应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】请问这种金属和水的混合体系在MS中如何建立？
141/2返回列表12下一页
查看: 1563  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wujiangjie

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问这种金属和水的混合体系在MS中如何建立？ 已有5人参与

如图，这种体系怎么建立的呢？我用Amorphous Cell模块，可是感觉好像不可以，请高人指点，谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-06-02 08:19:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wujiangjie

木虫 (正式写手)
其中最下面是Au的（100）晶面，上面一个是多肽分子，以及周围许多水的小分子，我直接用的Amorphous，可是失败了，我想是不是是用两个层叠加啊？
赞一下 回复此楼
2楼2010-06-02 08:29:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hongyesies

金虫 (正式写手)

红叶
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-02 10:01:31
这种组合较复杂的体系，用packmol建立很好：
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
使用非常简单，只要分别建立好上边各类分子的一个分子的pdb或xyz文件，然后按packmol的算法进行你想要的组合即可。

下面是用packmol建的体系：
这个和你的很像：




[ Last edited by hongyesies on 2010-6-2 at 09:18 ]
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-06-02 09:15:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wujiangjie

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-02 09:15:17:
这种组合较复杂的体系，用packmol建立很好：
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
使用非常简单，只要分别建立好上边各类分子的一个分子的pdb或xyz文件，然后按packmol的算法进行你想要的 ...

谢谢，我试试，之前没用过这个软件，这幅图的那篇文献说用MS做的
赞一下 回复此楼
4楼2010-06-02 16:04:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hongyesies

金虫 (正式写手)

红叶
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-02 18:10:41
引用回帖:
Originally posted by wujiangjie at 2010-06-02 16:04:22:

谢谢，我试试，之前没用过这个软件，这幅图的那篇文献说用MS做的

软件只是工具，如果了解自己的体系，编程做是最好的，有错误也很容易发现，而我们用软件时很少去了解其算法，所以经常出现这样那样的问题而不知其故。
做计算模拟，编程是必不可少的。
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-06-02 16:10:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-03 08:28:13
这个要做两层，然后build layer
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2010-06-02 21:25:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wujiangjie

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-02 16:10:00:



软件只是工具，如果了解自己的体系，编程做是最好的，有错误也很容易发现，而我们用软件时很少去了解其算法，所以经常出现这样那样的问题而不知其故。
做计算模拟，编程是必不可少的。

嗯 我知道了 谢谢你 请问你是怎么学习编程的？我之前做模拟都是用的商业化的，目前正在向编程转型 可是有点无从下手 想请问你是如何开始你的编程之旅的 谢谢你
赞一下 回复此楼
7楼2010-06-02 21:29:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hongyesies

金虫 (正式写手)

红叶
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 欢迎常来 2010-06-03 09:58:25
引用回帖:
Originally posted by wujiangjie at 2010-06-02 21:29:19:

嗯 我知道了 谢谢你 请问你是怎么学习编程的？我之前做模拟都是用的商业化的，目前正在向编程转型 可是有点无从下手 想请问你是如何开始你的编程之旅的 谢谢你

我现在是用开源的软件，编程主要是用在后处理。有一本不错的书：
Understanding Molecular Simulation (Frenkel,Smit, Academic Press, 2002)，该书还配有习题和代码，对自编程模拟的人很有用。
该书有本中文翻译的：分子模拟-从算法到应用(2002)
http://www.box.net/shared/xfppz5r1nl

欢迎加入分子模拟自编程群参与讨论： 62085776       82453911
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2010-06-03 09:04:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wujiangjie

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-03 09:04:18:


我现在是用开源的软件，编程主要是用在后处理。有一本不错的书：
Understanding Molecular Simulation (Frenkel,Smit, Academic Press, 2002)，该书还配有习题和代码，对自编程模拟的人很有用。
该书有本中 ...

谢谢你^_^
回复此楼
9楼2010-06-03 15:50:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wujiangjie

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-03 09:04:18:


我现在是用开源的软件，编程主要是用在后处理。有一本不错的书：
Understanding Molecular Simulation (Frenkel,Smit, Academic Press, 2002)，该书还配有习题和代码，对自编程模拟的人很有用。
该书有本中 ...

求助高人，我把那本《分子模拟-从算法到应用》的书下载下来了，可是需要密码才可以解压……
赞一下 回复此楼
10楼2010-06-03 18:10:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wujiangjie 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭