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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】周期边界条件设定
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574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】周期边界条件设定 已有4人参与

Periodic Boundary conditions里cellBasisVector1    cellBasisVector2     cellBasisVector3     是怎么赋值啊，是只要两两垂直就行吗？

还有PME，PMEGridSizeX        PMEGridSizeY   PMEGridSizeZ      是依据什么设定的，应该怎么设

上面这两个都采用默认值，对一般的模拟有影响吗
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1楼 2010-06-27 08:51:30
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zhangdagou5858

银虫 (小有名气)
★
574384607(金币+1): 2010-06-28 08:32:13
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-28 08:51:49
建议你看看gromacs的教程吧，答案找得到
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2楼2010-06-28 02:47:38
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★ ★ ★
574384607(金币+2): 2010-06-28 08:33:09
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-28 08:51:26
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-06-27 08:51:30:
Periodic Boundary conditions里cellBasisVector1    cellBasisVector2     cellBasisVector3     是怎么赋值啊，是只要两两垂直就行吗？

还有PME，PMEGridSizeX        PMEGridSizeY   PMEGridSizeZ      是依 ...

PBC三个要和你的水箱形状相匹配，具体来讲比你的水箱略大个1A或零点几A吧，垂不垂直要看你的体系

PME的长度需要比你的水箱长度略大，并且最好是2 3 5的倍数，比如水箱长76，则PME最好设80而不是79，因为80=2^4*5
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
3楼2010-06-28 07:43:41
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-06-28 07:43:41:


PBC三个要和你的水箱形状相匹配，具体来讲比你的水箱略大个1A或零点几A吧，垂不垂直要看你的体系

PME的长度需要比你的水箱长度略大，并且最好是2 3 5的倍数，比如水箱长76，则PME最好设80而不是79，因为80 ...

PBC三个边长向量我设的和水箱的边长一样大，已经做开优化了，这样有影响吗？
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4楼2010-06-28 08:35:32
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★
574384607(金币+2): 2010-06-28 08:45:03
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-28 08:51:38
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-06-28 08:35:32:

PBC三个边长向量我设的和水箱的边长一样大，已经做开优化了，这样有影响吗？

应该没什么太大问题，看情况吧
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
5楼2010-06-28 08:40:13
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-06-28 10:29:13
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-06-28 08:35:32:
PBC三个边长向量我设的和水箱的边长一样大，已经做开优化了，这样有影响吗？

NpT系宗在run 中盒子体积是会变化滴
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-27 09:16:43:
否则等发现MD run 完了, 数据分析完了
甚至文章投出去时候才发现模拟有个问题, 耽误的时间更多
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6楼2010-06-28 08:56:59
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574384607

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-28 09:27:13
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-28 08:56:59:

NpT系宗在run 中盒子体积是会变化滴

我在conf中指定的系综就是npt，我设的分向量值正好就是把边长值给完全拷贝过去的，这么说肯定是有影响啦
应该是怎么处理啊，把值稍大些？应该依据什么规则把值调大啊
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7楼2010-06-28 09:13:39
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-06-28 08:40:13:


应该没什么太大问题，看情况吧

系综我选用的是npt，我设的分向量值正好就是把边长值给完全拷贝过去的
这样有没有影响啊
要是不合适的话，应该是怎么处理啊，把值稍大些？应该依据什么规则把值调大啊
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8楼2010-06-28 09:15:40
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
574384607(金币+3): 2010-06-28 10:00:46
lei0736(金币+2):谢谢 2010-06-28 10:29:29
变化是正常滴, 平均值是内在滴
任它跑即可
PMEGridSize 要考虑到这个变化
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9楼2010-06-28 09:27:23
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-28 09:27:23:
变化是正常滴, 平均值是内在滴
任它跑即可
PMEGridSize 要考虑到这个变化

奥
PMEGridSize 设的是比盒子值大些
版主，我有个疑问，以前看到过PME，我也查过它，说是什么相乘格点数什么的，也没能清楚，而且我在conf中试着把它调的比边长小时，运行时会提示错误。PME它的物理含义到底是什么啊
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10楼2010-06-28 10:09:03
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