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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】16s进化树+细菌鉴定 达人 请进~~~
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未曾走过的路

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】16s进化树+细菌鉴定 达人 请进~~~已有5人参与

小弟有两株细菌A和B，外表形态相似，但是还是有差别的，还有就是分离地点不一样。
16s全长测序后，发现仅有一个碱基差别，见图
测序图谱
A,7个C


B,8个C



NCBI比对，都是正确的，而且都是属于一个属

A

B




进化树划出来是这样的，





请问，这俩能算两种菌么？还有其他的方法区分么

谢谢指教~~~

[ Last edited by 未曾走过的路 on 2010-6-20 at 13:12 ]
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1楼2010-06-20 13:09:50
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zhaogz

木虫 (著名写手)
★ ★
amisking(金币+2):good! 2010-06-20 15:55:11
未曾走过的路(金币+2):谢谢~~~ 2010-06-20 18:07:47
判断菌株A和B 是否是同一株菌株，你可以先比对16S rRNA基因序列的相识性，如果其相似性高于97%，就有必要作菌株之间的DNA-DNA 杂交试验来确定着2株菌株是否为同一柱菌株。

依据楼主所言，你的菌株A和B 的16S rRNA基因序列的相识性应该是高于97%之一标准了，所以必须做DNA-DNA 杂交试验来确定是否为同一株菌株。（杂交值如高于70%则是同一株菌株，如低于70%则是不同的菌株）。

另外建议楼主可以参考IJSEM上的文章。
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4楼2010-06-20 15:51:10
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zemin_fang

木虫 (正式写手)
★
lmzxcom1(金币+1):奖励回答，不过自己也能做的 2010-06-20 15:41:45
未曾走过的路(金币+1):谢谢 2010-06-20 18:07:34
拿到菌种中心做杂交鉴定。
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3楼2010-06-20 14:54:02
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leonn

铁杆木虫 (小有名气)
未曾走过的路(金币+1):谢谢 2010-06-20 18:07:53
根据你NCBI比对结果出来的信息，看这两株菌属于哪个属，然后去IJSEM上查找相关文章，看看有没有其他的基因可以用来判断是不是一个种的
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5楼2010-06-20 16:52:01
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未曾走过的路

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by zhaogz at 2010-06-20 15:51:10:
判断菌株A和B 是否是同一株菌株，你可以先比对16S rRNA基因序列的相识性，如果其相似性高于97%，就有必要作菌株之间的DNA-DNA 杂交试验来确定着2株菌株是否为同一柱菌株。

依据楼主所言，你的菌株A和B 的16S r ...

谢谢~~~
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6楼2010-06-20 18:10:57
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