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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】周期边界条件设定
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574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】周期边界条件设定 已有4人参与

Periodic Boundary conditions里cellBasisVector1    cellBasisVector2     cellBasisVector3     是怎么赋值啊，是只要两两垂直就行吗？

还有PME，PMEGridSizeX        PMEGridSizeY   PMEGridSizeZ      是依据什么设定的，应该怎么设

上面这两个都采用默认值，对一般的模拟有影响吗
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1楼 2010-06-27 08:51:30
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574384607

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-28 09:27:13
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-28 08:56:59:

NpT系宗在run 中盒子体积是会变化滴

我在conf中指定的系综就是npt，我设的分向量值正好就是把边长值给完全拷贝过去的，这么说肯定是有影响啦
应该是怎么处理啊，把值稍大些？应该依据什么规则把值调大啊
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7楼2010-06-28 09:13:39
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zhangdagou5858

银虫 (小有名气)
★
574384607(金币+1): 2010-06-28 08:32:13
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-28 08:51:49
建议你看看gromacs的教程吧，答案找得到
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2楼2010-06-28 02:47:38
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★ ★ ★
574384607(金币+2): 2010-06-28 08:33:09
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-28 08:51:26
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-06-27 08:51:30:
Periodic Boundary conditions里cellBasisVector1    cellBasisVector2     cellBasisVector3     是怎么赋值啊，是只要两两垂直就行吗？

还有PME，PMEGridSizeX        PMEGridSizeY   PMEGridSizeZ      是依 ...

PBC三个要和你的水箱形状相匹配，具体来讲比你的水箱略大个1A或零点几A吧，垂不垂直要看你的体系

PME的长度需要比你的水箱长度略大，并且最好是2 3 5的倍数，比如水箱长76，则PME最好设80而不是79，因为80=2^4*5
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
3楼2010-06-28 07:43:41
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-06-28 07:43:41:


PBC三个要和你的水箱形状相匹配，具体来讲比你的水箱略大个1A或零点几A吧，垂不垂直要看你的体系

PME的长度需要比你的水箱长度略大，并且最好是2 3 5的倍数，比如水箱长76，则PME最好设80而不是79，因为80 ...

PBC三个边长向量我设的和水箱的边长一样大，已经做开优化了，这样有影响吗？
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4楼2010-06-28 08:35:32
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