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574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】周期边界条件设定 已有4人参与

Periodic Boundary conditions里cellBasisVector1    cellBasisVector2     cellBasisVector3     是怎么赋值啊,是只要两两垂直就行吗?

还有PME,PMEGridSizeX        PMEGridSizeY   PMEGridSizeZ      是依据什么设定的,应该怎么设

上面这两个都采用默认值,对一般的模拟有影响吗
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-06-28 10:29:13
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-06-28 08:35:32:
PBC三个边长向量我设的和水箱的边长一样大,已经做开优化了,这样有影响吗?

NpT系宗在run 中盒子体积是会变化滴
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-27 09:16:43:
否则等发现MD run 完了, 数据分析完了
甚至文章投出去时候才发现模拟有个问题, 耽误的时间更多

6楼2010-06-28 08:56:59
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zhangdagou5858

银虫 (小有名气)


574384607(金币+1): 2010-06-28 08:32:13
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-28 08:51:49
建议你看看gromacs的教程吧,答案找得到
2楼2010-06-28 02:47:38
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

★ ★ ★
574384607(金币+2): 2010-06-28 08:33:09
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-28 08:51:26
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-06-27 08:51:30:
Periodic Boundary conditions里cellBasisVector1    cellBasisVector2     cellBasisVector3     是怎么赋值啊,是只要两两垂直就行吗?

还有PME,PMEGridSizeX        PMEGridSizeY   PMEGridSizeZ      是依 ...

PBC三个要和你的水箱形状相匹配,具体来讲比你的水箱略大个1A或零点几A吧,垂不垂直要看你的体系

PME的长度需要比你的水箱长度略大,并且最好是2 3 5的倍数,比如水箱长76,则PME最好设80而不是79,因为80=2^4*5
技术博客:http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
3楼2010-06-28 07:43:41
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574384607

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-06-28 07:43:41:


PBC三个要和你的水箱形状相匹配,具体来讲比你的水箱略大个1A或零点几A吧,垂不垂直要看你的体系

PME的长度需要比你的水箱长度略大,并且最好是2 3 5的倍数,比如水箱长76,则PME最好设80而不是79,因为80 ...

PBC三个边长向量我设的和水箱的边长一样大,已经做开优化了,这样有影响吗?
4楼2010-06-28 08:35:32
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