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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】优化散射区和中间区域的原子
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zhangying09

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】优化散射区和中间区域的原子 已有4人参与

各位前辈，我想问一下在ATK里怎么优化散射区和中间区域的原子，让他们之间的接触距离更加合理
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1楼 2010-06-01 22:18:51
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kaypu

铁杆木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
上次我也问这个问题了，没有回复的 同求这个问题 我就是里面的几何限制不知道该如何设置
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2楼2010-06-02 07:38:39
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
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zzy870720z(金币+2):多谢专家指导 2010-06-02 08:25:27
还没有一个非常合适的方法。

本人曾在此版回答过类似的问题。

另一种方法，将它转换为equlivalent bulk system of a two-probe system，然后采用只有优化c轴的方法来优化结构。
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3楼2010-06-02 08:24:25
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zhangying09

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2010-06-02 08:24:25:
还没有一个非常合适的方法。

本人曾在此版回答过类似的问题。

另一种方法，将它转换为equlivalent bulk system of a two-probe system，然后采用只有优化c轴的方法来优化结构。

那怎样在转化到TWO—prob电极系统呢？？
还有就是看一篇文章上是用material studio 优化的，我想问一下版主可知道怎么优化呢
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4楼2010-06-02 09:02:52
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
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gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-06-02 16:34:41
Virtual nanolab是可以直接输出equlivalent bulk system of a two-probe system。
pwscf里面是可以直接只优化c轴方向的。对castep还不是非常清楚怎么操作。
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5楼2010-06-02 12:50:23
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zhangying09

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2010-06-02 12:50:23:
Virtual nanolab是可以直接输出equlivalent bulk system of a two-probe system。
pwscf里面是可以直接只优化c轴方向的。对castep还不是非常清楚怎么操作。

我直接指定一个距离，不优化可以吗
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6楼2010-06-02 14:34:11
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
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gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-06-02 16:34:55
可以，但是要做很多点。比较麻烦。
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7楼2010-06-02 16:33:04
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zhangying09

铜虫 (小有名气)
做很多点什么意思啊，是不是一步步改变散射区和中间区域的距离，但是最优点的判据是什么呢？？？还有这事我做的优化文件贴出来大家看看

from ATK.TwoProbe import *
import ATK
ATK.setVerbosityLevel(2)
# Restore old two-probe configuration
vnl_file = VNLFile("carbon6.vnl"
configurations = vnl_file.readAtomicConfigurations()
ini_two_probe_conf = configurations["carbon6"]
# Create parameters for electrodes
electrode_bz = brillouinZoneIntegrationParameters( (5,5,100) )
electrode_occ = eigenstateOccupationParameters(
temperature = 1300*Kelvin
)
electrode_params = ElectrodeParameters(
eigenstate_occupation_parameters = electrode_occ,
brillouin_zone_integration_parameters = electrode_bz
)
# Collect parameters into a two-probe calculation method
two_probe_method=TwoProbeMethod(
electrode_parameters = (electrode_params, electrode_params),
exchange_correlation_type = LDA.PZ
)
# Define parameters for geometry optimization
opt_params = geometricOptimizationParameters(
force_tolerance = 0.05*eV/Ang,
max_steps = 200
)

# Optimize geometry for the two-probe
opt_two_probe_conf = calculateOptimizedAtomicGeometry(
atomic_configuration = ini_two_probe_conf,
method = two_probe_method,
optimization_parameters = opt_params,
)
# Print and export two-probe configuration to a VNL file
print '\n','='*50,'\n Two-probe optimized configuration:\n','='*50
nlPrint(opt_two_probe_conf)
vnl_file = VNLFile("carbon6opt"
vnl_file.addToSample(opt_two_probe_conf, "carbon6opt

但是有一个问题是，我的中间区域在material studio 里已经优化好了，这样再优化不知道是不是合理
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8楼2010-06-02 16:47:30
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zhangying09

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2010-06-02 16:33:04:
可以，但是要做很多点。比较麻烦。

做很多点什么意思啊，是不是一步步改变散射区和中间区域的距离，但是最优点的判据是什么呢？？？还有这事我做的优化文件贴出来大家看看

from ATK.TwoProbe import *
import ATK
ATK.setVerbosityLevel(2)
# Restore old two-probe configuration
vnl_file = VNLFile("carbon6.vnl"
configurations = vnl_file.readAtomicConfigurations()
ini_two_probe_conf = configurations["carbon6"]
# Create parameters for electrodes
electrode_bz = brillouinZoneIntegrationParameters( (5,5,100) )
electrode_occ = eigenstateOccupationParameters(
temperature = 1300*Kelvin
)
electrode_params = ElectrodeParameters(
eigenstate_occupation_parameters = electrode_occ,
brillouin_zone_integration_parameters = electrode_bz
)
# Collect parameters into a two-probe calculation method
two_probe_method=TwoProbeMethod(
electrode_parameters = (electrode_params, electrode_params),
exchange_correlation_type = LDA.PZ
)
# Define parameters for geometry optimization
opt_params = geometricOptimizationParameters(
force_tolerance = 0.05*eV/Ang,
max_steps = 200
)

# Optimize geometry for the two-probe
opt_two_probe_conf = calculateOptimizedAtomicGeometry(
atomic_configuration = ini_two_probe_conf,
method = two_probe_method,
optimization_parameters = opt_params,
)
# Print and export two-probe configuration to a VNL file
print '\n','='*50,'\n Two-probe optimized configuration:\n','='*50
nlPrint(opt_two_probe_conf)
vnl_file = VNLFile("carbon6opt"
vnl_file.addToSample(opt_two_probe_conf, "carbon6opt

但是有一个问题是，我的中间区域在material studio 里已经优化好了，这样再优化不知道是不是合理
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9楼2010-06-02 16:48:41
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youngjfly

银虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+2):谢谢指点 2010-09-29 19:05:14
引用回帖:
Originally posted by zhangying09 at 2010-06-02 16:48:41:



做很多点什么意思啊，是不是一步步改变散射区和中间区域的距离，但是最优点的判据是什么呢？？？还有这事我做的优化文件贴出来大家看看

from ATK.TwoProbe import *
import ATK
ATK.setVerbosityLevel ...

因为优化好中心分子了，所以ATK的自动优化有可能会破坏你以前的结构，教程里面的两个H原子就跑偏了。所以还是手动调节距离比较稳妥，只要计算total energy，取最小的能量就行。本人愚见
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真的很想把你搞好。
10楼2010-09-29 16:26:19
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