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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】A+B---C求过渡态
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liujie5631

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】A+B---C求过渡态已有4人参与

用dmol3求A+B---C过渡态，怎么操作，问题是，A和B是两个不同的结构，在两个3D Atomistic里，搜过渡态的话要将两个反应物放在一个3D Atomistic里先优化么？求操作过程
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1楼2010-07-07 14:43:17
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lovemydog

银虫 (小有名气)
liujie5631(金币+4): 2010-07-13 13:23:50
求解答。。。。。。。。
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2楼2010-07-12 11:48:49
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爱惜花草

木虫 (著名写手)
★
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-07-12 15:49:12
liujie5631(金币+1):4 2010-07-13 13:23:30
liujie5631(金币+3): 2010-07-13 13:23:40
这种过渡态没做过
难道做一个N大的超胞
把AB都放进去
保持很大的距离优化？
产物C也放这个超胞里优化
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一步一步去实现自己的目标，不要让自己成为自己的绊脚石，克制自己！
3楼2010-07-12 15:15:41
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liujie5631

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 爱惜花草 at 2010-07-12 15:15:41:
这种过渡态没做过
难道做一个N大的超胞
把AB都放进去
保持很大的距离优化？
产物C也放这个超胞里优化

我也是这样想的，但不知道对不对
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4楼2010-07-13 13:24:25
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lovemydog

银虫 (小有名气)
liujie5631(金币+1): 2010-07-16 10:31:28
引用回帖:
Originally posted by liujie5631 at 2010-07-13 13:24:25:



我也是这样想的，但不知道对不对

但是这个距离怎么限制啊？有没有相关的规定还是要找文献？

距离不同优化出来的结果肯定不一样，这样在找过渡态的时候就会有很大的误差甚至就是错的。对吧
赞一下 回复此楼
5楼2010-07-15 20:57:45
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爱惜花草

木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-07-16 08:38:32
liujie5631(金币+1): 2010-07-16 10:31:24
引用回帖:
Originally posted by lovemydog at 2010-07-15 20:57:45:

但是这个距离怎么限制啊？有没有相关的规定还是要找文献？

距离不同优化出来的结果肯定不一样，这样在找过渡态的时候就会有很大的误差甚至就是错的。对吧

我觉得A B 之间在5~10 埃以上就没有什么相互作用了
取一个保证没有相互作用的距离
越大越好吧
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一步一步去实现自己的目标，不要让自己成为自己的绊脚石，克制自己！
6楼2010-07-16 08:26:37
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liujie5631

木虫 (小有名气)
★ ★
lvjian8596(金币+2):感谢交流！ 2010-07-16 10:38:49
引用回帖:
Originally posted by lovemydog at 2010-07-15 20:57:45:

但是这个距离怎么限制啊？有没有相关的规定还是要找文献？

距离不同优化出来的结果肯定不一样，这样在找过渡态的时候就会有很大的误差甚至就是错的。对吧

我是这样想的，放在远点的位置，比如7埃附近，然后优化，求出最后的吸附能，通过吸附能来看有没有吸附，如果没有吸附的话，而这个吸附能又很小，证明我这个距离是恰当的，不知道这样合不合理
还请高手指点
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7楼2010-07-16 10:34:21
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condensed

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
这样算出的过渡态有人信么？自己信么？
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8楼2010-07-16 11:00:05
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liujie5631

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by condensed at 2010-07-16 11:00:05:
这样算出的过渡态有人信么？自己信么？

呵呵，还请高手指点啦
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9楼2010-07-16 16:24:44
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lovemydog

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by condensed at 2010-07-16 11:00:05:
这样算出的过渡态有人信么？自己信么？

这方面那位有经验的前辈出来讲一下，都感觉云里雾里了现在？到底怎么处理啊，大家有没有相关的文献共享下也好啊
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10楼2010-07-16 18:59:23
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