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未曾走过的路

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】16s进化树+细菌鉴定 达人 请进~~~ 已有5人参与

小弟有两株细菌A和B,外表形态相似,但是还是有差别的,还有就是分离地点不一样。
16s全长测序后,发现仅有一个碱基差别,见图
测序图谱
A,7个C


B,8个C



NCBI比对,都是正确的,而且都是属于一个属

A

B




进化树划出来是这样的,





请问,这俩能算两种菌么?还有其他的方法区分么

谢谢指教~~~


[ Last edited by 未曾走过的路 on 2010-6-20 at 13:12 ]
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leonn

铁杆木虫 (小有名气)

未曾走过的路(金币+1):谢谢 2010-06-20 18:07:53
根据你NCBI比对结果出来的信息,看这两株菌属于哪个属,然后去IJSEM上查找相关文章,看看有没有其他的基因可以用来判断是不是一个种的
5楼2010-06-20 16:52:01
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zemin_fang

木虫 (正式写手)


lmzxcom1(金币+1):奖励回答,不过自己也能做的 2010-06-20 15:41:45
未曾走过的路(金币+1):谢谢 2010-06-20 18:07:34
拿到菌种中心做杂交鉴定。
3楼2010-06-20 14:54:02
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zhaogz

木虫 (著名写手)

★ ★
amisking(金币+2):good! 2010-06-20 15:55:11
未曾走过的路(金币+2):谢谢~~~ 2010-06-20 18:07:47
判断菌株A和B 是否是同一株菌株,你可以先比对16S rRNA基因序列的相识性,如果其相似性高于97%,就有必要作菌株之间的DNA-DNA 杂交试验来确定着2株菌株是否为同一柱菌株。

依据楼主所言,你的菌株A和B 的16S rRNA基因序列的相识性应该是高于97%之一标准了,所以必须做DNA-DNA 杂交试验来确定是否为同一株菌株。(杂交值如高于70%则是同一株菌株,如低于70%则是不同的菌株)。

另外建议楼主可以参考IJSEM上的文章。
4楼2010-06-20 15:51:10
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未曾走过的路

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by zhaogz at 2010-06-20 15:51:10:
判断菌株A和B 是否是同一株菌株,你可以先比对16S rRNA基因序列的相识性,如果其相似性高于97%,就有必要作菌株之间的DNA-DNA 杂交试验来确定着2株菌株是否为同一柱菌株。

依据楼主所言,你的菌株A和B 的16S r ...

谢谢~~~
6楼2010-06-20 18:10:57
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