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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】build layer合并两个界面时的小问题
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8240668

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】build layer合并两个界面时的小问题 已有4人参与

我想算两种物质之间的结合能，就是把切割后的两个面拼接到一起。目前问题如下：
1。cleave后，我看help中说要进行Re-orient，方向改来改去也没看出个所以然，好像没什么区别，这步到底有什么作用，谢谢？

2。关键问题是：用build layer合并切割面时，如何让这两个切割面相对，或者说是接触（即中间真空设为0时），我这老是下层切割面连着上层的周期结构，再上去才是上层的切割面，我的意思是想把上层反个头。这样才是中间接触，界面两边是两种物质的周期性结构，这才是我想要的结构。

3。按理说，cleave后的面应该几何优化后再去build layer，我想算两种物质之间的结合能是不是不用先优化面哦，直接用切后的面build layer？因为优化后都带着真空层，最后build layer后还要想法去掉真空层吧，此外我还发现优化后，原子之间会成健，rebuild后虽然键消失，但真空层外端却多出现数个原子，然后再用这时的结构去build layer，最后的结构也多出现些原子，是不是“rebuild后虽然键消失，但真空层外端却多出现数个原子，”这步就更没有必要哦？
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1楼 2010-06-08 15:29:45
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acridine

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
8240668(金币+2):谢谢参与
zzy870720z(金币+3):谢谢指导，期待您更好的表现 2010-06-08 21:27:18
xiaohunhun(金币+1):xiexie 2010-06-08 23:32:09
8240668(金币+20):太谢谢你的回复了！之前是不怎么会贴图，我马上上图，强烈期待着你再来指导！ 2010-06-09 16:36:51
这位兄弟还是截几个图吧，这种问题仅仅靠语言描述太难以说清楚了。
1。关于Re-orient，我知道建立表面或其他超胞的时候有个选项是用来设置晶体坐标系a、b、c和空间坐标系x、y、z的关系，诸如另c与z方向一致之类的。不知道楼主说的是否是这个地方的设置，这并不影响你的计算。如果不是这个设置，那最好贴个图出来。
2。这个问题没太看懂，尤其是“下层切割面连接着上面的周期结构”，最好贴个图。不过提醒你的是最后建立的模型中肯定是两个界面的，即整个模型实际上描述的是两个slab层交替出现的周期排列(|AB|=...ABABABABAB...，而仔细想一下你会发现，你的超胞|AB|中是有两个界面的)，不可能出现你说的一个界面，两侧是纯周期结构的情况。
3。如果你建立的是界面模型，那么没有必要优化表面，除非你强调的是“发生表面重构之后，才进一步形成的界面”。
另外后面说的“真空层外端却多出现数个原子”，这个实在难以抽象出来是什么样子的，最好截图。
“两种物质之间的结合能”，这个说法比较怪异，最好确定一下，你是不是想分析界面能，或界面形成能之类的。
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2楼2010-06-08 20:31:46
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8240668

铜虫 (小有名气)
这是Ag（110）切割面

这是CuO（100）切割面
我想算的是这两个面之间的结合情况，或者说CuO（100）在Ag（110）上的生长吧，因此觉得Ag（110）应该接着CuO（100），中间不加真空。

但是在build layer中有build layer structure as a crycal和
build layer structure as a surface，只是知道 crycal建出来是周期结构，surface好像不是周期，目前还不大明白要解决我的问题该选哪个。

目前感觉最像我想要的结构就是，直接用两个切割后的面build layer，选
as a crycal，效果如下：

但这样两个切面并不是面对面的，注意看CuO中那个单独的红色的原子，它并不在CuO（100）的切割面上，而是内部的，看上面对应的CuO（100）切割面图就知道了。这样最后的结构就是一层Ag再接着一层CuO，按ABABABABAB……这样下去，这不是我想要的。我想要的就是中间是Ag（110）面连着CuO（100）面（或者说平行吧），Ag（110）面一侧始终是Ag的周期机构，CuO（100）面一侧也始终是CuO的周期结构了。这个意思MS能办到吗？难道我从想法就错了？？？

如果选as a surface，也直接用两个切割后的面build layer，如下图

这样倒是没有Ag和CuO按ABABABA这样的周期性了，但上下两块之间并没有白色的box围着，感觉跟一般文献中的图都不一样。而且Ag（110）面也并没有对着CuO（100）面，也不是我想要的。

看资料都说切后的面要加真空，然后再作下一步操作
加了真空后，真空层外多出些原子，这个是怎么回事，有什么影响吗？如下：

这是CuO的

这时不管是按crycal还是surface，比起前面的图，也就是多了真空层，以及多出来的原子，如图
这是按crycal合并的，上下都有多的原子，倒是反映周期性了

这是按surfac合并的，也差不多


不知各位达人看明白没有？我觉得我还是应该用surfac来合并吧，关键是怎么让两边切面对切面，难道我的想法和操作都错了，诚望指教，虽散尽金子亦必谢！！！

[ Last edited by 8240668 on 2010-6-9 at 19:19 ]
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3楼2010-06-09 19:05:15
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zxzj05

荣誉版主 (著名写手)
★ ★
8240668(金币+2):谢谢参与
8240668(金币+5):版主，能不能再稍微详细点。你意思是我应该用build layer structure as a surface？有什么法子能让两个切面相对着吗？ 2010-06-09 21:44:28
zzy870720z(金币+1):谢谢指导 2010-06-10 08:16:11
你最后build layer时，是选择了build 成晶体，所以会这样
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储氢家族欢迎储氢研究者！
4楼2010-06-09 20:30:58
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8240668

铜虫 (小有名气)
突然觉得自己顿悟了，只要平行于以上图中的白色四边形的面都是同一晶面，因此根本就不用考虑什么切后掉转方向，非得要让两个四边形表示的面来相接才觉得是切面对着切面了。呵呵，可笑，就在这个点上死活纠缠几天了，还是对晶体结构认识不深，恨啊……

那最后的问题：这样用build layer structure as a surface建立的界面结构并没有像其他周期性结构一样有个白色的边框围着，这个有没有什么关系啊，感觉文献中的图都是有边框围着的？还是我这建模根本就不该用build layer structure as a surface这步方法啊？我想算的是这两个面之间的结合情况，或者说CuO（100）在Ag（110）上的结合能吧

想来想去感觉还是应该用build layer structure as a crystal，建成ABABAB这样的周期机构，MS算的就是这个小边框内的总能，然后再去套公式，就可以求出界面结合能之类想要的东西了，应该是这样吧？翻了help文件但对这个问题还是模模糊糊的，急需指导一下

[ Last edited by 8240668 on 2010-6-10 at 10:05 ]
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5楼2010-06-09 22:43:22
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acridine

木虫 (正式写手)
★ ★
gavinliu7390(金币+2):谢谢交流！ 2010-06-10 19:47:30
8240668(金币+5):你回答的相当清楚，太谢谢了！ 2010-06-14 17:28:36
引用回帖:
Originally posted by 8240668 at 2010-06-09 22:43:22:
突然觉得自己顿悟了，只要平行于以上图中的白色四边形的面都是同一晶面，因此根本就不用考虑什么切后掉转方向，非得要让两个四边形表示的面来相接才觉得是切面对着切面了。呵呵，可笑，就在这个点上死活纠缠几天了 ...

确实应该是建立成crystal，提到的那个surface，在z方向上是没有周期性的，是二维的表面结构，但在计算的时候，dmol、castep都是需要三维周期性的，因此无论如何都是要建立成三维晶体的
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6楼2010-06-10 18:01:31
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akashia

银虫 (小有名气)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-06-11 11:19:01
8240668(金币+2):谢谢回复！ 2010-06-14 17:29:25
两个界面在z方向上必须拉大，以防止相互间作用的影响（x，y方向肯定是周期性重复的）。而且两个界面的层数应当考虑，层底原子坐标固定，悬空键的问题等等。
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悄然回首，已不知春秋。
7楼2010-06-11 08:54:31
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Zpffpz

铁杆木虫 (职业作家)

金属小光头

优秀版主
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
523178楼: Originally posted by acridine at 2010-06-10 18:01:31:
确实应该是建立成crystal，提到的那个surface，在z方向上是没有周期性的，是二维的表面结构，但在计算的时候，dmol、castep都是需要三维周期性的，因此无论如何都是要建立成三维晶体的

求教，那建立成surface，现在是而为周期型结构，然后再加真空层成为三维周期性结构可以吗？谢谢
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努力向前
8楼2012-04-22 20:52:06
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搁浅五千年

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
494319楼: Originally posted by 8240668 at 2010-06-09 19:05:15
这是Ag（110）切割面
http://pic.muchong.com/201006/09/388514_2010609183047.jpg
这是CuO（100）切割面http://pic.muchong.com/201006/09/388514_2010609183136.jpg
我想算的是这两个面之间的结合情况，或者说CuO（ ...

想请问下， 我想把Cr(1 1 0) 和Ge （1 1 1）两个界面build layer
但是建立完以后，每个原子都被束缚在白色边框是，这样Cr 和Ge原子结构都变化了；单原子Cr 之间的间距是2.498； Ge是 4.000， 建立完以后都是3.249
而不是保持原本的结构。
想请教下，你是怎么建立的？ 你那Ag （110） 和 Cu （1 0 0） 并没有被束缚在白色边框上。 我应该如何来建立？
谢啦

Cr 1 1 0.png



Ge 1 1 1.png



Gr-Ge.png
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9楼2013-01-25 16:11:35
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wuli8

荣誉版主 (知名作家)

…………

优秀版主优秀版主
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
523178楼: Originally posted by acridine at 2010-06-10 18:01:31
确实应该是建立成crystal，提到的那个surface，在z方向上是没有周期性的，是二维的表面结构，但在计算的时候，dmol、castep都是需要三维周期性的，因此无论如何都是要建立成三维晶体的...

这两种情况都是可以计算的。呵呵
那个surface加真空层就好了。
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…………
10楼2013-03-03 15:38:58
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