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【求助】优化散射区和中间区域的原子 已有4人参与
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| 各位前辈，我想问一下在ATK里怎么优化散射区和中间区域的原子，让他们之间的接触距离更加合理 |
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kaypu 
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2楼2010-06-02 07:38:39
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7楼2010-06-02 16:33:04
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做很多点什么意思啊，是不是一步步改变散射区和中间区域的距离，但是最优点的判据是什么呢？？？还有这事我做的优化文件贴出来大家看看 from ATK.TwoProbe import * import ATK ATK.setVerbosityLevel(2) # Restore old two-probe configuration vnl_file = VNLFile("carbon6.vnl"  configurations = vnl_file.readAtomicConfigurations() ini_two_probe_conf = configurations["carbon6"] # Create parameters for electrodes electrode_bz = brillouinZoneIntegrationParameters( (5,5,100) ) electrode_occ = eigenstateOccupationParameters( temperature = 1300*Kelvin ) electrode_params = ElectrodeParameters( eigenstate_occupation_parameters = electrode_occ, brillouin_zone_integration_parameters = electrode_bz ) # Collect parameters into a two-probe calculation method two_probe_method=TwoProbeMethod( electrode_parameters = (electrode_params, electrode_params), exchange_correlation_type = LDA.PZ ) # Define parameters for geometry optimization opt_params = geometricOptimizationParameters( force_tolerance = 0.05*eV/Ang, max_steps = 200 ) # Optimize geometry for the two-probe opt_two_probe_conf = calculateOptimizedAtomicGeometry( atomic_configuration = ini_two_probe_conf, method = two_probe_method, optimization_parameters = opt_params, ) # Print and export two-probe configuration to a VNL file print '\n','='*50,'\n Two-probe optimized configuration:\n','='*50 nlPrint(opt_two_probe_conf) vnl_file = VNLFile("carbon6opt" vnl_file.addToSample(opt_two_probe_conf, "carbon6opt 但是有一个问题是，我的中间区域在material studio 里已经优化好了，这样再优化不知道是不是合理 |
8楼2010-06-02 16:47:30
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做很多点什么意思啊，是不是一步步改变散射区和中间区域的距离，但是最优点的判据是什么呢？？？还有这事我做的优化文件贴出来大家看看 from ATK.TwoProbe import * import ATK ATK.setVerbosityLevel(2) # Restore old two-probe configuration vnl_file = VNLFile("carbon6.vnl" configurations = vnl_file.readAtomicConfigurations() ini_two_probe_conf = configurations["carbon6"] # Create parameters for electrodes electrode_bz = brillouinZoneIntegrationParameters( (5,5,100) ) electrode_occ = eigenstateOccupationParameters( temperature = 1300*Kelvin ) electrode_params = ElectrodeParameters( eigenstate_occupation_parameters = electrode_occ, brillouin_zone_integration_parameters = electrode_bz ) # Collect parameters into a two-probe calculation method two_probe_method=TwoProbeMethod( electrode_parameters = (electrode_params, electrode_params), exchange_correlation_type = LDA.PZ ) # Define parameters for geometry optimization opt_params = geometricOptimizationParameters( force_tolerance = 0.05*eV/Ang, max_steps = 200 ) # Optimize geometry for the two-probe opt_two_probe_conf = calculateOptimizedAtomicGeometry( atomic_configuration = ini_two_probe_conf, method = two_probe_method, optimization_parameters = opt_params, ) # Print and export two-probe configuration to a VNL file print '\n','='*50,'\n Two-probe optimized configuration:\n','='*50 nlPrint(opt_two_probe_conf) vnl_file = VNLFile("carbon6opt" vnl_file.addToSample(opt_two_probe_conf, "carbon6opt 但是有一个问题是，我的中间区域在material studio 里已经优化好了，这样再优化不知道是不是合理 |
9楼2010-06-02 16:48:41
youngjfly
银虫 (初入文坛)
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10楼2010-09-29 16:26:19
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