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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】请高人帮我详尽的分析一段DNA序列
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heihei3910

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】请高人帮我详尽的分析一段DNA序列 已有12人参与

请高人帮我详尽的分析一段DNA序列。
我的这段DNA序列是利用兼并引物从一个放线菌的基因组DNA中扩增出来的。
希望高人能非常详尽的分析一下这段序列与哪个基因同源性最高？保守序列在哪里？有保守结构域吗？同时能够与最同源的一些做个聚类分析。总之是越详细越好。

灌水的不要啊！！！

ATTCCACTGGGCGCCATGGCCGGAAAACTTCACCGAGTCGTAGTTGGTGCCGAAGGCCCCCGCGTCGACCAGTTCCCTGATCTTGCCCAACGCCTTGCGGCTGTCCGGGCTCGCCCAGACCTCCCGGTCGCCCGCGAGCGCCTTCTCGAAGAGTTCCGGGCCGGCGATGCGGTCGTAGAGGTACTCGAACCACATCAGTGTCGGCCACCGGTCGCCGCCGCCCAGCGCGATCGGGGTGACGCCGTCCGACTTCAGCGCTTTGACCGCCGCGAGCAGGTCGTCCCAGGTCTCGGGCGGTTCGACGCCCGCCTTCTTCAGGACCTTGCCGTTGTGGGAGAGCAGCACGGGCTGCGTCCCGCGCATGGGGACCCCGTAGGAGGCGCCGTCGACCACCGCGCTGTTGAAGACGGACGGCAGGAACTTCTCCTTGAGGGCGGGGTCCTCCTCGATGAACGGGTCCAGCGGGAGCAACAGGTCGGCGTCGACGAACGGCTTGATGCTGCCGCCGCCCCAGTTGAAGAAGACGTCGGACGCCTGCTTGCTGTTGATGATCGTCTGGAGTTTGGCCTGGTAGTCGGCGCCCGGGATGGTGTCCAGGACGGCCTTCACCTTCGACGTCTTGTTGAAGGTGGCGACGATCTCCTTCTCCACCTTGTTCGCCGCGTCCCCGTCCCGTGCGCCTCAAT
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1楼 2010-06-24 20:13:21
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tianlus1632

木虫 (正式写手)
直接用ncbi里的blast分析就可以拉
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2楼2010-06-24 20:31:19
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yuyixst

木虫 (正式写手)
这个不用高手就可以
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3楼2010-06-24 20:37:47
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ben1147

木虫 (正式写手)
★
lstt09nk(金币+1):呵呵，感觉像丢东西似的~~ 2010-06-29 19:05:47
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome

序列丢进去，database选others，点最下边的BLAST，等结果吧
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4楼2010-06-24 20:42:19
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heihei3910

铜虫 (小有名气)

你们给的并不是我要的答案

你们给的并不是我要的答案
去NCBI里比对我也非常熟悉，我的意思是，比对完了后，确实有同源性很高的序列，然后调出该序列后，继续详尽的分析，怎么搞？
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5楼2010-06-24 21:09:39
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ben1147

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
scelab(金币+3):谢谢交流！:tiger06: 2010-06-24 23:38:18
引用回帖:
Originally posted by heihei3910 at 2010-06-24 21:09:39:
你们给的并不是我要的答案
去NCBI里比对我也非常熟悉，我的意思是，比对完了后，确实有同源性很高的序列，然后调出该序列后，继续详尽的分析，怎么搞？

什么叫怎么搞？
”详尽的分析“指什么？不说清楚没办法

最简单的，blast结果里面找到相似度高的序列，然后拿到这些序列
clustalW比对对齐，分析同源区
MEGA建树

具体做什么东西要看你的目的了，找本生物信息的书看，上面都有
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6楼2010-06-24 21:45:56
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
引用回帖:
Originally posted by heihei3910 at 2010-06-24 21:09:39:
你们给的并不是我要的答案
去NCBI里比对我也非常熟悉，我的意思是，比对完了后，确实有同源性很高的序列，然后调出该序列后，继续详尽的分析，怎么搞？

你的要求貌似比较高。

要满足你的要求的，得对你研究的菌背景有所了解~~~或者同行
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小木虫之有关部门负责人
7楼2010-06-24 23:39:17
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silicare

荣誉版主 (文坛精英)

合伙创业版兼职版主

优秀版主
★
看天(金币+1):很活跃的虫友～～～ 2010-06-29 18:06:38
  你的要求太高了 至少得浪费别人半天时间
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8楼2010-06-25 08:18:55
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liyong1981

金虫 (正式写手)
这，这要半天，分析好的话，给钱~！
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9楼2010-06-25 17:01:50
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heihei3910

铜虫 (小有名气)
你们这些家伙都是在这里放大话，具体的啥也说不清楚，还赖别人没有表达清楚，服了你们了啊！！！！！！
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10楼2010-06-29 17:55:11
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