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wujiangjie

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问这种金属和水的混合体系在MS中如何建立? 已有5人参与

如图,这种体系怎么建立的呢?我用Amorphous Cell模块,可是感觉好像不可以,请高人指点,谢谢!
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-04 08:40:19
引用回帖:
Originally posted by wujiangjie at 2010-06-03 18:10:14:

求助高人,我把那本《分子模拟-从算法到应用》的书下载下来了,可是需要密码才可以解压……

这本中文书,图书馆里一定会有的。不行了去当当网或者淘宝上买一本纸书就是了,也不贵,好像外文版的也能买到。如果要钻研的话,少不了在书上写写划划,还是买一本真书比较好。以一至两本纸书为基础,以两至三本电子书为辅助,这样挺好的。

网上购书很方便,比如当当网可以货到付款,有发票,免运费,挺好的,淘宝上也许有更便宜的。
我这算不算做广告啊?呵呵。不过看着有些同学动不动什么都下载,忘了还有真书可以买,也忘了还有图书馆可以借,我提醒一下。

[ Last edited by 老虎大王 on 2010-6-3 at 18:18 ]
11楼2010-06-03 18:14:42
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查看全部 14 个回答

wujiangjie

木虫 (正式写手)

其中最下面是Au的(100)晶面,上面一个是多肽分子,以及周围许多水的小分子,我直接用的Amorphous,可是失败了,我想是不是是用两个层叠加啊?
2楼2010-06-02 08:29:02
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hongyesies

金虫 (正式写手)

红叶

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-02 10:01:31
这种组合较复杂的体系,用packmol建立很好:
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
使用非常简单,只要分别建立好上边各类分子的一个分子的pdb或xyz文件,然后按packmol的算法进行你想要的组合即可。

下面是用packmol建的体系:
这个和你的很像:




[ Last edited by hongyesies on 2010-6-2 at 09:18 ]
3楼2010-06-02 09:15:17
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wujiangjie

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-02 09:15:17:
这种组合较复杂的体系,用packmol建立很好:
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
使用非常简单,只要分别建立好上边各类分子的一个分子的pdb或xyz文件,然后按packmol的算法进行你想要的 ...

谢谢,我试试,之前没用过这个软件,这幅图的那篇文献说用MS做的
4楼2010-06-02 16:04:22
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