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rain841230

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】shelx,还是一个有关加氢的问题 已有4人参与

初学乍练,对shelx应用不是很熟练,请大家来帮忙。
我现在要对一个NH3上的N加氢,但是这个NH3是在配合物外界的,就是说不和中心原子成键。我用HFIX理论加氢,结果提示说not bonded for suitable atome for AFIX,是不是就是说氢原子取向是不固定的,也就无法确定其坐标?如果我现在知道这个N原子和其他配体上的H原子有氢键,那么是不是就能确定这个N上的H的坐标了?谁知道具体怎么做吗?十分感谢!!
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etongtong

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
rain841230(金币+1):谢谢参与
wsht212(金币+1):谢谢交流,希望常来! 2010-06-17 13:12:49
首先明确是要理论加氢,还是Q峰加氢。
如果是理论加,就要明确N的杂化方式,即氮的成键模式。
SHELXTL的菜单中有理论加氢的各种方式,选好就可以了。
▄︻┻┳═一................................................
2楼2010-06-17 11:43:28
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yunruirui

荣誉版主 (著名写手)

Alchemist

★ ★
rain841230(金币+1):谢谢参与
wsht212(金币+1):谢谢交流,希望常来! 2010-06-17 13:13:12
我只知道理论加氢,好像O原子的氢加不了,楼上高手多说点呗。

[ Last edited by yunruirui on 2010-6-17 at 12:56 ]
3楼2010-06-17 12:53:51
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rain841230

捐助贵宾 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by etongtong at 2010-06-17 04:43:28:
首先明确是要理论加氢,还是Q峰加氢。
如果是理论加,就要明确N的杂化方式,即氮的成键模式。
SHELXTL的菜单中有理论加氢的各种方式,选好就可以了。

我已经看过Q峰了,没有找到可能存在H的峰,所以只能用理论加氢。我用的HFIX 33,就是和甲基一样的加氢方式。但似乎不行,因为-CH3是和碳链有成键的,而NH3的旋转自由度更大,无法计算周围H的位置,所以想通过其他H对N的氢键的取向性来限制自由度,但是不知道应该怎么操作。
4楼2010-06-17 19:34:22
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ren1128

禁虫 (正式写手)

★ ★
rain841230(金币+1):谢谢参与
wsht212(金币+1):谢谢交流,希望常来! 2010-06-18 14:03:17
本帖内容被屏蔽

5楼2010-06-18 12:49:24
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rain841230

捐助贵宾 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by ren1128 at 2010-06-18 05:49:24:

实在是不能加氢,也可以的

但是我想加出来看氢键啊
6楼2010-06-18 15:45:18
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rain841230

捐助贵宾 (正式写手)

7楼2010-06-21 15:59:58
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rain841230

捐助贵宾 (正式写手)

yunruirui:请不要这样!谢谢合作! 2010-06-22 10:32:14
顶顶顶!!!
8楼2010-06-21 23:05:22
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