24小时热门版块排行榜

返回列表

noeyedragon

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 3343.7
散金: 6
帖子: 760
在线: 122.6小时
虫号: 1002404
注册: 2010-04-21
专业: 合成药物化学

[交流] 【求助】高手快来指点指点啊，计算时方法参数设置问题已有3人参与

在ChemOffice2008中，计算功能calculation，GAMESS Interface>MINIMize(Energy\Geomitry)>Job type=Optimize to Transition State,此时当要算的物质位何种结构时选HF,MP2,DFT...就是说什么情况下用相应的什么样的算法，一个算法确定下来后，根据什么来选择基组也就是说在什么情况下选择对应的基组？还有波函数是开壳闭壳怎么选？哪个极化和H怎么选定？Diffuse怎么选？EXPONENT如何确定？高手快来扫盲啊，^_^

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Flow chemistry

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

请教关于本机的Dmol计算问题——望高手指点已经有6人回复
MS discover 计算出错，请高手指点一下已经有4人回复
请高手指点NBS溴化苄基问题已经有16人回复
静电纺丝时，针头容易堵塞，求高手指点是否也碰到过这样的问题？已经有28人回复
【求助】请CAD高手指点----关于CAD设置问题已经有4人回复
Western blot中出现的问题-求高手指点已经有17人回复
VASP计算时的几个细节设置问题，希望有经验的人过来指点一下！已经有23人回复
【求助】高手指点，边界条件设置已经有6人回复
【求助】MS中有关于优化，计算过渡态的各个参数设定方式以及意思是什么啊？请高手指点已经有28人回复
【求助】请高手指点diamond画图里的断键（broken off bond）设置已经有9人回复
关于电脑配置，请电脑高手指点已经有40人回复
NCBI blast 结果一些参数的含义求高手指点已经有12人回复

1楼 2010-06-24 09:33:57

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

noeyedragon

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 3343.7
散金: 6
帖子: 760
在线: 122.6小时
虫号: 1002404
注册: 2010-04-21
专业: 合成药物化学

原来世界上还存在这样好的译本书高死指南，

还有高死说明书

赞一下

回复此楼

2楼2010-06-25 13:52:07

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

noeyedragon

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 3343.7
散金: 6
帖子: 760
在线: 122.6小时
虫号: 1002404
注册: 2010-04-21
专业: 合成药物化学

密度泛函理论的基本参量是电子密度, 所有交换相关泛函可以用电子密度来展开,
零级近似就是交换相关泛函仅仅是电子局域密度的函数.
因为在分子体系中, 电子密度在各个空间点是不同的, 我们认为在小区域中电子密度是常数值, 就是一种近似, 零级近似.
这种局域密度近似计算出来的键长都比实验值短, 因此为了改进它, 交换相关泛函不仅是局域密度的函数, 还是局域密度电子空间变化趋势,
即密度梯度的函数, 这样, 分子结构的计算就被改进了.
由于不存在系统的方法逼近精确泛函, 现在存在不同形式的泛函, 适用于不同的体系. 常用的有B3LYP, 它属于杂化泛函.
另外还有BLYP, PBE等.
精度： DFT ~ (HF+MP2) 大多数情况下!
可靠性：DFT: 需要把结果与实验值（如几何结构）对照，先验证泛函的合理性和适用性，再进行进一步预测其它性质
（HF+MP2)：大多数情况下结果都可靠，甚至可以推倒实验的解释结果
计算量：DFT << (HF+MP2)
弱作用：主要还是用从头算
极化函数: 考虑到原子在分子中的各向异性，添加各向异性高的极化轨道，d或f轨道，比如6－31G(d, p)等。
弥散函数: 考虑到分子中原子之间的远程相互作用，添加弥散函数。其指数中z很小( ~0.1)，因此r = n/z(>5A)就很大，扩展的范围很大，比如6－31＋＋G。
初步寻找分子结构用小基组, 再用大基组进一步计算
一般必须包含极化基组
有氢键或大p键应该包含弥散基组
可以对中心及其附近使用精度高的基组，而外围用精度低的基组以降低计算量
下面是几个选取基组的原则:
1. 先用小基组进行计算, 特别是寻找分子结构的极小点, 再用大基组再次寻找.
2.一般我们都要把极化基组包括进去, 这相当于中等基组.
3.有氢键或大π键或共轭相互作用要包含弥散基组
4. 为了简化计算, 可以对中心采用精度高的基组, 对外围采用小基组.

赞一下(1人)

回复此楼

3楼2010-06-25 13:52:49

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖