6mw
# opt=(ts,calcfc) freq=noraman b3lyp/6-31g*

Title Card Required

0 1
C                 -0.37960200    1.41026100    0. ...

您好,还有个问题想请教您一下,怎么把反应物和产物的原子序号设成一致,谢谢!
5楼2011-06-03 00:03:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
信息提示
请填处理意见