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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子模拟前的蛋白预处理
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匿名

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1楼 2010-06-05 20:42:01
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winterose_

铜虫 (小有名气)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-10 13:27:18
yiwi123(金币+1): 2010-06-11 20:19:09
用SYBYLB也可以呀,画完后存成MOL2格式,或者直接在CHEMOFFICE里面简单优化一下再到其它软件上做.
现在SYBYL出了WIN版,破解版的资源很容易找,安装也容易.
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2楼2010-06-10 12:36:54
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nh13

木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-11 16:19:43
yiwi123(金币+1): 2010-06-11 20:19:22
对用sybyl里的Biopolymer下的prepare structure下的tools处理非常方便，安装流程一个一个做就好了。
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3楼2010-06-11 16:01:21
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zhangdagou5858

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5):谢谢 2010-06-12 14:05:48
yiwi123(金币+2):写的很清楚，谢谢啦！ 2010-06-12 14:27:30
分子模拟前的处理包括查漏补缺：查漏是找到缺少的氨基酸并补上去，因为这个氨基酸是X ray或者NMR没有测出来的，所以这些要用软件预测出来，和真实结构有所却别。补缺指的是受技术本身限制H原子没有包括在PDB文件中，这个时候软件根据氨基酸残基等推测补充上去，同时还要对测结构时的结晶水分子要去掉，还要去掉包括离子在内的HEMTAM原子，经过上面几步之后，这个分子算是很完整而又纯粹的分子可以用来做MD，这个过程可以用很多软件来实现，最简单是DS的clean工具，NAMD/VMD的psfgen和gromacs等工具都可以自动完成
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4楼2010-06-12 02:55:30
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匿名

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5楼2010-06-12 14:27:45
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